ศาสตราจารย์ - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

ศาสตราจารย์ - โครงสร้างรองและตัวทำนายการเข้าถึงตัวทำละลาย

เรื่องย่อ

ศาสตราจารย์ [อินพุทไฟล์+] [ตัวเลือก]

DESCRIPTION

โครงสร้างรองถูกคาดการณ์โดยระบบการให้คะแนนโครงข่ายประสาทเทียมตามที่คาดไว้
ความแม่นยำเฉลี่ย > 72% สำหรับเกลียวสามสถานะ เกลียว และวน (Rost & Sander, PNAS,
1993 , 90, 7558-7562; รอสต์ แอนด์ แซนเดอร์, เจเอ็มบี, 1993 , 232, 584-599; และรอสต์แอนด์แซนเดอร์
โปรตีน, 1994 , 19, 55-72; การประเมินความถูกต้อง) ประเมินจากชุดข้อมูลเดียวกัน
PROFsec ได้รับการจัดอันดับที่ความแม่นยำสามสถานะที่สูงกว่าวิธีการที่ใช้
ข้อมูลลำดับเดียวเท่านั้นและสูงกว่าหกเปอร์เซ็นต์
เช่น วิธีการที่ใช้ข้อมูลการจัดตำแหน่งตามสถิติ (Levin, Pascarella, Argos &
การ์นิเย่, พรอต. Engng., 6, 849-54, 1993). การทำนาย PHDsec มีคุณสมบัติหลักสามประการ:

1. ปรับปรุงความแม่นยำด้วยข้อมูลวิวัฒนาการจากการจัดตำแหน่งหลายลำดับ
2. ปรับปรุงการทำนายเบตาสแตรนด์ผ่านขั้นตอนการฝึกอบรมที่สมดุล
3. การทำนายส่วนโครงสร้างทุติยภูมิที่แม่นยำยิ่งขึ้นโดยใช้ระบบหลายระดับ

ความสามารถในการเข้าถึงของตัวทำละลายถูกคาดการณ์โดยการให้คะแนนวิธีโครงข่ายประสาทเทียมที่สหสัมพันธ์
ค่าสัมประสิทธิ์ (ความสัมพันธ์ระหว่างตัวทำละลายสัมพัทธ์ที่สังเกตได้จากการทดลองและที่คาดการณ์ไว้
ความสามารถในการเข้าถึง) 0.54 ที่ตรวจสอบข้ามชุดของโปรตีนทรงกลม 238 (Rost & Sander,
โปรตีน, 1994, 20, 216-226; การประเมินความถูกต้อง) ผลลัพธ์ของโครงข่ายประสาทเทียม
รหัสสำหรับการเข้าถึงแบบสัมพัทธ์ 10 สถานะ แสดงในหน่วยของความแตกต่าง
ระหว่างการทำนายโดยการสร้างแบบจำลองความคล้ายคลึงกัน (วิธีที่ดีที่สุด) และการทำนายแบบสุ่ม (แย่ที่สุด
วิธี) PROFacc มีคะแนนเหนือกว่าเครือข่ายประสาทเทียมประมาณ 26 เปอร์เซ็นต์
โดยใช้สถานะเอาต์พุตสามสถานะ (ฝัง กลาง เปิดเผย) และไม่ใช้ข้อมูลจาก
การจัดตำแหน่งหลาย

เอ็นไซม์ของเมมเบรนในโปรตีนเมมเบรนหนึ่งตัวถูกทำนายโดยระบบของระบบประสาท
เครือข่าย ข้อเสียของระบบเครือข่ายคือ มักจะเป็นเกลียวที่ยาวเกินไป
ทำนาย สิ่งเหล่านี้ถูกตัดโดยตัวกรองเชิงประจักษ์ คำทำนายสุดท้าย (Rost et al.,
วิทยาศาสตร์โปรตีน, 1995, 4, 521-533; การประเมินความถูกต้อง) มีสารตกค้างที่คาดหวัง
ความแม่นยำประมาณ 95% จำนวนผลบวกลวง เช่น ขั้วเยื่อหุ้มเซลล์
คาดการณ์ในโปรตีนทรงกลมประมาณ 2% การทำนายโครงข่ายประสาทของ
transmembrane helices (PHDhtm) ได้รับการปรับปรุงโดยอัลกอริธึมที่เหมือนการเขียนโปรแกรมแบบไดนามิก นี้
วิธีการทำให้ทำนายเส้นเอ็นของเมมเบรนทั้งหมดได้ถูกต้องถึง 89% ของ131
โปรตีนที่ใช้ในการทดสอบ cross-validation; มากกว่า 98% ของเฮลิซของเมมเบรนอยู่ที่
ทำนายได้ถูกต้อง ผลลัพธ์ของวิธีนี้ใช้เพื่อทำนายโทโพโลยี กล่าวคือ
ทิศทางของระยะ N เทียบกับเมมเบรน ความแม่นยำที่คาดหวังของ
การทำนายโทโพโลยีคือ > 86% ความแม่นยำในการทำนายสูงกว่าค่าเฉลี่ยสำหรับยูคาริโอต
โปรตีนและต่ำกว่าค่าเฉลี่ยสำหรับโปรคาริโอต PHDtopology มีความแม่นยำมากกว่าทั้งหมด
วิธีอื่นที่ทดสอบในชุดข้อมูลที่เหมือนกัน

หากไม่มีตัวเลือกไฟล์เอาต์พุต (เช่น --fileRdb or --fileOut) ได้รับการจัดรูปแบบ RDB
ผลลัพธ์ถูกเขียนลงใน ./INPUTFILENAME.prof โดยที่ 'prof' แทนที่ส่วนขยายของ
ไฟล์อินพุต ในกรณีที่ไม่มีนามสกุล '.prof' จะถูกผนวกเข้ากับชื่อไฟล์อินพุต

เอาท์พุต รูป
รูปแบบ RDB มีคำอธิบายประกอบ โปรดดูผลลัพธ์ตัวอย่างใน /share/profphd/ศ./exa.

ข้อมูลอ้างอิง

Rost, B. และ Sander, C. (1994a) รวมข้อมูลวิวัฒนาการและโครงข่ายประสาทเทียมเข้ากับ
ทำนายโครงสร้างรองของโปรตีน โปรตีน 19(1) 55-72
Rost, B. และ Sander, C. (1994b) การอนุรักษ์และการทำนายการเข้าถึงตัวทำละลายใน
ครอบครัวโปรตีน โปรตีน 20(3) 216-26
Rost, B. , Casadio, R. , Fariselli, P. และ Sander, C. (1995) เกลียวเมมเบรน
ทำนายได้แม่นยำ 95% โปรตีนวิทย์ 4(3) 521-33

OPTIONS

ดูคำสำคัญแต่ละคำสำหรับความช่วยเหลือเพิ่มเติม ส่วนใหญ่มีแนวโน้มที่จะแตกหัก

รูปแบบการเชื่อมต่อทางเลือก (ค่าเริ่มต้น=3)

3 ทำนายวินาที + acc + htm

acc ทำนายการเข้าถึงตัวทำละลายเท่านั้น

ali เพิ่มการจัดตำแหน่งให้กับไฟล์เอาต์พุต PROF ที่ 'มนุษย์อ่านได้'

โค้ง
สถาปัตยกรรมระบบ (เช่น SGI64|SGI5|SGI32|SUNMP|ALPHA)

ASCII
เขียนไฟล์เอาต์พุต PROF ที่มนุษย์อ่านได้

ดีที่สุด
PROF ด้วยความแม่นยำสูงสุดและรันไทม์นานที่สุด

ทั้งสอง
ทำนายโครงสร้างรองและการเข้าถึงตัวทำละลาย

ข้อมูล
ข้อมูล= สำหรับ HTML ออก: เฉพาะส่วนของการคาดการณ์ที่เขียน

การแก้ปัญหา
เก็บไฟล์ระดับกลางส่วนใหญ่พิมพ์ข้อความแก้ไขข้อบกพร่อง

ผบ
ไดเร็กทอรีงาน ค่าเริ่มต้น: ไดเร็กทอรีชั่วคราวจาก File::Temp::tempdir ต้องเต็มที่
เส้นทางที่ผ่านการรับรอง

รู้จักทำงาน.

ทำEval
การประเมิน DO สำหรับรายการ (สำหรับโครงสร้างและรายการที่รู้จักเท่านั้น)

ทำตัวกรองHssp
กรองไฟล์ HSSP อินพุต (ยกเว้นบางคู่)

ทำHtmfil
DO กรองการทำนายเมมเบรน (ค่าเริ่มต้น)

ทำHtmisit
ตรวจสอบความแข็งแรงของเกลียวเมมเบรนที่คาดการณ์ไว้ (ค่าเริ่มต้น)

อ้างอิง
ปรับแต่งการทำนายเมมเบรน (ค่าเริ่มต้น)

ทำHtmtop
ทอพอโลยีเกลียวเมมเบรน DO (ค่าเริ่มต้น)

สพป
แปลง PROF เป็นรูปแบบ DSSP

ขยายตัว
ขยายการแทรกเมื่อแปลงเอาต์พุตเป็นรูปแบบ MSF

รวดเร็ว
PROF ด้วยความแม่นยำต่ำสุดและความเร็วสูงสุด

ไฟล์แคส
ชื่อของเอาต์พุต PROF ในรูปแบบ CASP (file.caspProf)

ไฟล์ Dssp
ชื่อของเอาต์พุต PROF ในรูปแบบ DSSP (file.dsspProf)

ไฟล์Html
ชื่อของผลลัพธ์ PROF ในรูปแบบ HTML (file.htmlProf)

ไฟล์Msf
ชื่อของเอาต์พุต PROF ในรูปแบบ MSF (file.msfProf)

ไฟล์ไม่ Htm
ชื่อของไฟล์แฟล็กที่ไม่พบเมมเบรนเฮลิกส์

ไฟล์ออก
ชื่อของเอาต์พุต PROF ในรูปแบบ RDB (file.rdbProf)

รู้จักทำงาน.

ไฟล์ศ
ชื่อของเอาต์พุต PROF ในรูปแบบที่มนุษย์อ่านได้ (file.prof)

เสีย

ไฟล์ Rdb
ชื่อของเอาต์พุต PROF ในรูปแบบ RDB (file.rdbProf)

รู้จักทำงาน.

ไฟล์เซฟ
ชื่อของเอาต์พุต PROF ในรูปแบบ SAF (file.safProf)

กรอง
กรองไฟล์ HSSP อินพุต (ยกเว้นบางคู่)

ดี
PROF ด้วยความแม่นยำที่ดีและความเร็วปานกลาง

กราฟ
เพิ่มกราฟ ASCII ให้กับไฟล์เอาต์พุต PROF ที่ 'มนุษย์อ่านได้'

htm ใช้: 'htm= ' ให้เกลียวของเมมเบรนน้อยที่สุดที่ตรวจพบค่าเริ่มต้นคือ 'htm=0'
(resp. htm=0.8) ตัวเลขที่น้อยกว่า มีผลบวกปลอมมากกว่า และลบเท็จน้อยลง!

อาร์กิวเมนต์ html
'hmtl' หรือ 'html= ' เขียนรูปแบบ HTML ของการทำนาย 'html' จะส่งผลให้
ที่เอาต์พุต PROF ถูกแปลงเป็น HTML 'html=body' จำกัด ไฟล์ HTML เป็น
ส่วนแท็ก HTML_BODY 'html=head' จำกัดไฟล์ HTML ไว้ที่ส่วนแท็ก HTML_HEADER
'html=all' ให้ทั้ง HEADER และ BODY

KeepConv
ให้แปลงไฟล์อินพุตเป็นรูปแบบ HSSP

อาร์กิวเมนต์ keepFilter
<*|doKeepFilter=1> เก็บไฟล์ HSSP ที่ถูกกรองไว้

อาร์กิวเมนต์ keepHssp
<*|doKeepHssp=1> เก็บไฟล์ HSSP ระดับกลางไว้

อาร์กิวเมนต์ keepNetDb
<*|doKeepNetDb=1> เก็บไฟล์ DbNet ระดับกลางไว้

รายการอาร์กิวเมนต์
<*|isList=1> ไฟล์อินพุตคือรายการไฟล์

msf แปลง PROF เป็นรูปแบบ MSF

ดี
ให้ 'nice-D' เพื่อตั้งค่าที่ดี (ลำดับความสำคัญ) ของงาน

ไม่มีProFHead
อย่าคัดลอกไฟล์ที่มีตารางลงในไดเร็กทอรีท้องถิ่น

ไม่มีการค้นหา
ย่อมาจาก doSearchFile=0, คือไม่มีการค้นหาไฟล์ DB

โนอาสซี
surpress เขียนไฟล์ผลลัพธ์ ASCII (เช่นมนุษย์ที่อ่านได้)

โนเอชแอล
surpress การเขียนไฟล์ผลลัพธ์ HTML

นอนิซ
งานจะไม่เรียบร้อย คือ ไม่ทำงานที่มีลำดับความสำคัญต่ำกว่า

ไม่Eval
อย่าตรวจสอบความถูกต้องแม้ในขณะที่โครงสร้างที่รู้จัก

ไม่Htmfil
อย่ากรองการทำนายเมมเบรน

ไม่Htmisit
อย่าตรวจสอบว่าเกลียวเมมเบรนแข็งแรงเพียงพอหรือไม่

ไม่Htmref
อย่าปรับแต่งการทำนายเมมเบรน

ไม่Htmtop
ไม่เมมเบรน helix โทโพโลยี

nresPerLineAli
จำนวนอักขระที่ใช้สำหรับไฟล์ MSF ค่าเริ่มต้น: 50

ตัวเลขMin
จำนวนเรซิดิวขั้นต่ำในการรันเครือข่าย มิฉะนั้น prd=symbolPrdShort ค่าเริ่มต้น: 9.

เลือกคณะลูกขุน
เพิ่มปริญญาเอกในคณะลูกขุน ค่าเริ่มต้น: `ปกติ, usePHD'

พารามิเตอร์อื่น ๆ จำนวนมากเปลี่ยนค่าเริ่มต้นสำหรับพารามิเตอร์นี้เป็นผลข้างเคียง รายการคือ
ไม่ครอบคลุม:

phd, nophd, /^para(3|ทั้งสอง|วินาที|Acc|Htm|CapH|CapE|CapHE)/, /^para?/, jct

para3
ไฟล์พารามิเตอร์ sec+acc+htm ค่าเริ่มต้น: ` /net/PROFboth_best.par'.

พาราแอค
ไฟล์พารามิเตอร์สำหรับ acc. ค่าเริ่มต้น: ` /net/PROFacc_best.par'.

พาราทั้งสอง
ไฟล์พารามิเตอร์ sec+acc ค่าเริ่มต้น: ` /net/PROFboth_best.par'.

วรรควินาที
ไฟล์พารามิเตอร์สำหรับวินาที ค่าเริ่มต้น: ` /net/PROFsec_best.par'.

riSubบัญชี
ดัชนีความน่าเชื่อถือขั้นต่ำ (RI) สำหรับชุดย่อย PROFacc ค่าเริ่มต้น: 4.

riSubSec
ดัชนีความน่าเชื่อถือขั้นต่ำ (RI) สำหรับชุดย่อย PROFsec ค่าเริ่มต้น: 5.

รีซับซิม
สัญลักษณ์ของสารตกค้างที่ทำนายด้วย RI < riSubSec/Acc. ค่าเริ่มต้น: `.'

ข้าม
ปัญหา, คู่มือ, คำแนะนำ, สัญกรณ์, txt, รู้จัก, เสร็จสิ้น, วันที่, วันที่, aa, Lhssp, numaa,
รหัส

saf แปลง PROF เป็นรูปแบบ SAF

scrAddHelp
scrเป้าหมาย
การสลับโครงข่ายประสาทเทียม

scrHelpTxt
รูปแบบไฟล์อินพุตที่ยอมรับ:
hssp, dssp, msf, saf, fastamul, pirmul, fasta, pir, gcg, สวิส

สกรีน
list_of_files (หรือไฟล์เดียว) Parameter_file

scrName
ศ

scrNarg
2

วินาที ทำนายโครงสร้างรองเท่านั้น

เงียบ
ไม่มีข้อมูลที่เขียนลงบนหน้าจอ - นี่คือค่าเริ่มต้น

ข้ามหายไป
อย่ายกเลิกหากไฟล์อินพุตหายไป!

ไฟล์ต้นทาง
ศ

ทดสอบ
เป็นเพียงการทดสอบ (เร็วกว่า)

แปลค่า jobid ในพารามิเตอร์
สตริง 'jobid' ถูกแทนที่ด้วย $par{jobid}

tst เรียกใช้โปรแกรมอย่างรวดเร็ว ความแม่นยำต่ำ

ผู้ใช้งาน
ชื่อผู้ใช้

--รุ่น
ฉบับพิมพ์

ใช้ prof ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net