Ito ang command na bowtie2-build na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
bowtie2-build - wrapper para sa bowtie2-build-*
SINOPSIS
bowtie2-build [pagpipilian]*
DESCRIPTION
Bowtie 2 bersyon 2.2.6 ni Ben Langmead ([protektado ng email], www.cs.jhu.edu/~langmea)
reference_in
listahan ng mga file na pinaghihiwalay ng kuwit na may mga ref sequence
bt2_index_base
sumulat ng bt2 data sa mga file na may ganitong dir/basename
*** Ang mga index ng Bowtie 2 ay gumagana lamang sa v2 (hindi v1). Gayundin para sa mga index ng v1. ***
Opsyon
-f Ang mga reference na file ay Fasta (default)
-c reference sequence na ibinigay sa cmd line (bilang )
--malaking-index
puwersahang nabuo ang index na maging 'malaki', kahit na mas kaunti sa 4 bilyon ang ref
mga nucleotide
-a/--noauto
i-disable ang awtomatiko -p/--bmax/--dcv memory-fitting
-p/--naka-pack na
gumamit ng mga naka-pack na string sa loob; mas mabagal, mas kaunting memorya
--bmax
max bucket sz para sa blockwise suffix-array builder
--bmaxdivn
max bucket sz bilang divisor ng ref len (default: 4)
--dcv
diff-cover period para sa blockwise (default: 1024)
--tango huwag paganahin ang diff-cover (magiging quadratic ang algorithm)
-r//--noref
huwag bumuo ng .3/.4 index file
-3/--justref
bumuo lang ng .3/.4 index file
-o/--offrate
Ang SA ay na-sample tuwing 2^ BWT chars (default: 5)
-t/--ftabchars
# ng mga character na nagamit sa paunang paghahanap (default: 10)
--binhi
buto para sa random number generator
-q/--tahimik
verbose output (para sa pag-debug)
-h/--tulong
i-print ang detalyadong paglalarawan ng tool at mga pagpipilian nito
--gamit
i-print ang mensahe ng paggamit na ito
--bersyon
i-print ang impormasyon ng bersyon at huminto
Gumamit ng bowtie2-build online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
