Ito ang command beast-mcmc na maaaring patakbuhin sa OnWorks free hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
beast-mcmc - Bayesian evolutionary analysis sampling trees
SINOPSIS
hayop-mcmc [Opsyon] [input.xml]
hayop-mcmc [-salita | -mahigpit | -bintana | -mga pagpipilian | -nagtatrabaho | -binhi | -mga pagkakamali i |
- mga thread i | -java | -beagle | -beagle_info | -beagle_resource_order | -tulong |
input.xml]
DESCRIPTION
Ang BEAST ay isang cross-platform na programa para sa pagsusuri ng Bayesian MCMC ng mga molecular sequence. Ito ay
nakatuon sa mga nakaugat, sinusukat sa oras na mga phylogenies na hinuhulaan gamit ang mahigpit o maluwag
mga modelo ng molekular na orasan. Ito ay inilaan kapwa bilang isang paraan ng muling pagtatayo ng mga phylogenies at
bilang isang balangkas para sa pagsubok ng evolutionary hypotheses nang walang pagkukundisyon sa isang puno
topology. Gumagamit ang BEAST ng MCMC para mag-average sa espasyo ng puno, para matimbang ang bawat puno
proporsyonal sa posterior probability nito. Nagsasama kami ng isang simpleng gamitin na user-interface
programa para sa pagse-set up ng mga karaniwang pagsusuri at isang hanay ng mga programa para sa pagsusuri ng
resulta. Mayroong tatlong pangunahing lugar ng pananaliksik kung saan ang BEAUti/BEAST package ay
partikular na naaangkop. Ang mga lugar na ito ay mga species phylogenies para sa molecular dating,
genetics ng populasyon na nakabatay sa coalescent at masusukat na nagbabagong populasyon (sinaunang DNA o
mga set ng data ng sequence ng viral na may time-stamped).
Opsyon
-salita
verbose XML parsing na mga mensahe
-mahigpit
nabigo sa hindi sumusunod na BEAST XML file
-bintana
magbigay ng console window
-mga pagpipilian
magpakita ng dialog ng mga opsyon
-nagtatrabaho
baguhin ang gumaganang direktoryo sa direktoryo ng input file
-binhi
tumukoy ng random number generator seed
-mga pagkakamali i
maximum na bilang ng mga numerical error bago huminto
- mga thread i
ang bilang ng mga computational thread na gagamitin (default 1)
-java
gumamit lamang ng Java, walang katutubong pagpapatupad
-beagle
gamitin ang library ng beagle kung magagamit
-beagle_info
ipakita ang impormasyon sa mga magagamit na mapagkukunan ng beagle
-beagle_resource_order
itakda ang pagkakasunud-sunod ng mga mapagkukunan ng beagle
-tulong
screen ng paggamit ng pag-print
Gamitin ang beast-mcmc online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
