นี่คือแอป Linux ชื่อ clusterProfiler ซึ่งสามารถดาวน์โหลดเวอร์ชันล่าสุดได้ที่ clusterProfilersourcecode.tar.gz สามารถรันออนไลน์บน OnWorks ซึ่งเป็นผู้ให้บริการโฮสติ้งฟรีสำหรับเวิร์กสเตชัน
ดาวน์โหลดและรันแอปชื่อ clusterProfiler ออนไลน์ด้วย OnWorks ได้ฟรี
ทำตามคำแนะนำเหล่านี้เพื่อเรียกใช้แอปนี้:
- 1. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่นนี้ในพีซีของคุณ
- 2. เข้าไปที่ file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ด้วยชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 3. อัปโหลดแอปพลิเคชันนี้ในตัวจัดการไฟล์ดังกล่าว
- 4. เริ่มโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ OnWorks Linux หรือ Windows ออนไลน์ หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ MACOS จากเว็บไซต์นี้
- 5. จาก OnWorks Linux OS คุณเพิ่งเริ่มต้น ไปที่ตัวจัดการไฟล์ของเรา https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX พร้อมชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 6. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่น ติดตั้ง และเรียกใช้
ภาพหน้าจอ
Ad
คลัสเตอร์โปรไฟล์เลอร์
DESCRIPTION
clusterProfiler คือแพ็กเกจ R/Bioconductor ที่มอบเวิร์กโฟลว์แบบครบวงจรสำหรับการวิเคราะห์การเสริมสมรรถนะเชิงฟังก์ชัน เพื่อตีความผลลัพธ์โอเมิกส์ที่มีปริมาณงานสูง แพ็กเกจนี้รองรับทั้งการวิเคราะห์การแทนค่าเกิน (over-representation analysis) และการวิเคราะห์การเสริมสมรรถนะชุดยีน (gene set enrichment analysis) ช่วยให้คุณสามารถทำงานกับรายการยีนที่ไม่ได้จัดอันดับ หรือสถิติที่จัดอันดับจากกระบวนการดิฟเฟอเรนเชียล แพ็กเกจนี้เชื่อมต่อกับฐานความรู้ที่หลากหลาย เช่น Gene Ontology, KEGG, Reactome, Disease Ontology, MeSH และอื่นๆ ผ่านอินเทอร์เฟซที่สอดคล้องกัน คุณจึงสามารถสืบค้นข้อมูลทางชีววิทยาที่หลากหลายได้โดยไม่ต้องเขียนโค้ดใหม่ แพ็กเกจนี้ได้รับการออกแบบมาเพื่อให้ครอบคลุมทั้งฟีเจอร์การเข้ารหัสและฟีเจอร์ที่ไม่เข้ารหัส รวมถึงสิ่งมีชีวิตนับพันชนิด โดยใช้ประโยชน์จากคำอธิบายประกอบที่อัปเดตอย่างต่อเนื่อง ผลลัพธ์จะแสดงในโครงสร้างที่เป็นระเบียบเรียบร้อยและง่ายต่อการจัดการ และจับคู่กับฟังก์ชันการสร้างภาพข้อมูลที่หลากหลาย (ผ่านเครื่องมือเสริม) เพื่อสรุปวิถี คำศัพท์ และความสัมพันธ์ระหว่างชุดยีน
คุณสมบัติ
- เวิร์กโฟลว์ ORA และ GSEA แบบรวมในแหล่งคำอธิบายประกอบหลายแหล่ง
- รองรับสายพันธุ์กว้างโดยใช้คำอธิบายยีนที่ทันสมัย
- เอาท์พุตที่เป็นระเบียบเรียบร้อยซึ่งรวมเข้ากับไพพ์ไลน์ข้อมูล R ดาวน์สตรีมได้อย่างชัดเจน
- การสร้างภาพผลลัพธ์การเสริมประสิทธิภาพในตัวผ่านเครื่องมือสร้างแผนภูมิคู่ขนาน
- ยูทิลิตี้การเปรียบเทียบหลายกลุ่ม (เช่น compareCluster) สำหรับการวิเคราะห์ข้ามเงื่อนไข
- รายละเอียดและคู่มือสำหรับการศึกษาเสริมสมรรถนะแบบครบวงจรที่สามารถทำซ้ำได้
ภาษาโปรแกรม
R
หมวดหมู่
นี่คือแอปพลิเคชันที่สามารถดึงข้อมูลจาก https://sourceforge.net/projects/clusterprofiler.mirror/ ได้ แอปพลิเคชันนี้โฮสต์อยู่ใน OnWorks เพื่อให้ใช้งานออนไลน์ได้ง่ายที่สุดจากระบบปฏิบัติการฟรีของเรา
