นี่คือคำสั่ง subread-align ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
subread-align - เครื่องมือจัดตำแหน่งที่แม่นยำและมีประสิทธิภาพสำหรับการทำแผนที่ทั้งการอ่าน DNA-seq ของจีโนม
และ RNA-seq อ่าน (เพื่อวัตถุประสงค์ในการวิเคราะห์นิพจน์)
การใช้
subread-จัดตำแหน่ง [ตัวเลือก] -i -r -o -t
อาร์กิวเมนต์ที่จำเป็น:
-i
ชื่อฐานของดัชนี
-r
ชื่อของไฟล์อินพุต รูปแบบอินพุตรวมถึง gzipped fastq, fastq และ fasta can
จะถูกตรวจจับโดยอัตโนมัติ ถ้า pair-end นี่ควรให้ชื่อ file
รวมทั้งการอ่านครั้งแรก
-t
ประเภทของข้อมูลการจัดลำดับอินพุต ค่าของมันรวมถึง 0: RNA-seq data 1: genomic
ข้อมูลลำดับดีเอ็นเอ
อาร์กิวเมนต์ตัวเลือก:
-o
ชื่อของไฟล์ที่ส่งออก โดยค่าเริ่มต้น ผลลัพธ์จะอยู่ในรูปแบบ BAM
-n
จำนวนการอ่านย่อยที่เลือก 10 โดยค่าเริ่มต้น
-m
เกณฑ์ฉันทามติสำหรับการรายงาน Hit (จำนวนการอ่านย่อยขั้นต่ำที่แมปใน
ฉันทามติ). หากใช้คู่จบ สิ่งนี้จะให้เกณฑ์ฉันทามติสำหรับการอ่านสมอ
3 โดยค่าเริ่มต้น
-M
ระบุจำนวนสูงสุดของฐานที่ไม่ตรงกันที่อนุญาตในการจัดตำแหน่ง 3 โดย
ค่าเริ่มต้น. การจับคู่ที่ไม่ตรงกันที่พบในฐานซอฟต์คลิปจะไม่ถูกนับ
-T
จำนวนเธรด CPU ที่ใช้ 1 โดยค่าเริ่มต้น
-I
ความยาวสูงสุด (เป็น bp) ของอินเดลที่สามารถตรวจพบได้ 5 โดยค่าเริ่มต้น โปรแกรม
สามารถตรวจจับอินเดลได้ยาวถึง 200bp
-B
จำนวนสูงสุดของตำแหน่งแผนที่ที่ดีที่สุดเท่าๆ กันที่จะรายงาน 1 โดยค่าเริ่มต้น บันทึก
ที่ -u ตัวเลือกมีความสำคัญมากกว่า -B.
-P <3:6>
รูปแบบของคะแนน Phred ในไฟล์อินพุต '3' สำหรับ phred+33 และ '6' สำหรับ phred+64 '3'
โดยค่าเริ่มต้น
-u รายงานแมปที่ไม่ซ้ำแบบอ่านอย่างเดียว จำนวนเบสที่ตรงกัน (สำหรับ RNA-seq) หรือ
เบสที่ไม่ตรงกัน (สำหรับจีโนม DNA-seq) ใช้เพื่อทำลายการผูก
-b แปลงฐานการอ่านพื้นที่สีเป็นฐานอ่านพื้นที่ฐานในเอาต์พุตการแมป บันทึก
ที่ทำแผนที่อ่านจะดำเนินการที่ปริภูมิสี
--sv ตรวจจับความแปรผันของโครงสร้าง (เช่น อินเดลแบบยาว การผกผัน การทำซ้ำ และ
การโยกย้าย) และรายงานจุดพัก ดูคู่มือผู้ใช้สำหรับเบรกพอยต์
รายงาน
--สมินพุต
การอ่านอินพุตอยู่ในรูปแบบ SAM
--BAMinput
การอ่านอินพุตอยู่ในรูปแบบ BAM
--SAMOutput
บันทึกผลการแมปในรูปแบบ SAM
--trim5
ตัดออก จำนวนฐานจากจุดสิ้นสุด 5' ของการอ่านแต่ละครั้ง 0 โดยค่าเริ่มต้น
--trim3
ตัดออก จำนวนฐานจากจุดสิ้นสุด 3' ของการอ่านแต่ละครั้ง 0 โดยค่าเริ่มต้น
--rg-id
เพิ่มรหัสกลุ่มการอ่านไปยังเอาต์พุต
--rg
เพิ่ม ไปยังส่วนหัวกลุ่มการอ่าน (RG) ในเอาต์พุต
--DPGapOpen บทลงโทษสำหรับการเปิดช่องว่างในการตรวจจับอินเดลแบบสั้น -1 by
ค่าเริ่มต้น.
--DPGapExt
บทลงโทษสำหรับการขยายช่องว่างในการตรวจจับอินเดลแบบสั้น 0 โดยค่าเริ่มต้น
--DPMไม่ตรงกัน บทลงโทษสำหรับการไม่ตรงกันในการตรวจจับอินเดลแบบสั้น 0 โดย
ค่าเริ่มต้น.
--DPMatch
คะแนนสำหรับฐานที่ตรงกันในการตรวจจับอินเดลแบบสั้น 2 โดยค่าเริ่มต้น
--Indels ที่ซับซ้อน
ตรวจจับอินเดลสั้นหลายตัวที่เกิดขึ้นพร้อมกันในบริเวณจีโนมขนาดเล็ก
(อินเดลเหล่านี้อาจอยู่ใกล้กันถึง 1bp)
-v เวอร์ชันเอาต์พุตของโปรแกรม
อาร์กิวเมนต์ที่เป็นตัวเลือกสำหรับการอ่านแบบคู่:
-R
ชื่อของไฟล์รวมทั้งการอ่านครั้งที่สอง
-p
เกณฑ์ฉันทามติสำหรับการไม่อ่านสมอ (ได้รับคะแนนเสียงน้อยกว่าสมอ
อ่านจากคู่เดียวกัน) 1 โดยค่าเริ่มต้น
-d
ความยาวส่วนย่อย/ส่วนแทรกขั้นต่ำ 50bp โดยค่าเริ่มต้น
-D
ความยาวส่วนย่อย/แทรกสูงสุด 600bp โดยค่าเริ่มต้น
-S
การวางแนวของการอ่านครั้งแรกและครั้งที่สอง 'fr' โดยค่าเริ่มต้น ( ไปข้างหน้า/ย้อนกลับ)
โปรดดูคู่มือผู้ใช้สำหรับคำอธิบายโดยละเอียดเกี่ยวกับอาร์กิวเมนต์
ใช้ subread-align ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
