นี่คือแอป Linux ชื่อ GenSeed-HMM เพื่อทำงานใน Linux ออนไลน์ ซึ่งสามารถดาวน์โหลดรีลีสล่าสุดเป็น tutorial_files.tgz สามารถเรียกใช้ออนไลน์ใน OnWorks ผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีสำหรับเวิร์กสเตชัน
ดาวน์โหลดและเรียกใช้แอปนี้ทางออนไลน์ที่ชื่อว่า GenSeed-HMM เพื่อทำงานใน Linux ออนไลน์ด้วย OnWorks ได้ฟรี
ทำตามคำแนะนำเหล่านี้เพื่อเรียกใช้แอปนี้:
- 1. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่นนี้ในพีซีของคุณ
- 2. เข้าไปที่ file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ด้วยชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 3. อัปโหลดแอปพลิเคชันนี้ในตัวจัดการไฟล์ดังกล่าว
- 4. เริ่มโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ OnWorks Linux หรือ Windows ออนไลน์ หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ MACOS จากเว็บไซต์นี้
- 5. จาก OnWorks Linux OS คุณเพิ่งเริ่มต้น ไปที่ตัวจัดการไฟล์ของเรา https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX พร้อมชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 6. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่น ติดตั้ง และเรียกใช้
ภาพหน้าจอ
Ad
GenSeed-HMM เพื่อทำงานใน Linux ออนไลน์
DESCRIPTION
GenSeed-HMM เป็นโปรแกรมสำหรับการประกอบ DNA แบบก้าวหน้าที่ขับเคลื่อนด้วยเมล็ดพันธุ์ มันแตกต่างจาก GenSeed ที่ตีพิมพ์ก่อนหน้านี้ในหลาย ๆ ด้าน แต่ชัดเจนกว่าโดยสามารถใช้โปรไฟล์ HMM เป็นเมล็ดพันธุ์ได้โดยพื้นฐานแล้ว GenSeed-HMM ดำเนินการสามอย่างซ้ำ ๆ กัน:
- รับสมัครอ่านโดยจับคู่กับเมล็ดพันธุ์
- รวบรวมการอ่านที่ได้รับคัดเลือก (รวมถึง contig ที่ประกอบก่อนหน้านี้)
- สร้างเมล็ดพันธุ์ใหม่ (สำหรับรอบต่อไปของการประกอบแบบก้าวหน้า) จากส่วนปลายของ contigs ที่สร้างขึ้นทั้งหมด
เมล็ดพันธุ์แรกถูกจัดเตรียมโดยผู้ใช้ และสามารถเป็นชิ้นส่วนของ DNA หรือลำดับโปรตีน หรือโปรไฟล์ HMM สำหรับความไวที่เพิ่มขึ้น
โปรแกรมนี้ขึ้นอยู่กับ BLAST+ หรือ hmmsearch และเครื่องมือสนับสนุนของบริษัทอื่นจำนวนหนึ่ง (ทรานส์เซกและตัวแยกของ EMBOSS, bowtie, sfffile และ sfinfo ของ 454) เครื่องมือใดที่จำเป็นต้องใช้ขึ้นอยู่กับชนิดของเมล็ดพันธุ์และแอสเซมเบลอร์ที่ใช้
แอสเซมเบลอร์ที่รองรับในปัจจุบัน ได้แก่ CAP3, Newbler, SOAPdenovo, Velvet และ Abyss
คุณสมบัติ
- การประกอบแบบก้าวหน้า
- การชุมนุมที่ขับเคลื่อนด้วยเมล็ดพันธุ์
- ทางเลือกที่หลากหลายของแอสเซมเบลอร์
- เมล็ดสามารถเป็นโปรไฟล์ HMMs, DNA หรือโปรตีน
ผู้ชม
วิทยาศาสตร์/การวิจัย ผู้ใช้ขั้นสูง ผู้ใช้ปลายทาง/เดสก์ท็อป
ส่วนติดต่อผู้ใช้
บรรทัดคำสั่ง
ภาษาโปรแกรม
Perl
นี่คือแอปพลิเคชันที่สามารถดึงข้อมูลจาก https://sourceforge.net/projects/genseedhmm/ มีการโฮสต์ใน OnWorks เพื่อให้ทำงานออนไลน์ในวิธีที่ง่ายที่สุดจากหนึ่งในระบบปฏิบัติการฟรีของเรา