abacas - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

abacas - Algorithm Based Awtomatikong Contiguation ng Assembled Sequence

SINOPSIS

abaka -r Ref -q qs -p prog [OPSYON]

OR

abaka -r Ref -q psf -e

Ref reference sequence sa iisang fasta file

qs contigs sa multi-fasta na format

rog MUMmer program na gagamitin: 'nucmer' o 'promer'

psf pseudomolecule/ordered sequence file sa fasta format

Opsyon

-h paggamit ng pag-print

-d gumamit ng mga default na parameter ng nucmer/promer

-s int minimum na haba ng eksaktong katugmang salita (nucmer default = 12, promer default
= 4)

-m i-print ang inutusang mag-file ng contigs sa multifasta na format

-b mag-print ng contigs sa bin para mag-file

-N mag-print ng isang pseudomolecule na walang "N" s

-i int mimimum na porsyentong pagkakakilanlan [default 40]

-v int mimimum contig coverage [default 40]

-V int pinakamababang pagkakaiba sa saklaw ng contig [default 1]

-l int pinakamababang haba ng contig [default 1]

-t patakbuhin ang tblastx sa contigs na hindi naka-map

-g string (pangalan ng file) i-print ang mga natuklasang rehiyon (gaps) sa pagtukoy sa pangalan ng file

-a idagdag ang contigs sa bin sa pseudomolecule

-o Ang mga prefix na output file ay magkakaroon ng prefix na ito

-P pumili ng mga primer set upang isara ang mga puwang

-f int na bilang ng mga flanking base sa magkabilang gilid ng isang puwang para sa panimulang disenyo (default
350)

-R int Run mummer [default 1, use -R 0 upang maiwasan ang pagmumura]

-e Escape contig ordering ie pumunta sa primer na disenyo

-c Pabilog ang pagkakasunod-sunod ng sanggunian

DESCRIPTION

Ang ABACAS ay inilaan upang mabilis na magdugtong (i-align, ayusin, i-orient), mailarawan at magdisenyo
panimulang aklat upang isara ang mga puwang sa shotgun assembled contigs batay sa isang reference sequence.

Ang AACAS ay gumagamit ng MUMmer upang maghanap ng mga posisyon ng pagkakahanay at tukuyin ang mga syntenies ng mga pinagsama-samang contig
laban sa sanggunian. Ang output ay pagkatapos ay naproseso upang makabuo ng isang pseudomolecule pagkuha
magkakapatong na contigs at gaps sa account. Ang AACAS ay bumubuo ng isang paghahambing na file na maaari
gamitin upang mailarawan ang mga nakaayos at nakatuon na mga contig sa ACT. Ang synteny ay kinakatawan ng pula
mga bar kung saan bumababa ang intensity ng kulay na may mas mababang halaga ng porsyentong pagkakakilanlan sa pagitan
maihahambing na mga bloke. Impormasyon sa mga contig tulad ng oryentasyon, porsyento ng pagkakakilanlan,
Ang coverage at overlap sa iba pang contigs ay maaari ding makita sa pamamagitan ng paglo-load ng output
feature file sa ACT.

Gumamit ng abacas online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net