นี่คือแอป Linux ชื่อ ViralFusionSeq [VFS] เพื่อทำงานใน Linux ออนไลน์ซึ่งสามารถดาวน์โหลดรุ่นล่าสุดได้เป็น vfs-2016-08-17.r2.tar.gz สามารถเรียกใช้ออนไลน์ใน OnWorks ผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีสำหรับเวิร์กสเตชัน
ดาวน์โหลดและเรียกใช้แอปนี้ออนไลน์ชื่อ ViralFusionSeq [VFS] เพื่อเรียกใช้ใน Linux ออนไลน์ด้วย OnWorks ฟรี
ทำตามคำแนะนำเหล่านี้เพื่อเรียกใช้แอปนี้:
- 1. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่นนี้ในพีซีของคุณ
- 2. เข้าไปที่ file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ด้วยชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 3. อัปโหลดแอปพลิเคชันนี้ในตัวจัดการไฟล์ดังกล่าว
- 4. เริ่มโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ OnWorks Linux หรือ Windows ออนไลน์ หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ MACOS จากเว็บไซต์นี้
- 5. จาก OnWorks Linux OS คุณเพิ่งเริ่มต้น ไปที่ตัวจัดการไฟล์ของเรา https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX พร้อมชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 6. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่น ติดตั้ง และเรียกใช้
ภาพหน้าจอ
Ad
ViralFusionSeq [VFS] เพื่อทำงานใน Linux ออนไลน์
DESCRIPTION
VFS ได้รับการทดสอบอย่างสมบูรณ์ภายใต้ระบบ Ubuntu/Debian** ประกาศ 1**: VFS เหนือกว่า Virus-Clip https://sourceforge.net/projects/viralfusionseq/files/VFS.vs.Virus-Clip.pdf/download
ณ ปี 2016 VFS เป็นเครื่องมือการรวมไวรัสเพียงเครื่องมือเดียวที่มีอยู่ในระบบ NIH HPC
https://hpc.nih.gov/apps/ViralFusionSeq/
ViralFusionSeq (VFS) เป็นเครื่องมือจัดลำดับปริมาณงานสูง (HTS) อเนกประสงค์สำหรับการค้นหาเหตุการณ์การรวมไวรัสและสร้างการถอดรหัสฟิวชั่นใหม่ที่ความละเอียดฐานเดียว
VFS รวมข้อมูล soft-clipping การวิเคราะห์คู่การอ่าน และแอสเซมบลีของ de novo เป้าหมายเพื่อค้นหาและใส่คำอธิบายประกอบเหตุการณ์การหลอมระหว่างไวรัสและมนุษย์
แบบจำลองทางสถิติเชิงประจักษ์ที่เรียบง่ายแต่มีประสิทธิภาพใช้เพื่อประเมินคุณภาพของจุดพักจากการหลอมรวม
จำเป็นต้องมีพารามิเตอร์ที่ผู้ใช้กำหนดขั้นต่ำ
ซอร์สโค้ดพร้อมคู่มือผู้ใช้และคู่มือการติดตั้ง VFS มีอยู่ที่ส่วน "ไฟล์" ของ sourceforge
อ้างอิง: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/
คุณสมบัติ
- ใช้งานได้และทดสอบอย่างเต็มที่โดยใช้ข้อมูล RNA-Seq และ DNA-Seq
- ใช้ข้อมูลทั้งแบบ clipped-sequence (CS) และ paired-end (RP) เพื่อค้นหาการรวมตัวของไวรัส
- การสร้างลำดับการถอดรหัสฟิวชันขึ้นใหม่โดยใช้ข้อมูล CS และ RP
ผู้ชม
วิทยาศาสตร์/การวิจัย
ภาษาโปรแกรม
Perl
นี่คือแอปพลิเคชันที่สามารถดึงข้อมูลจาก https://sourceforge.net/projects/viralfusionseq/ มีการโฮสต์ใน OnWorks เพื่อให้ทำงานออนไลน์ในวิธีที่ง่ายที่สุดจากหนึ่งในระบบปฏิบัติการฟรีของเรา