Ito ang command bio-rainbow na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
rainbow - manual page para sa rainbow 2.0.4 --[protektado ng email], [protektado ng email]>
SINOPSIS
bahaghari [pagpipilian]
DESCRIPTION
bahaghari 2.0.4 -- <[protektado ng email], [protektado ng email]>
kumpol
Input File Format: ipinares na fasta/fastq file (s) Output File Format:
\t \t \t
-1 Mag-input ng fasta/fastq file, sumusuporta sa maramihang '-1'
-2 Ipasok ang fasta/fastq file, sumusuporta sa maramihang '-2' [null]
-l
Haba ng pagbasa, default: 0 variable
-m
Pinakamataas na hindi pagkakatugma [4]
-e
Eksaktong tumutugma sa threshold [2000]
-L Mababang antas ng polymorphism
div
Format ng File ng Input: \t \t \t Output
File Format:
\t \t \t [\t ]
-i Input file [stdin]
-o Output file [stdout]
-k
K_allele, min na variant para gumawa ng bagong grupo [2]
-K
K_allele, hatiin anuman ang dalas kapag ang bilang ng mga variant ay lumampas sa halagang ito
[50]
-f
Dalas, min na dalas ng variant para gumawa ng bagong pangkat [0.2]
pagsamahin
Format ng File ng Input:
\t \t \t [\t ]
-i Input rbasm output file [stdin]
-a pagpupulong ng output
-o Output file para sa pinagsamang contigs, isang linya bawat cluster [stdout]
-N
Pinakamataas na bilang ng mga hinati na cluster na pagsasamahin [300]
-l
Minimum na overlap kapag nag-assemble ng dalawang reads (valid lang kapag binuksan ang '-a') [5]
-f
Pinakamababang bahagi ng pagkakatulad kapag ang pagpupulong (wasto lamang kapag binuksan ang '-a')
[0.90]
-r
Minimum na bilang ng mga babasahin upang tipunin (valid lamang kapag binuksan ang '-a') [5]
-R
Pinakamataas na bilang ng mga babasahin upang tipunin (valid lamang kapag binuksan ang '-a') [300]
Paggamit: bahaghari [mga pagpipilian]
kumpol
Input File Format: ipinares na fasta/fastq file (s) Output File Format:
\t \t \t
-1 Mag-input ng fasta/fastq file, sumusuporta sa maramihang '-1'
-2 Ipasok ang fasta/fastq file, sumusuporta sa maramihang '-2' [null]
-l
Haba ng pagbasa, default: 0 variable
-m
Pinakamataas na hindi pagkakatugma [4]
-e
Eksaktong tumutugma sa threshold [2000]
-L Mababang antas ng polymorphism
div
Format ng File ng Input: \t \t \t Output
File Format:
\t \t \t [\t ]
-i Input file [stdin]
-o Output file [stdout]
-k
K_allele, min na variant para gumawa ng bagong grupo [2]
-K
K_allele, hatiin anuman ang dalas kapag ang bilang ng mga variant ay lumampas sa halagang ito
[50]
-f
Dalas, min na dalas ng variant para gumawa ng bagong pangkat [0.2]
pagsamahin
Format ng File ng Input:
\t \t \t [\t ]
-i Input rbasm output file [stdin]
-a pagpupulong ng output
-o Output file para sa pinagsamang contigs, isang linya bawat cluster [stdout]
-N
Pinakamataas na bilang ng mga hinati na cluster na pagsasamahin [300]
-l
Minimum na overlap kapag nag-assemble ng dalawang reads (valid lang kapag binuksan ang '-a') [5]
-f
Pinakamababang bahagi ng pagkakatulad kapag ang pagpupulong (wasto lamang kapag binuksan ang '-a')
[0.90]
-r
Minimum na bilang ng mga babasahin upang tipunin (valid lamang kapag binuksan ang '-a') [5]
-R
Pinakamataas na bilang ng mga babasahin upang tipunin (valid lamang kapag binuksan ang '-a') [300]
Gumamit ng bio-rainbow online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net