Ito ang command na bowtie-build na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
bowtie-build - pagbuo ng colorspace index para sa bowtie
SINOPSIS
bowtie-build [pagpipilian]*
DESCRIPTION
reference_in
listahan ng mga file na pinaghihiwalay ng kuwit na may mga ref sequence
ebwt_outfile_base
isulat ang Ebwt data sa mga file na may ganitong dir/basename
Opsyon
-f Ang mga reference na file ay Fasta (default)
-c reference sequence na ibinigay sa cmd line (bilang )
--malaking-index
puwersahang nabuo ang index na maging 'malaki', kahit na mas kaunti sa 4 bilyon ang ref
mga nucleotide
-C/--kulay
bumuo ng isang colorspace index
-a/--noauto
i-disable ang awtomatiko -p/--bmax/--dcv memory-fitting
-p/--naka-pack na
gumamit ng mga naka-pack na string sa loob; mas mabagal, gumagamit ng mas kaunting mem
--bmax
max bucket sz para sa blockwise suffix-array builder
--bmaxdivn
max bucket sz bilang divisor ng ref len (default: 4)
--dcv
diff-cover period para sa blockwise (default: 1024)
--tango huwag paganahin ang diff-cover (magiging quadratic ang algorithm)
-r//--noref
huwag bumuo ng .3/.4.ebwt (naka-pack na reference) na bahagi
-3/--justref
bumuo lamang ng .3/.4.ebwt (naka-pack na reference) na bahagi
-o/--offrate
Sina-sample ang SA bawat 2^offRate BWT char (default: 5)
-t/--ftabchars
# ng mga character na nagamit sa paunang paghahanap (default: 10)
--ntoa i-convert ang Ns bilang pagtukoy sa As
--binhi
buto para sa random number generator
-q/--tahimik
verbose output (para sa pag-debug)
-h/--tulong
i-print ang detalyadong paglalarawan ng tool at mga pagpipilian nito
--gamit
i-print ang mensahe ng paggamit na ito
--bersyon
i-print ang impormasyon ng bersyon at huminto
64-bit na Binuo noong lgw01-11 Thu Nob 26 11:11:03 UTC 2015 Compiler: gcc version 5.2.1 20151123
(Ubuntu 5.2.1-25ubuntu1) Mga Opsyon: -O3 -Wl,--hash-style=pareho -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2
-fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-seguridad -g -O2 -fstack-protector-strong
-Wformat -Werror=format-seguridad -Wl,-Bsymbolic-function -Wl,-z,relro Sukat ng {int, mahaba,
mahaba ang haba, walang laman*, size_t, off_t}: {4, 8, 8, 8, 8, 8}
Gumamit ng bowtie-build online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
