นี่คือแอป Linux ชื่อ TaxOnTree ซึ่งสามารถดาวน์โหลดรุ่นล่าสุดได้เป็น TaxOnTree_v1.6.1.3_Linux_x86_64.tar.gz สามารถเรียกใช้ออนไลน์ใน OnWorks ผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีสำหรับเวิร์กสเตชัน
ดาวน์โหลดและเรียกใช้แอปนี้ออนไลน์ชื่อ TaxOnTree พร้อม OnWorks ฟรี
ทำตามคำแนะนำเหล่านี้เพื่อเรียกใช้แอปนี้:
- 1. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่นนี้ในพีซีของคุณ
- 2. เข้าไปที่ file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ด้วยชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 3. อัปโหลดแอปพลิเคชันนี้ในตัวจัดการไฟล์ดังกล่าว
- 4. เริ่มโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ OnWorks Linux หรือ Windows ออนไลน์ หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ MACOS จากเว็บไซต์นี้
- 5. จาก OnWorks Linux OS คุณเพิ่งเริ่มต้น ไปที่ตัวจัดการไฟล์ของเรา https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX พร้อมชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 6. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่น ติดตั้ง และเรียกใช้
ภาพหน้าจอ
Ad
แท็กซ์ออนทรี
DESCRIPTION
TaxOnTree เป็นโปรแกรมสายวิวัฒนาการสำหรับการเชื่อมโยงข้อมูลอนุกรมวิธานในต้นไม้สายวิวัฒนาการ
ผลลัพธ์คือไฟล์แผนผังรูปแบบ NEX ที่กำหนดค่าให้เปิดใน FigTree ซึ่งผู้ใช้สามารถระบายสีได้ทันทีตามแท็กซ่าใดๆ หรือโดยบรรพบุรุษที่แชร์ตามลำดับด้วยข้อความค้นหา อินพุตอาจเป็นไฟล์รูปแบบ Fasta เพื่อใช้ในการค้นหา BLAST หรือรายการลำดับที่แสดงโดยตัวระบุ (UniProtAC หรือ NCBI gi) หากคลัสเตอร์พร้อมใช้งานแล้ว นอกจากนี้ ไฟล์ newick ที่สร้างด้วยซอฟต์แวร์ผู้ใช้และการตั้งค่าเฉพาะสามารถใช้เพื่อดำเนินการจัดหมวดหมู่ตามหมวดหมู่ได้ TaxOnTree เปลี่ยนผู้ใช้ให้เป็นผู้เชี่ยวชาญด้านอนุกรมวิธาน TaxOnTree ยังแก้ไขหากไม่มีแท็กซ่าในอนุกรมวิธาน NCBI โปรแกรมบรรทัดคำสั่งนั้นติดตั้งง่ายและสามารถใช้ร่วมกับเครื่องมือชีวสารสนเทศต่างๆ ได้ ทำให้เกิดต้นไม้สีในรูปแบบ PDF TaxOnTree พร้อมใช้งานเป็นเครื่องมือบนเว็บใน http://biodados.icb.ufmg.br/taxontree สำหรับงานที่มีความต้องการต่ำ
คุณสมบัติ
- ป้อนข้อความค้นหาในรูปแบบ fasta (หรือ ID) และสร้างต้นไม้สายวิวัฒนาการ
- ฐานข้อมูล RefSeq ที่มีโปรตีนที่สมบูรณ์เท่านั้นและโปรตีนอ้างอิง UniProt ถูกแจกจ่ายด้วย TaxOnTree
- การจัดตำแหน่งได้หลายแบบด้วย MUSCLE, PRANK, Clustal Omega หรือ Kalign
- อีกทางหนึ่ง กลุ่มของ homologues เช่น KO, eggNOG, OrthoMCL-DB, PANTHER เป็นต้น สามารถใช้เป็นอินพุตได้
- TaxOnTree สามารถรักษาการจัดตำแหน่งด้วย TrimAl และสร้างต้นไม้ด้วย FastTree
- อย่างไรก็ตาม ต้นไม้ที่สร้างโดยผู้ใช้ในรูปแบบ newick สามารถใช้เป็นอินพุตสำหรับ TaxOnTree
- TaxOnTree สร้างไฟล์ NEXUS เพื่อเปิดด้วย FigTree
- แอปพลิเคชันสามารถเรียกใช้บรรทัดคำสั่ง FigTree และส่งออกแผนผังที่วิเคราะห์แล้วในรูปแบบ PDF
- สำหรับการใช้งานครั้งเดียว เครื่องมือเว็บจะพร้อมใช้งานและมีโค้ดสำหรับการติดตั้งในเครื่องด้วย
ผู้ชม
วิทยาศาสตร์/การวิจัย
ส่วนติดต่อผู้ใช้
บรรทัดคำสั่ง
ภาษาโปรแกรม
Perl
สภาพแวดล้อมฐานข้อมูล
Perl DBI/DBD, มายเอสคิวแอล
หมวดหมู่
นี่คือแอปพลิเคชันที่สามารถดึงข้อมูลจาก https://sourceforge.net/projects/taxontree/ มีการโฮสต์ใน OnWorks เพื่อให้ทำงานออนไลน์ในวิธีที่ง่ายที่สุดจากหนึ่งในระบบปฏิบัติการฟรีของเรา
