twofeate - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

twofeat - ค้นหาคู่คุณสมบัติใกล้เคียงตามลำดับ

เรื่องย่อ

สองความสำเร็จ -ลำดับ ภาคต่อ [-แหล่งที่มา เชือก] -ประเภท เชือก [-ความรู้สึก รายการ] [-aminscore ลอย]
[-amaxscore ลอย] [-แท็ก เชือก] [- ค่า เชือก] [-bsource เชือก] -bประเภท เชือก
[-bense รายการ] [-bminscore ลอย] [-bmaxscore ลอย] [-bแท็ก เชือก]
[ค่า -b เชือก] [-คาบเกี่ยวกัน รายการ] - minrange จำนวนเต็ม -ช่วงสูงสุด จำนวนเต็ม
[-ช่วงประเภท รายการ] [- รุนแรง รายการ] [-คำสั่ง รายการ] [- ทูเอาท์ ข้อศอก] -พิมพ์ดีด เชือก
-outfile รายงาน

สองความสำเร็จ -ช่วยด้วย

DESCRIPTION

สองความสำเร็จ เป็นโปรแกรมบรรทัดคำสั่งจาก EMBOSS (“ the European Molecular Biology Open
ชุดซอฟต์แวร์”) เป็นส่วนหนึ่งของกลุ่มคำสั่ง "ตารางคุณลักษณะ"

OPTIONS

อินพุต ส่วน
-ลำดับ ภาคต่อ

ชื่อจริง ลักษณะ ตัวเลือก
-แหล่งที่มา เชือก
โดยค่าเริ่มต้นแหล่งที่มาของคุณลักษณะใดๆ ในตารางคุณลักษณะจะได้รับอนุญาต คุณสามารถตั้งค่านี้เป็น
จับคู่แหล่งคุณลักษณะที่คุณต้องการอนุญาต ชื่อแหล่งที่มามักจะเป็นชื่อ
ของโปรแกรมที่ตรวจพบคุณลักษณะหรือเป็นตารางคุณลักษณะ (เช่น EMBL) ที่
คุณลักษณะนี้มาจาก แหล่งที่มาอาจถูกไวลด์การ์ดโดยใช้ '*' หากคุณต้องการที่จะอนุญาต
มากกว่าหนึ่งแหล่ง แยกชื่อด้วยอักขระ '|' เช่น gene* | สัญลักษณ์
ค่าเริ่มต้น: *

-ประเภท เชือก
โดยค่าเริ่มต้น ทุกคุณลักษณะในตารางคุณลักษณะจะได้รับอนุญาต คุณสามารถตั้งค่านี้เป็นอะไรก็ได้
ประเภทคุณลักษณะที่คุณต้องการอนุญาต ดู http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ สำหรับรายการ
ประเภทคุณลักษณะ EMBL และดูภาคผนวก A ของคู่มือผู้ใช้ Swissprot ใน
http://www.expasy.org/sprot/userman.html สำหรับรายการประเภทฟีเจอร์ Swissprot
ประเภทอาจถูกไวด์การ์ดโดยใช้ '*' หากคุณต้องการอนุญาตมากกว่าหนึ่งประเภท
แยกชื่อด้วยอักขระ '|' เช่น *UTR | intron ค่าเริ่มต้น: *

-ความรู้สึก รายการ
โดยค่าเริ่มต้น การรับรู้คุณลักษณะใดๆ จะได้รับอนุญาต คุณสามารถตั้งค่านี้เพื่อให้ตรงกับความรู้สึกที่ต้องการ

-aminscore ลอย
หากคะแนนนี้มากกว่าหรือเท่ากับคะแนนสูงสุด จะอนุญาตให้ใช้คะแนนใดก็ได้
ค่าเริ่มต้น: 0.0

-amaxscore ลอย
หากคะแนนนี้น้อยกว่าหรือเท่ากับคะแนนสูงสุด จะอนุญาตให้ใช้คะแนนใดก็ได้
ค่าเริ่มต้น: 0.0

-แท็ก เชือก
แท็กคือประเภทของค่าพิเศษที่ฟีเจอร์อาจมี ตัวอย่างเช่นใน EMBL
ตารางคุณลักษณะ คุณลักษณะประเภท 'CDS' อาจมีแท็ก '/codon', '/codon_start'
'/db_xref', '/EC_number', '/evidence', '/exception', '/function', '/gene', '/label',
'/map', '/note', '/number', '/partial', '/product', '/protein_id', '/pseudo',
'/standard_name', '/translation', '/transl_except', '/transl_table' หรือ '/usedin'
แท็กเหล่านี้บางส่วนมีค่าเช่นกัน ตัวอย่างเช่น '/gene' สามารถมีค่าของ
ชื่อยีน โดยค่าเริ่มต้น แท็กคุณลักษณะใดๆ ในตารางคุณลักษณะจะได้รับอนุญาต คุณสามารถตั้งค่า
เพื่อให้ตรงกับแท็กคุณลักษณะที่คุณต้องการอนุญาต แท็กอาจถูกไวด์การ์ดโดยใช้
'*'. หากคุณต้องการอนุญาตมากกว่าหนึ่งแท็ก ให้แยกชื่อด้วยตัวอักษร
'|' เช่น ยีน | ป้ายกำกับ ค่าเริ่มต้น: *

- ค่า เชือก
ค่าแท็กคือค่าที่เกี่ยวข้องกับแท็กคุณลักษณะ แท็กเป็นประเภทพิเศษ
ค่าที่คุณสมบัติอาจมี ตัวอย่างเช่น ในตารางคุณลักษณะ EMBL ประเภท 'CDS' เป็น
คุณลักษณะอาจมีแท็ก '/codon', '/codon_start', '/db_xref', '/EC_number',
'/หลักฐาน', '/ข้อยกเว้น', '/ฟังก์ชัน', '/ยีน', '/ป้ายกำกับ', '/map', '/หมายเหตุ', '/หมายเลข',
'/บางส่วน', '/product', '/protein_id', '/pseudo', '/standard_name', '/translation',
'/transl_except', '/transl_table' หรือ '/usein' มีเพียงบางส่วนของแท็กเหล่านี้เท่านั้นที่สามารถมีได้
ค่า เช่น '/gene' สามารถมีค่าของชื่อยีนได้ โดยค่าเริ่มต้น any
อนุญาตให้ใช้ค่าแท็กคุณลักษณะในตารางคุณลักษณะ คุณสามารถตั้งค่านี้เพื่อให้ตรงกับทุก
ค่าแท็กคุณลักษณะที่คุณต้องการอนุญาต ค่าแท็กอาจใช้สัญลักษณ์แทนได้โดยใช้ '*' ถ้า
คุณต้องการให้ค่าแท็กมากกว่าหนึ่งค่า แยกชื่อด้วย character
'|' เช่น pax* | 10 ค่าเริ่มต้น: *

ที่สอง ลักษณะ ตัวเลือก
-bsource เชือก
โดยค่าเริ่มต้นแหล่งที่มาของคุณลักษณะใดๆ ในตารางคุณลักษณะจะได้รับอนุญาต คุณสามารถตั้งค่านี้เป็น
จับคู่แหล่งคุณลักษณะที่คุณต้องการอนุญาต ชื่อแหล่งที่มามักจะเป็นชื่อ
ของโปรแกรมที่ตรวจพบคุณลักษณะหรือเป็นตารางคุณลักษณะ (เช่น EMBL) ที่
คุณลักษณะนี้มาจาก แหล่งที่มาอาจถูกไวลด์การ์ดโดยใช้ '*' หากคุณต้องการที่จะอนุญาต
มากกว่าหนึ่งแหล่ง แยกชื่อด้วยอักขระ '|' เช่น gene* | สัญลักษณ์
ค่าเริ่มต้น: *

-bประเภท เชือก
โดยค่าเริ่มต้น ทุกคุณลักษณะในตารางคุณลักษณะจะได้รับอนุญาต คุณสามารถตั้งค่านี้เป็นอะไรก็ได้
ประเภทคุณลักษณะที่คุณต้องการอนุญาต ดู http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ สำหรับรายการ
ประเภทคุณลักษณะ EMBL และดูภาคผนวก A ของคู่มือผู้ใช้ Swissprot ใน
http://www.expasy.org/sprot/userman.html สำหรับรายการประเภทฟีเจอร์ Swissprot
ประเภทอาจถูกไวด์การ์ดโดยใช้ '*' หากคุณต้องการอนุญาตมากกว่าหนึ่งประเภท
แยกชื่อด้วยอักขระ '|' เช่น *UTR | intron ค่าเริ่มต้น: *

-bense รายการ
โดยค่าเริ่มต้น การรับรู้คุณลักษณะใดๆ จะได้รับอนุญาต คุณสามารถตั้งค่านี้เพื่อให้ตรงกับความรู้สึกที่ต้องการ

-bminscore ลอย
หากคะแนนนี้มากกว่าหรือเท่ากับคะแนนสูงสุด จะอนุญาตให้ใช้คะแนนใดก็ได้
ค่าเริ่มต้น: 0.0

-bmaxscore ลอย
หากคะแนนนี้น้อยกว่าหรือเท่ากับคะแนนสูงสุด จะอนุญาตให้ใช้คะแนนใดก็ได้
ค่าเริ่มต้น: 0.0

-bแท็ก เชือก
แท็กคือประเภทของค่าพิเศษที่ฟีเจอร์อาจมี ตัวอย่างเช่นใน EMBL
ตารางคุณลักษณะ คุณลักษณะประเภท 'CDS' อาจมีแท็ก '/codon', '/codon_start'
'/db_xref', '/EC_number', '/evidence', '/exception', '/function', '/gene', '/label',
'/map', '/note', '/number', '/partial', '/product', '/protein_id', '/pseudo',
'/standard_name', '/translation', '/transl_except', '/transl_table' หรือ '/usedin'
แท็กเหล่านี้บางส่วนมีค่าเช่นกัน ตัวอย่างเช่น '/gene' สามารถมีค่าของ
ชื่อยีน โดยค่าเริ่มต้น แท็กคุณลักษณะใดๆ ในตารางคุณลักษณะจะได้รับอนุญาต คุณสามารถตั้งค่า
เพื่อให้ตรงกับแท็กคุณลักษณะที่คุณต้องการอนุญาต แท็กอาจถูกไวด์การ์ดโดยใช้
'*'. หากคุณต้องการอนุญาตมากกว่าหนึ่งแท็ก ให้แยกชื่อด้วยตัวอักษร
'|' เช่น ยีน | ป้ายกำกับ ค่าเริ่มต้น: *

ค่า -b เชือก
ค่าแท็กคือค่าที่เกี่ยวข้องกับแท็กคุณลักษณะ แท็กเป็นประเภทพิเศษ
ค่าที่คุณสมบัติอาจมี ตัวอย่างเช่น ในตารางคุณลักษณะ EMBL ประเภท 'CDS' เป็น
คุณลักษณะอาจมีแท็ก '/codon', '/codon_start', '/db_xref', '/EC_number',
'/หลักฐาน', '/ข้อยกเว้น', '/ฟังก์ชัน', '/ยีน', '/ป้ายกำกับ', '/map', '/หมายเหตุ', '/หมายเลข',
'/บางส่วน', '/product', '/protein_id', '/pseudo', '/standard_name', '/translation',
'/transl_except', '/transl_table' หรือ '/usein' มีเพียงบางส่วนของแท็กเหล่านี้เท่านั้นที่สามารถมีได้
ค่า เช่น '/gene' สามารถมีค่าของชื่อยีนได้ โดยค่าเริ่มต้น any
อนุญาตให้ใช้ค่าแท็กคุณลักษณะในตารางคุณลักษณะ คุณสามารถตั้งค่านี้เพื่อให้ตรงกับทุก
ค่าแท็กคุณลักษณะที่คุณต้องการอนุญาต ค่าแท็กอาจใช้สัญลักษณ์แทนได้โดยใช้ '*' ถ้า
คุณต้องการให้ค่าแท็กมากกว่าหนึ่งค่า แยกชื่อด้วย character
'|' เช่น pax* | 10 ค่าเริ่มต้น: *

ลักษณะ ความสัมพันธ์ ตัวเลือก
-คาบเกี่ยวกัน รายการ
สิ่งนี้ทำให้คุณสามารถระบุการทับซ้อนที่อนุญาตของคุณสมบัติ A และ B คุณสามารถอนุญาต
ทับซ้อนใด ๆ หรือไม่ทับซ้อนกัน ระบุว่าต้องหรือไม่ทับซ้อนกันว่าต้องหรือต้อง
ไม่ถูกปิดทั้งหมดภายในคุณลักษณะอื่น ค่าเริ่มต้น: A

- minrange จำนวนเต็ม
หากค่านี้มากกว่าหรือเท่ากับ 'ช่วงสูงสุด' จะไม่มีการระบุช่วงต่ำสุดหรือสูงสุด

-ช่วงสูงสุด จำนวนเต็ม
หากน้อยกว่าหรือเท่ากับ 'minrange' จะไม่มีการระบุช่วงต่ำสุดหรือสูงสุด

-ช่วงประเภท รายการ
สิ่งนี้ทำให้คุณสามารถระบุตำแหน่งจากค่าต่ำสุดหรือสูงสุดที่อนุญาตได้
วัดระยะห่างระหว่างคุณสมบัติ ค่าเริ่มต้น: N

- รุนแรง รายการ
ซึ่งจะทำให้คุณสามารถระบุความรู้สึกที่จำเป็นว่าต้องเปิดคุณลักษณะทั้งสองไว้ นี้
จะถูกละเว้น ('ใดๆ' เสมอ) เมื่อดูคุณลักษณะลำดับโปรตีน ค่าเริ่มต้น: A

-คำสั่ง รายการ
ซึ่งช่วยให้คุณระบุลำดับที่ต้องการของคุณสมบัติทั้งสองได้ คำสั่งคือ
วัดจากตำแหน่งเริ่มต้นของคุณสมบัติ ใช้เกณฑ์นี้เสมอ
แม้จะต้องใช้ประเภททับซ้อนที่ระบุ ค่าเริ่มต้น: A

เอาท์พุต ส่วน
- ทูเอาท์ ข้อศอก
หากคุณตั้งค่านี้เป็นจริง คุณลักษณะทั้งสองจะถูกเขียนออกมาเอง ถ้า
เหลือไว้เป็นเท็จ แล้วจะมีการเขียนคุณลักษณะเดียวที่ครอบคลุมทั้งสอง
คุณสมบัติที่คุณพบ ค่าเริ่มต้น: N

-พิมพ์ดีด เชือก
หากคุณได้ระบุว่าคู่ของคุณสมบัติที่พบควรรายงานเป็น
หนึ่งคุณลักษณะในผลลัพธ์ จากนั้นคุณสามารถระบุชื่อ 'ประเภท' ของคุณสมบัติใหม่ได้
ที่นี่. โดยค่าเริ่มต้น ทุกคุณลักษณะในตารางคุณลักษณะจะได้รับอนุญาต ดู
http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ สำหรับรายการประเภทคุณลักษณะ EMBL และดู
ภาคผนวก A ของคู่มือผู้ใช้ Swissprot ใน http://www.expasy.org/sprot/userman.html
สำหรับรายการประเภทฟีเจอร์ Swissprot หากคุณระบุประเภทคุณสมบัติที่ไม่ถูกต้อง
ชื่อ จากนั้นจะใช้ชื่อเริ่มต้น 'misc_feature' ค่าเริ่มต้น: misc_feature

-outfile รายงาน

ใช้ twofeate ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net