alien_hunter - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

alien_hunter - Interpolated Variable Order Motifs para sa pagkakakilanlan ng pahalang
nakuha ang DNA

SINOPSIS

alien_hunter [Options]

DESCRIPTION

Ang Alien_hunter ay isang application para sa hula ng putative Horizontal Gene Transfer
(HGT) na mga kaganapan na may pagpapatupad ng Interpolated Variable Order Motifs (IVOMs). An
Sinasamantala ng diskarte ng IVOM ang mga compositional biases gamit ang variable na pagkakasunud-sunod na mga distribusyon ng motif at
mas mapagkakatiwalaan ang pagkuha ng lokal na komposisyon ng isang sequence kumpara sa fixed-order
paraan. Opsyonal ang mga hula ay maaaring i-parse sa isang 2-estado na 2nd order Hidden Markov
Modelo (HMM), sa isang change-point detection framework, para i-optimize ang localization ng
mga hangganan ng mga hinulaang rehiyon. Ang mga hula (embl format) ay maaaring awtomatiko
na-load sa Artemis genome viewer na malayang magagamit sa:
http://www.sanger.ac.uk/Software/Artemis/.

INPUT: raw genomic sequence PREDICTION: HGT regions batay sa Interpolated Variable Order
Mga argumento ng Motifs (IVOMs):


raw genomic sequence


filename para sa output data

Opsyonal na mga argumento:

-a upang i-load ang prediction file sa Artemis

-c i-optimize ang mga hinulaang hangganan gamit ang isang change-point detection 2 state 2nd order HMM

Mga output na file:


mga hula (tab file) sa embl format

.opt
na-optimize (HMM) na mga hula (tab file) sa embl format

.plot
mga hula sa format ng Artemis User Plot na ilo-load nang manu-mano gamit ang Graph -> Add
Plot ng User...

.opt.plot
na-optimize (HMM) na mga hula sa format ng Artemis User Plot na ilo-load nang manu-mano gamit
Graph -> Magdagdag ng Plot ng User...

.sco
ang mga marka sa lahat ng mga sliding window - para sa pagsusuri ng pamamahagi ng marka

Tandaan: Ang mga hula na nagsasapawan sa rRNA operon ay binanggit sa note qualifier

Gumamit ng alien_hunter online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net