babel - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

babel, obabel — isang converter para sa chemistry at molecular modelling data file

SINOPSIS

babel [-H mga opsyon sa tulong]
babel [Opsyon] [-i uri ng input] infile [-o uri ng output] outfile

obabel [-H mga opsyon sa tulong]
obabel [Opsyon] [-i uri ng input | -"SMILES-string"] infile [-o uri ng output] -O outfile

DESCRIPTION

babel ay isang cross-platform program na idinisenyo upang mag-interconvert sa pagitan ng maraming mga format ng file na ginamit sa
molecular modeling at computational chemistry at mga kaugnay na lugar.

obabel at babel ay bahagyang naiiba. Ang una ay mas malapit sa normal na kombensiyon ng Unix
para sa mga commandline program at mas nababaluktot kapag kailangan ng user na tukuyin ang mga value ng parameter
sa mga pagpipilian. Sa babel ito ay gagana lamang kapag ang opsyon ay ang huling sa linya; kasama obabel
walang ganitong paghihigpit na nalalapat. Mayroon pa itong shortcut para sa pagpasok ng mga string ng SMILES, na
maaaring gamitin sa halip ng isang input file.

Ang Open Babel ay isa ring kumpletong toolkit ng programmer para sa pagbuo ng chemistry software. Para sa
higit pang impormasyon, tingnan ang mga web page ng Open Babelhttp://openbabel.org/>.

Opsyon

Kung input at output file lang ang ibibigay, huhulaan ng Open Babel ang uri ng file mula sa
extension ng filename.

-"SMILES-string"
Ipasok ang SMILES string at gamitin ito bilang kapalit ng isang input file. Ang string ng SMILES ay dapat
nakapaloob sa mga panipi. Higit sa isa ang maaaring gamitin, at maaaring gamitin ang isang pamagat ng molekula
kasama kung nakapaloob sa mga panipi.

-a pagpipilian
Mga opsyon sa pag-input na tukoy sa format. Tingnan mo -H format-ID para sa mga opsyon na pinapayagan ng isang partikular
format

--dagdag pamagat
Idagdag ang teksto sa kasalukuyang pamagat ng molekula

--add formula
Idagdag ang molecular formula pagkatapos ng kasalukuyang pamagat ng molekula

-b I-convert ang mga dative bond: hal, [N+]([O-])=O sa N(=O)=O

-c Igitna ang atomic coordinate sa (0,0,0)

-C Pagsamahin ang mga molekula sa unang file sa iba na may parehong pangalan

-e Magpatuloy pagkatapos ng mga error

-d Tanggalin ang Hydrogens

---antas ng error 2
I-filter ang antas ng mga error at babala na ipinapakita:
1 = mga kritikal na error lamang
2 = isama rin ang mga babala (default)
3 = isama rin ang mga mensaheng nagbibigay-kaalaman
4 = isama ang "audit log" na mga mensahe ng mga pagbabago sa data
5 = isama rin ang mga mensahe sa pag-debug

-f # Para sa maramihang entry input, simulan ang pag-import gamit ang molecule # bilang unang entry

-F I-output ang mga available na uri ng fingerprint

-h Magdagdag ng mga hydrogen

-H Impormasyon sa paggamit ng output

-H format-ID
Impormasyon sa pag-format ng output at mga opsyon para sa tinukoy na format

-Hall
Output formatting impormasyon at mga opsyon para sa lahat ng mga format

-i
Tinutukoy ang format ng pag-input, tingnan sa ibaba para sa mga available na format

-j

--sumali
Pagsamahin ang lahat ng input molecules sa iisang output molecule entry

-k Isalin ang mga keyword sa pagmomodelo ng computational chemistry (hal., GAMESS at Gaussian)

-m Gumawa ng maramihang mga output file, upang payagan ang:
- Paghahati ng isang input file - ilagay ang bawat molekula sa magkakasunod na bilang
mga output file
- Batch conversion - i-convert ang bawat isa sa maraming input file sa isang tinukoy
format ng output

-l # Para sa maramihang entry input, ihinto ang pag-import gamit ang molecule # bilang huling entry

-o format-ID
Tinutukoy ang format ng output, tingnan sa ibaba para sa mga available na format

-O outfile
Tukuyin ang output file. Nalalapat ang opsyong ito sa obabel lamang.

-p Magdagdag ng Hydrogens na angkop para sa pH (gumamit ng mga pagbabago sa phmodel.txt)

--pag-aari
Magdagdag o magpalit ng property (hal., sa isang MDL SD file)

-s MATALINO
I-convert lamang ang mga molekula na tumutugma sa pattern ng SMARTS na tinukoy

--hiwalay
Paghiwalayin ang mga nakadiskonektang fragment sa mga indibidwal na molecular record

-t Ang lahat ng mga input file ay naglalarawan ng isang molekula

--pamagat pamagat
Magdagdag o palitan ang molekular na pamagat

-x pagpipilian
Mga pagpipilian sa output na tukoy sa format. Tingnan mo -H format-ID para sa mga opsyon na pinapayagan ng isang partikular
format

-v MATALINO
I-convert lamang ang mga molekula HINDI tumutugma sa pattern ng SMARTS na tinukoy

-V Numero ng bersyon ng output at paglabas

-z I-compress ang output gamit ang gzip

FILE FORMATS

Ang mga sumusunod na format ay kasalukuyang sinusuportahan ng Open Babel:
acr -- Carine ASCI Crystal
alc -- Alchemy format
arc -- Accelrys/MSI Biosym/Insight II CAR format [Read-only]
bgf -- MSI BGF format
box -- Dock 3.5 Box format
bs -- Ball at Stick na format
c3d1 -- Chem3D Cartesian 1 na format
c3d2 -- Chem3D Cartesian 2 na format
caccrt -- Cacao Cartesian na format
cache -- CAChe MolStruct na format [Write-only]
cacint -- Panloob na format ng Cacao [Write-only]
maaari -- Canonical SMILES format
kotse -- Accelrys/MSI Biosym/Insight II CAR format [Read-only]
ccc -- CCC format [Read-only]
cdx -- ChemDraw binary format [Read-only]
cdxml -- ChemDraw CDXML na format
cht -- Chemtool format [Write-only]
cif -- Crystallographic Information File
cml -- Chemical Markup Language
cmlr -- Format ng CML Reaction
com -- Gaussian 98/03 Cartesian Input [Write-only]
kopyahin -- Kinokopya ang hilaw na teksto [Write-only]
crk2d -- Format ng 2D na diagram ng Chemical Resource Kit
crk3d -- 3D na format ng Chemical Resource Kit
csr -- Accelrys/MSI Quanta CSR na format [Write-only]
cssr -- CSD CSSR format [Write-only]
ct -- Format ng ChemDraw Connection Table
dmol -- DMol3 coordinates na format
ent -- Format ng Protein Data Bank
fa -- FASTA na format [Write-only]
fasta -- FASTA na format [Write-only]
fch -- Gaussian formatted checkpoint file format [Read-only]
fchk -- Gaussian formatted checkpoint file format [Read-only]
fck -- Gaussian formatted checkpoint file format [Read-only]
feat -- Format ng tampok
fh -- Fenske-Hall Z-Matrix na format [Write-only]
ayusin -- SMILES FIX format [Write-only]
fpt -- Format ng fingerprint [Write-only]
fract -- Free Form Fractional na format
fs -- Buksan ang Babel FastSearching database
fsa -- FASTA na format [Write-only]
g03 -- Gaussian 98/03 Output [Read-only]
g98 -- Gaussian 98/03 Output [Read-only]
gam -- GAMESS Output [Read-only]
gamin -- GAMESS Input [Write-only]
gamout -- GAMESS Output [Read-only]
gau -- Gaussian 98/03 Cartesian Input [Write-only]
gjc -- Gaussian 98/03 Cartesian Input [Write-only]
gjf -- Gaussian 98/03 Cartesian Input [Write-only]
gpr -- Ghemical na format
gr96 -- GROMOS96 na format [Write-only]
hin -- HyperChem HIN na format
inchi -- IUPAC InChI [Write-only]
inp -- GAMESS Input [Write-only]
ins -- ShelX format [Read-only]
jin -- Jaguar input format [Write-only]
jout -- Jaguar output format [Read-only]
mdl -- MDL MOL na format
mmd -- MacroModel na format
mmod -- MacroModel na format
mol -- MDL MOL format
mol2 -- Sybyl Mol2 na format
molreport -- Buksan ang ulat ng molekula ng Babel [Write-only]
moo -- MOPAC Output format [Read-only]
mop -- MOPAC Cartesian na format
mopcrt -- MOPAC Cartesian na format
mopin -- MOPAC Panloob
mopout -- MOPAC Output format [Read-only]
mpc -- MOPAC Cartesian na format
mpd -- Sybyl descriptor format [Write-only]
mpqc -- MPQC output format [Read-only]
mpqcin -- MPQC pinasimpleng format ng pag-input [Write-only]
nw -- NWChem input format [Write-only]
nwo -- NWChem output format [Read-only]
pc -- PubChem format [Read-only]
pcm -- PCModel na format
pdb -- Format ng Protein Data Bank
pov -- POV-Ray input format [Write-only]
pqs -- Parallel Quantum Solutions na format
prep -- Amber Prep format [Read-only]
qcin -- Q-Chem input format [Write-only]
qcout -- Q-Chem output format [Read-only]
ulat -- Buksan ang format ng ulat sa Babel [Write-only]
res -- ShelX format [Read-only]
rxn -- MDL RXN na format
sd -- MDL MOL na format
sdf -- MDL MOL na format
smi -- SMILES na format
sy2 -- Sybyl Mol2 na format
tdd -- Thermo format
pagsubok -- Format ng pagsubok [Write-only]
therm -- Thermo format
tmol -- Format ng TurboMole Coordinate
txyz -- Tinker MM2 format [Write-only]
unixyz -- UniChem XYZ na format
vmol -- ViewMol na format
xed -- XED na format [Write-only]
xml -- Pangkalahatang XML na format [Read-only]
xyz -- XYZ cartesian coordinates na format
yob -- YASARA.org YOB format
zin -- ZINDO input format [Write-only]

FORMAT Opsyon

Maaaring may karagdagang mga opsyon sa pag-format ang mga indibidwal na format ng file.

Ang mga pagpipilian sa format ng pag-input ay pinangungunahan ng 'a', hal -as

Ang mga opsyon sa format ng output ay pinangungunahan ng 'x', hal -xn

Para sa karagdagang tiyak na impormasyon at mga opsyon, gamitin ang -H
hal, -Hcml

HALIMBAWA

Karaniwang conversion:
babel -ixyz ethanol.xyz -opdb ethanol.pdb
Conversion mula sa isang SMI file sa STDIN sa isang Mol2 file na nakasulat sa STDOUT:
babel -ismi -omol2
Hatiin ang isang multi-molecule na file sa new1.smi, new2.smi, atbp.:
babel infile.mol bago.smi -m

Gamitin ang babel online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net