berkeley-express - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

berkeley-express - Streaming quantification para sa high-throughput sequencing

DESCRIPTION

Paggamit ng File: express [mga opsyon] Piped na Paggamit: bowtie
[mga pagpipilian] -S | ipahayag ang [mga pagpipilian]

Kailangan mga argumento:

target sequence file sa fasta format


basahin ang alignment file sa SAM o BAM na format

pamantayan Pagpipilian:
-h [ - Tumulong ]
gumawa ng mensahe ng tulong

-o [ --output-dir ] arg (=.)
isulat ang lahat ng mga output file sa direktoryong ito

-D [ --preprocess ]
magpatakbo ng preprocess script para sa eXpressD

-m [ --frag-len-mean ] arg (=200)
paunang pagtatantya para sa average na haba ng fragment

-s [ --frag-len-stddev ] arg (=80)
paunang pagtatantya para sa haba ng fragment std deviation

-H [ --haplotype-file ] arg
path sa isang file na naglalaman ng mga pares ng haplotype

-B [ --karagdagang-batch ] arg (=0)
bilang ng karagdagang batch EM round pagkatapos ng unang online round

-O [ --karagdagan-online ] arg (=0) bilang ng karagdagang online na EM round
pagkatapos ng unang online round

-L [ --max-read-len ] arg (=250)
maximum na pinapayagang haba ng isang nabasa

--output-align-prob
mga alignment ng output (sam/bam) na may probabilistikong mga takdang-aralin

--output-align-samp
mga alignment ng output (sam/bam) na may mga sample na takdang-aralin

--fr-stranded
tumanggap lamang ng forward->reverse alignment (second-stranded protocols)

--rf-stranded
tanggapin lamang ang reverse->forward alignment (first-stranded protocols)

--f-stranded
tumanggap lang ng mga forward single-end alignment (second-stranded protocol)

--r-stranded
tumanggap lamang ng mga reverse single-end alignment (mga first-stranded na protocol)

--walang-update-check
hindi pinapagana ang awtomatikong pagsusuri para sa pag-update sa pamamagitan ng web

--logtostderr
ini-print ang lahat ng mga mensahe sa pag-log sa stderr

Advanced Pagpipilian:
-f [ --forget-param ] arg (=0.84999999999999998)
itinatakda ang parameter na 'forgetting factor' (0.5 < c <= 1)

--laki ng aklatan arg
tumutukoy sa laki ng library para sa FPKM sa halip na kalkulahin mula sa mga alignment

--max-indel-size arg (=10)
itinatakda ang maximum na pinapayagang laki ng indel, na nakakaapekto sa geometric na indel bago

--calc-covar
kalkulahin at output covariance matrix

--expr-alpha arg (=0.0050000000000000001)
nagtatakda ng lakas ng nauna, bawat bp

--stop-sa arg (=0)
nagtatakda ng bilang ng mga fragment na ipoproseso, hindi pinagana na may 0

--burn-out arg (=5000000)
nagtatakda ng bilang ng mga fragment pagkatapos nito ay ihinto ang pag-update ng mga auxiliary na parameter

--walang-bias-tama
hindi pinapagana ang pagwawasto ng bias

--walang-error-modelo
hindi pinapagana ang pagmomodelo ng error

--aux-param-file arg
path sa file na naglalaman ng mga pantulong na parameter na gagamitin sa halip na pag-aralan

Gumamit ng berkeley-express online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net