abyss-pe - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

abyss-pe - assemble reads into contigs

SINOPSIS

abyss-pe [OPTION]... [PARAMETER=VALUE]... [GUMAWA_TARGET] ...

DESCRIPTION

Ipunin ang mga nabasa ng mga input file sa contigs. Ang mga nabasa ay maaaring nasa FASTA, FASTQ,
qseq, export, SRA, SAM o BAM na format at maaaring i-compress gamit ang gz, bz2 o xz at maaaring
may alkitran.

Ang abyss-pe ay isang Makefile script. Ang anumang mga pagpipilian sa paggawa ay maaari ding gamitin sa abyss-pe.

parameter of abyss-pe
pangalan, PANGALAN NG TRABAHO
Ang pangalan ng kapulungan na ito. Ang mga magreresultang scaffold ay itatabi
${name}-scaffolds.fa.

in input file. Gamitin ang variable na ito kapag nag-assemble ng data mula sa isang library.

lib isang naka-quote na listahan ng whitespace-separated paired-end na mga pangalan ng library. Gamitin ang variable na ito
kapag nag-i-assemble ng data mula sa maraming paired-end na library. Para sa bawat pangalan ng library sa
lib, dapat tukuyin ng user ang isang variable sa command line na may parehong pangalan, na
ay nagpapahiwatig ng mga read file para sa library na iyon. Tingnan mo HALIMBAWA sa ibaba para sa isang kongkreto
halimbawa ng paggamit.

pe listahan ng mga paired-end na library na gagamitin lang para sa pagsasama-sama ng mga unitig
contigs at hindi mag-aambag patungo sa pagkakasunud-sunod ng pinagkasunduan.

mp listahan ng mga library ng mate-pair na gagamitin para sa scaffolding. Mga aklatan ng mate-pair
huwag mag-ambag patungo sa pagkakasunud-sunod ng pinagkasunduan.

mahaba listahan ng mga library ng mahabang sequence na gagamitin para sa rescaffolding. mahabang pagkakasunod-sunod
ang mga aklatan ay hindi nag-aambag patungo sa pagkakasunud-sunod ng pinagkasunduan.

se mga file na naglalaman ng single-end reads

a maximum na bilang ng mga sanga ng bula [2]

b maximum na haba ng isang bubble (bp) [10000]

c minimum mean k-mer coverage ng isang unitig [sqrt(median)]

d pinahihintulutang error ng isang pagtatantya ng distansya (bp) [6]

e pinakamababang saklaw ng erosion k-mer [sqrt(median)]

E pinakamababang saklaw ng erosion k-mer bawat strand [1]

j bilang ng mga thread [2]

k laki ng isang k-mer (kapag ang K ay hindi nakatakda) o ang span ng isang k-mer na pares (kapag ang K ay nakatakda)

K laki ng isang k-mer sa isang pares ng k-mer (bp)

l pinakamababang haba ng pagkakahanay ng isang nabasa (bp) [k]

m pinakamababang overlap ng dalawang unitigs (bp) [30]

n minimum na bilang ng mga pares na kinakailangan para sa pagbuo ng contigs [10]

N minimum na bilang ng mga pares na kinakailangan para sa pagtatayo ng mga scaffold [n]

p minimum sequence identity ng isang bubble [0.9]

q pinakamababang kalidad ng base kapag pinuputol [3]
Gupitin ang mga base mula sa mga dulo ng mga nabasa na ang kalidad ay mas mababa q.

Q pinakamababang kalidad ng base [0]
I-mask ang lahat ng base ng mga read na ang kalidad ay mas mababa sa Q bilang `N'.

s minimum na laki ng unitig na kinakailangan para sa pagbuo ng contigs (bp) [200]
Ang haba ng buto ay dapat na hindi bababa sa dalawang beses ang halaga ng k. Kung mas maraming sequence ay
binuo kaysa sa inaasahang laki ng genome, subukang dagdagan ang s.

S minimum na laki ng contig na kinakailangan para sa pagtatayo ng mga scaffold (bp) [s]

SS SS=--SS para mag-assemble sa strand-specific na mode
Nangangailangan na ang lahat ng mga aklatan ay strand-specific na mga aklatan ng RNA-Seq. Ipinapalagay na
ang unang nabasa sa isang pares na binasa ay iginagalang WRT ang mga transcript na pinagsunod-sunod.

t minimum na laki ng tip (bp) [2k]

v v=-v upang paganahin ang verbose logging

np, NSLOTS
ang bilang ng mga proseso ng isang pagpupulong ng MPI

mpirun ang landas sa mpirun

nakahanay
Ang program na gagamitin upang ihanay ang mga nabasa sa contigs [mapa].
Ang mga pinahihintulutang halaga ay: mapa, kaligner, bwa, bwasw, bowtie, bowtie2, dida. Tingnan ang
DIDA seksyon sa ibaba para sa karagdagang impormasyon sa pagpipiliang dida.

cs i-convert ang color-space contigs sa nucleotide contigs kasunod ng pagpupulong

Options of gumawa
-n, --dry-run
I-print ang mga utos na isasagawa, ngunit huwag isagawa ang mga ito.

gumawa target para abyss-pe
default
Katumbas ng `scaffolds scaffolds-dot stats'.

unitigs
Magtipon ng unitigs.

unitigs-tuldok
I-output ang unitig overlap graph.

pe-sam Binabasa ng mapa ang paired-end sa unitigs at naglalabas ng SAM file. Ang SAM file ay gagawin lamang
naglalaman ng mga reads na pagmamapa sa iba't ibang contigs, at ang read ID, sequence at kalidad
ang mga string ay papalitan ng '*' na mga character.

pe-bam Binabasa ng mapa ang paired-end sa unitigs at naglalabas ng BAM file. Ang BAM file ay gagawin lamang
naglalaman ng mga reads na pagmamapa sa iba't ibang contigs, at ang read ID, sequence at kalidad
ang mga string ay papalitan ng '*' na mga character.

pe-index
Bumuo ng index ng unitigs na ginagamit ng abyss-map.

contigs
Magtipon ng contigs.

contigs-dot
I-output ang contig overlap graph.

mp-sam Binabasa ng mapa mate-pair ang contigs at naglalabas ng SAM file. Ang SAM file ay gagawin lamang
naglalaman ng mga reads na pagmamapa sa iba't ibang contigs, at ang read ID, sequence at kalidad
ang mga string ay papalitan ng '*' na mga character.

mp-bam Binabasa ng mapa mate-pair ang contigs at naglalabas ng BAM file. Ang BAM file ay gagawin lamang
naglalaman ng mga reads na pagmamapa sa iba't ibang contigs, at ang read ID, sequence at kalidad
ang mga string ay papalitan ng '*' na mga character.

mp-index
Bumuo ng index ng contigs na ginagamit ng abyss-map.

plantsa
Magtipon ng mga scaffold.

plantsa-tuldok
I-output ang scaffold overlap graph.

scaftigs
Basagin ang mga scaffold at bumuo ng AGP file.

mahabang-scaffs
Rescaffold gamit ang RNA-Seq assembled contigs.

mahabang-scaffs-tuldok
I-output ang RNA scaffold overlap graph.

stats Ipakita ang mga istatistika ng contiguity ng assembly.

linisin Alisin ang mga intermediate na file.

bersyon
Ipakita ang bersyon ng abyss-pe.

mga bersyon
Ipakita ang mga bersyon ng lahat ng program na ginagamit ng abyss-pe.

Tulungan Magpakita ng kapaki-pakinabang na mensahe.

DIDA

Sinusuportahan ng ABySS ang paggamit ng DIDA (Distributed Indexing Dispatched Alignment), isang MPI-based
alignment framework para sa computing sequence alignment sa maraming machine. Upang gamitin
DIDA na may ABySS, unang i-download at i-install ang DIDA mula sa
http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/dida, pagkatapos ay tukuyin ang `dida` bilang ang halaga ng
ang nakahanay parameter sa abyss-pe.

Kaugnay ng DIDA abyss-pe parameter
DIDA_MPIRUN
Ang utos na `mpirun` ay ginamit upang patakbuhin ang mga trabaho sa DIDA.

DIDA_RUN_OPTIONS
Mga opsyon sa runtime gaya ng bilang ng mga thread sa bawat MPI rank at mga value para sa environment
mga variable (hal. PATH, LD_LIBRARY_PATH). Patakbuhin ang `abyss-dida --help` para sa isang listahan ng
Magagamit na Mga Pagpipilian.

DIDA_OPTIONS
Mga opsyon na direktang ipinapasa sa DIDA binary. Halimbawa, ito ay maaaring gamitin
upang kontrolin ang minimum na threshold ng haba ng pagkakahanay. Patakbuhin ang `dida-wrapper --help` para sa a
listahan ng mga magagamit na opsyon.

mga lampara Kakayahan na
Dahil sa paggamit nito ng multi-threading, alam ng DIDA ang mga deadlocking na isyu sa OpenMPI. Gamit
ang MPICH MPI library ay mahigpit na inirerekomenda kapag nagpapatakbo ng mga assemblies kasama ang DIDA. Pagsubok
ay ginawa gamit ang MPICH 3.1.3, na pinagsama-sama ng --enable-threads=funneled.

Halimbawa
Ang inirerekomendang runtime configuration para sa DIDA ay 1 MPI rank bawat machine at 1 thread bawat
CPU core. Halimbawa, para magpatakbo ng assembly sa 3 cluster node na may 12 core bawat isa, gawin ang:

abyss-pe k=64 name=ecoli in='reads1.fa reads2.fa' aligner=dida
DIDA_RUN_OPTIONS='-j12' DIDA_MPIRUN='mpirun -np 3 -ppn 1 -bind-to board'

Ginagamit ng halimbawang ito ang mga opsyon sa command line ng MPICH para sa `mpirun`. Dito, ang `-np 3` ay nagpapahiwatig
ang bilang ng mga ranggo ng MPI, ang `-ppn 1` ay nagpapahiwatig ng bilang ng mga ranggo ng MPI bawat "node", at
Ang `-bind-to board` ay tumutukoy sa isang "node" na isang motherboard (ibig sabihin, isang buong makina).

Kapaligiran MGA VARIABLE

Anumang parameter na maaaring tinukoy sa command line ay maaari ding tukuyin sa isang
variable ng kapaligiran.

PATH dapat naglalaman ng direktoryo kung saan naka-install ang mga executable ng ABySS. Gamitin ang `abyss-
pe versions` upang suriin na ang PATH ay na-configure nang tama.

TMPDIR tumutukoy sa isang direktoryo na gagamitin para sa mga pansamantalang file

Scheduler pagsasama-sama
Ang ABySS ay mahusay na pinagsama sa mga cluster job scheduler, tulad ng:
* SGE (Sun Grid Engine)
* Portable Batch System (PBS)
* Load Sharing Facility (LSF)
* IBM LoadLeveler

Ang mga variable ng kapaligiran ng SGE na JOB_NAME, SGE_TASK_ID at NSLOTS ay maaaring gamitin upang tukuyin ang
pangalan ng mga parameter, k at np, ayon sa pagkakabanggit, at katulad din para sa iba pang mga scheduler.

HALIMBAWA

Isa paired-end aklatan
abyss-pe k=64 name=ecoli in='reads1.fa reads2.fa'

Maramihang paired-end aklatan
abyss-pe k=64 name=ecoli lib='lib1 lib2' \
lib1='lib1_1.fa lib1_2.fa' lib2='lib2_1.fa lib2_2.fa' \
se='se1.fa se2.fa'

Paired-end at pare-pares aklatan
abyss-pe k=64 name=ecoli lib='pe1 pe2' mp='mp1 mp2' \
pe1='pe1_1.fa pe1_2.fa' pe2='pe2_1.fa pe2_2.fa' \
mp1='mp1_1.fa mp1_2.fa' mp2='mp2_1.fa mp2_2.fa' \
se='se1.fa se2.fa'

Kabilang RNA-Seq mga pagtitipon
abyss-pe k=64 name=ecoli lib=pe1 mp=mp1 long=long1 \
pe1='pe1_1.fa pe1_2.fa' mp1='mp1_1.fa mp1_2.fa' \
long1=long1.fa

mga lampara
abyss-pe np=8 k=64 name=ecoli in='reads1.fa reads2.fa'

SGE
qsub -N ecoli -t 64 -pe openmpi 8 \
abyss-pe n=10 in='reads1.fa reads2.fa'

Gumamit ng abyss-pe online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net