นี่คือแอป Linux ชื่อ nichenetr ซึ่งสามารถดาวน์โหลดรุ่นล่าสุดเป็น v2.0.4.zip สามารถเรียกใช้ออนไลน์ได้ใน OnWorks ผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีสำหรับเวิร์กสเตชัน
ดาวน์โหลดและเรียกใช้แอปนี้ทางออนไลน์ชื่อ nichenetr พร้อม OnWorks ฟรี
ทำตามคำแนะนำเหล่านี้เพื่อเรียกใช้แอปนี้:
- 1. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่นนี้ในพีซีของคุณ
- 2. เข้าไปที่ file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ด้วยชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 3. อัปโหลดแอปพลิเคชันนี้ในตัวจัดการไฟล์ดังกล่าว
- 4. เริ่มโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ OnWorks Linux หรือ Windows ออนไลน์ หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ MACOS จากเว็บไซต์นี้
- 5. จาก OnWorks Linux OS คุณเพิ่งเริ่มต้น ไปที่ตัวจัดการไฟล์ของเรา https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX พร้อมชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 6. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่น ติดตั้ง และเรียกใช้
ภาพหน้าจอ
Ad
นิเชอเนเตอร์
DESCRIPTION
nichenetr: การใช้งาน R ของวิธี NicheNet เป้าหมายของ NicheNet คือการศึกษาการสื่อสารระหว่างเซลล์จากมุมมองของคอมพิวเตอร์ NicheNet ใช้ข้อมูลการแสดงออกของยีนของมนุษย์หรือของเมาส์ของเซลล์ที่มีปฏิสัมพันธ์เป็นอินพุตและรวมข้อมูลนี้เข้ากับโมเดลก่อนหน้าที่รวมความรู้ที่มีอยู่เกี่ยวกับเส้นทางการส่งสัญญาณลิแกนด์ไปยังเป้าหมาย สิ่งนี้ทำให้สามารถทำนายปฏิสัมพันธ์ระหว่างลิแกนด์กับรีเซพเตอร์ที่อาจขับเคลื่อนการเปลี่ยนแปลงการแสดงออกของยีนในเซลล์ที่สนใจ โมเดลของข้อมูลก่อนหน้านี้เกี่ยวกับลิงก์ลิแกนด์-เป้าหมายที่เป็นไปได้นี้สามารถใช้เพื่อสรุปลิงก์ลิแกนด์-เป้าหมายที่แอ็คทีฟระหว่างเซลล์ที่มีปฏิสัมพันธ์ NicheNet จัดลำดับความสำคัญของลิแกนด์ตามกิจกรรม (กล่าวคือ ทำนายการเปลี่ยนแปลงที่สังเกตได้ในการแสดงออกของยีนในเซลล์ตัวรับได้ดีเพียงใด) และมองหาเป้าหมายที่ได้รับผลกระทบซึ่งมีศักยภาพสูงที่จะถูกควบคุมโดยลิแกนด์ที่จัดลำดับความสำคัญเหล่านี้
คุณสมบัติ
- NicheNet แตกต่างอย่างมากจากวิธีการคำนวณในปัจจุบันเพื่อศึกษาการสื่อสารระหว่างเซลล์
- ประเมินว่าลิแกนด์ที่แสดงออกโดยเซลล์ผู้ส่งสามารถทำนายการเปลี่ยนแปลงของการแสดงออกของยีนในเซลล์ผู้รับได้ดีเพียงใดโดยจัดลำดับความสำคัญของลิแกนด์ตามผลที่มีต่อการแสดงออกของยีน
- สรุปลิงก์ลิแกนด์-เป้าหมายเชิงอนุมานที่ใช้งานอยู่ในระบบภายใต้การศึกษา
- ตรวจสอบโมเดลเป้าหมายลิแกนด์ก่อนหน้า
- การสร้างแบบจำลองเป้าหมายลิแกนด์ก่อนหน้านี้ที่ผู้ใช้กำหนด
- เราให้คำแนะนำเกี่ยวกับวิธีสร้างภาพการคาดการณ์หลักที่ใช้งานง่าย
ภาษาโปรแกรม
R
หมวดหมู่
นี่เป็นแอปพลิเคชันที่สามารถเรียกได้จาก https://sourceforge.net/projects/nichenetr.mirror/ มีการโฮสต์ใน OnWorks เพื่อให้ทำงานออนไลน์ด้วยวิธีที่ง่ายที่สุดจากหนึ่งในระบบปฏิบัติการฟรีของเรา
