boxshade - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

boxshade - Medyo pag-print ng maraming pagkakahanay ng pagkakasunud-sunod

SINOPSIS

boxshade

DESCRIPTION

BOXSHADE ay isang programa para sa pretty-printing maramihang alignment output. Ang programa mismo
ay hindi gumagawa ng anumang pagkakahanay, kailangan mong gumamit ng maraming programa ng pagkakahanay tulad ng ClustalW o
I-pileup at gamitin ang output ng mga program na ito bilang input para sa BOXSHADE.

-tulong
Ipakita ang tulong.

-suriin
Ipakita ang tulong at pahabain ang command line.

-def
Gumamit ng mga default, walang mga hindi kinakailangang tanong.

-numdef
Gumamit ng default na pagnunumero.

-dna
Ipagpalagay ang mga sequence ng DNA, gamitin ang box_dna.par.

-hati
Gumawa ng hiwalay na mga file para sa maramihang mga pahina.

-toseq=xxx
Pagshading ayon sa sequence No. xxx.

-in=

ay pangalan ng file ng input.

-labas=

ay pangalan ng file ng output.

-par=

ay pangalan ng file ng parameter.

-sim=

ay pangalan ng file para sa mga katulad na residues def.

-grp=

ay pangalan ng file para sa pagpapangkat ng residues def.

-thr=x

x ay ang fraction ng mga sequence na dapat magkasundo para sa isang consensus.

-dev=x

x ay klase ng output device (tingnan sa ibaba).

-uri=x

x ay format ng input file (tingnan sa ibaba).

-tagapamahala
I-print ang ruler line.

-cons
Gumawa ng consensus line.

-symbcons=xyz

xyz ay mga simbolo ng pinagkasunduan.

-symbcons="xyz"
Kung ang isa sa itaas ay hindi gumagana, subukan ang isang ito.

-unix
Ang mga linya ng output file ay winakasan sa LF lamang.

-mac
Ang mga linya ng output file ay tinatapos sa CR lamang.

-dalawa
Ang mga linya ng output file ay winakasan sa CRLF.

Ang manwal na pahinang ito ay isinulat para sa Debian(TM) distribution dahil ang orihinal na programa
ay walang manu-manong pahina. Ang ipinakitang impormasyon ay nagmula sa dokumentasyon ng
Web Service ng 3.21 na bersyon na hindi available bilang isang Debian package.

Ang BOXSHADE ay isang programa para sa paglikha ng magagandang printout mula sa maramihang nakahanay na protina o
Mga pagkakasunud-sunod ng DNA. Ang programa ay walang pag-align sa sarili nito, kailangan itong kunin bilang input ng isang file
preprocessed ng maramihang alignment program o maramihang file editor. Tingnan sa ibaba para sa a
listahan ng mga sinusuportahang input format at output device. Sa karaniwang output ng BOXSHADE,
ang magkapareho at magkatulad na mga nalalabi sa tsart ng maramihang pagkakahanay ay kinakatawan ng
iba't ibang kulay o shades. Mayroong ilang higit pang mga pagpipilian tungkol sa uri ng pagtatabing
ilalapat, sequence numbering, consensus output at iba pa. Medyo ang user interface
clumsy sa ngayon, kailangang sagutin ang maraming tanong para makuha ang ninanais
output. Gayunpaman, mayroong posibilidad na gumamit ng mga default na parameter mula sa isang pamantayan
parameter file o upang ibigay ang programa ng mga parameter mula sa command line. Sa
sandali, ang mga bersyon ng VMS at DOS ng BOXSHADE ay may magkaparehong user interface.

input format
Alam ng BOXSHADE 3.2 ang tungkol sa mga sumusunod na format ng input file: (ang ilan sa mga ito ay karaniwang ginagamit
para lang sa MSDOS o VMS system) + CLUSTAL at CLUSTALV, multiple alignment program,
DOS/VMS/MAC default na extension .ALN + ESEE, multiple sequence editor, DOS default extension
.ESE + PHYLIP, phylogenetic analysis package, DOS, VMS, UNIX default na extension .PHY +
PILEUP at PRETTY ng GCG sequence analysis package na mga default na extension ng VMS/UNIX .MSF
at .PRE NB!! Lubos kang hinihikayat na HUWAG gamitin ang PRETTY na format bilang input, maaaring ito ay
hindi tugma sa binagong bersyon ng .MSF input. Hindi talaga namin maisip kung bakit may tao
gagamitin ang format na ito ngayon, mas kapaki-pakinabang ang mga .MSF file sa pangkalahatan. + MALIGNED, maramihan
sequence editor, VMS lang ang default na extension. Sinusubukan ng MAL BOXSHADE na tukuyin ang uri ng file
mula sa extension ngunit gagana rin kung iba't ibang mga extension ang ginagamit.

Pagbubuhos mga aparatong
Ang POSTSCRIPT/EPS ay lumilikha ng mga file ng POSTSCRIPT(TM) para sa pag-print sa isang Laserprinter o para sa karagdagang
conversion gamit ang isang POSTSCRIPT interpreter (tulad ng GHOSTSCRIPT) + HPGL para i-export sa iba't ibang
mga graphics program o para sa conversion/pag-print gamit ang shareware program na PRINTGL. Nagpaplano
Ang BOXSHADE na output sa isang plotter ay karaniwang hindi inirerekomenda + RTF para i-export sa iba't-ibang
word-processing at graphics programs + CRT, ay gumagamit ng direktang screen writes sa PC-monitor.
Ang mga posibleng opsyon ay nakadepende sa ginamit na graphics adapter. Ang output device na ito ay sinusuportahan lamang
sa bersyon ng MSDOS. + ANSI. Sa isang PC, ang opsyong ito ay gumagamit ng ANSI device driver (ANSI.SYS)
na kailangang i-load sa CONFIG.SYS dati. Ang mga posibleng rendition ng character ay baligtad,
naka-bold, may salungguhit, kumikislap atbp. Sa mga non-DOS system, ang opsyong ito ay kumikilos nang higit pa o mas kaunti tulad ng
ang VT100 output mode. + VT100 para sa pagpapakita sa isang VT100 na katugmang terminal o emulator. +
ReGISterm para ipakita sa isang ReGIS compatible graphics terminal o emulator. + ReGISfile para sa
mamaya conversion sa pamamagitan ng programa RETOS (copyright DEC) upang i-print sa DIGITALs
serye ng printer. + LJ250 para sa pag-print sa DIGITALS LJ250 color printer. + ASCII na output
ipinapakita ang alinman sa mga natirang nalalabi o ang iba-iba (iba bilang '-'). + FIG file para sa
xfig 2.1. + PICT file para sa pag-import sa Mac at PC graphics prog. Ilan sa mga format sa itaas
nag-aalok ng posibilidad ng pag-scale ng mga character at ng pag-ikot ng balangkas. Laki ng karakter
kailangang ilagay sa 'point' units. Ang normal na oryentasyon ng output ay nasa portrait mode
(PS/EPS/HPGL/PICT lang), para makakuha ng output sa landscape na oryentasyon, ang 'rotate plot = y' ay mayroong
mapipili. Kapag gumagawa ng multi-page na output, lahat ng page ay nakapaloob sa isang output
file. Kung ninanais ang isang pahina sa bawat file, kailangang gamitin ng isa ang command line parameter /SPLIT.
Ito ay ipinapatupad kapag humihiling ng EPSF o PICT file output, dahil ang mga multi-page na EPSF ay isang
Ang pagkakasalungatan ng layunin ng isang EPSF at malalaking PICT file ay malamang na masyadong malaki para sa
karamihan sa mga personal na computer. Habang ginagamit ang terminal bilang output device, mayroon ang 'RETURN' key
na pinindot para makuha ang susunod na pahina ng output.

Pagkakasunud-sunod pagnunumero
Simula sa bersyon 2.2 mayroong posibilidad na magdagdag ng pagnunumero sa mga output file.
Ang mga numero ay naka-print sa pagitan ng mga pangalan ng sequence at ng sequence mismo. Dahil karamihan sa
ang mga input-file ay maaaring gumamit ng walang pagnunumero o numero ang unang posisyon sa pagkakahanay
palaging may "1" (at hindi iyon kinakailangang sumasalamin sa mga numero sa loob ng orihinal
sequence), hinihiling sa user na ipasok ang panimulang posisyon para sa bawat sequence. Ang utos
line flag /DEFNUM pinigilan ang tanong na iyon, isang panimulang posisyon na 1 ang ipinapalagay para sa lahat
mga pagkakasunod-sunod. Nagsisimula ang Boxshade sa halagang ipinasok para sa pinakakaliwang posisyon at magpapatuloy
binibilang ang bawat wastong simbolo, laktawan ang mga blangko, '-','.' at mga ganyang bagay.

default parameter
Ilang mga tao na gumagamit ng mga nakaraang release ng BOXSHADE itinuro sa akin sa pangangailangan ng pagkakaroon
mga default na parameter para sa iba't ibang tanong na itinanong ng programa. Pinagtatalunan nila iyon ng karamihan
gumagamit lamang ang mga site ng isang uri ng input file, isang output device at isang pagpipilian ng mga kulay para sa
output. Kaya't nagdagdag ako ng pamamahala ng mga default na parameter na nagpapahintulot sa dalawang antas ng
tulong sa gumagamit. 1) lahat ng mga default na parameter ay nakapaloob sa isang ASCII file na maaari
madaling baguhin upang mapaunlakan ang panlasa ng mga gumagamit. Ang format ay halos nakadokumento sa loob
ang file-header, ito ay kahawig ng keyboard input na kailangang gawin kung gumagamit ng program
interactive. Mayroong dalawang ganoong mga file na ibinigay kasama ng paglabas na ito ng BOXSHADE,
BOX_DNA.PAR at BOX_PEP.PAR , na may hawak na ilang halimbawang parameter para sa peptide at
DNA-paghahambing. walang malaking pagkakaiba ang dalawang ito, ang pangunahing isa ay iyon
kapag nagsha-shading ng DNA-comparisons, walang pakialam sa mga "katulad" na nalalabi. 2) upang patakbuhin ang programa
na may kaunting pakikipag-ugnayan ng gumagamit, idinagdag ko ang posibilidad na gumamit ng command line
mga parameter. Sa ngayon, maaari mong gamitin ang: /check : list all allow command line parameters
(listahan na ito) at pinapayagan ang mga parameter na maidagdag. /def : tumatakbo ang programa nang walang tanong,
BOX_PEP.PAR ay ginagamit bilang default /dna : ginagawang gamitin ng program ang BOX_DNA.PAR bilang parameter file
/pep : ginagawang gamitin ng program ang BOX_PEP.PAR bilang parameter file /in=xxx : gumagawa ng program
kunin ang xxx bilang input file /out=yyy : ginagawang yyy ang programa bilang output file (note1)
/par=zzz : ginagawang gamitin ng program ang zzz bilang default na file ng parameter /type=1 : ginagawa ang
ipinapalagay ng program ang isang input file ng uri 1 (PRETTY/MSF) / dev=1 : ginagawang ipalagay ang programa at
output device ng uri 1 (CRT) /numdef : gumamit ng default na pagnunumero (lahat ng sequence na nagsisimula sa
"1") /thr : threshold fraction ng residues na dapat sumang-ayon para sa isang consensus /split : forces
isang pahina sa bawat file output, lumilikha ng maramihang mga output file. /cons : gumagawa ng program
isang karagdagang consensus line (tingnan sa ibaba) /symbcons=: nakakaimpluwensya sa paraan ng consensus line
ay ipinapakita. (tingnan sa ibaba) /unix : nagsusulat ng mga output file sa unix style (LF lang) (note2) /dos
: nagsusulat ng mga output file sa estilo ng DOS (CR/LF) (note2) note1: sa mga unix machine, gumamit ng out=OUTPUT
para sa terminal output sa mga DOS machine, use out=con: sa VMS machines, use out=tt: note2: if
walang tinukoy na mode, ginagamit ang katutubong istilo ng makina.

Pansin
sa mga unix system, ang gitling (-) sa halip na ang slash (/) ay kailangang gamitin bilang paghihiwalay
character para sa mga parameter ng command line. Halimbawa, ang isang wastong unix command line ay:
boxshade -def -numdef -cons -symbcons=" .*"

Pagtatabing estratehiya (pagkakatulad sa pinagkaisahan or solong pagkakasunod-sunod)
Simula sa bersyon 3, ang BOXSHADE ay may bagong shading system. Ang unang pagkakaiba ay ang
pagpapakilala ng isang threshold fraction ng mga nalalabi na dapat sumang-ayon para magkaroon ng a
pinagkasunduan. Noong nakaraan, ipinapalagay ng programa na ang ILANG nalalabi ay palaging pinagkasunduan. Kung
walang dalawang nalalabi ang pareho, ang unang sequence ay nagbigay ng consensus residue. Ito
Ang threshold fraction ay maaaring maging anumang numero sa pagitan ng 0.0 at 1.0. Ang daming sequences na
dapat sumang-ayon para magkaroon ng consensus ay, gaya ng maaari mong asahan, ang fraction na ito ay di-minuto sa
kabuuang bilang ng mga sequence sa alignment (mga fraction ng isang sequence ay binibilang bilang isa, hal 3.2
nagiging 4). Ang pangalawang pagkakaiba ay ang ideya ng 'consensus by similarity'; sinusubukan nitong
isaalang-alang ang mga sitwasyon kung saan ang lahat ng mga sequence ay maaaring may (halimbawa) R o K sa a
posisyon, ngunit wala sa karamihan. Hindi lohikal na lilim ang isang uri ng nalalabi
bilang 'magkapareho' at ang isa bilang 'katulad'; maaaring alisin din ng threshold function
pareho sa napakaliit na bilang. Samakatuwid, kung walang isang solong nalalabi iyon ay
conserved (mas malaki kaysa sa threshold) sa isang posisyon, ang programa ay naghahanap ng isang 'grupo' ng
mga amino acid na tumutupad sa mga kinakailangan. Ang 'Mga Grupo' ay tinukoy sa mga .grp na file. Mga gumagamit
maaaring iakma ang mga ito sa kanilang mga personal na pagkiling. Ang anumang amino acid na hindi nakalista ay ipinapalagay na hindi
maging sa isang grupo. Ang lahat ng miyembro ng isang grupo ay itinuturing na magkatulad, hindi katulad ng
.sim file, na inilarawan sa ibaba. Kung ang pinagkasunduan sa pamamagitan ng pagkakatulad ay matatagpuan, ang lahat ng nalalabi sa
Ang pinagkasunduan ay nililiman gamit ang 'katulad' na pagtatabing na tinukoy ng gumagamit. Kung ang gumagamit ay hindi
piliin ang 'shading by similarity', pinagkasunduan lang ng uri ng pagkakakilanlan ang tinitingnan. Kung ang
Ang pagkakaisa ng uri ng pagkakakilanlan ay natagpuan, at ang pagtatabing ng pagkakatulad ay gumagana, ang programa
tinitingnan kung ang natitirang residue ay katulad ng consensus residue. Dito ang
box_xxx.sim file ay ginagamit. Ang pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng mga relasyon sa mga file na ito at
ang mga nasa .grp file ay iyon, hal. sa isang .grp file ang linyang STA ay nangangahulugan na lahat ng tatlo
magkatulad ang aas. Sa isang .sim file S TA ay nangangahulugan na ang parehong T at A ay isinasaalang-alang
katulad ng S, kung saan mayroong isang natitipid na S nalalabi sa higit sa threshold na bilang ng
mga pagkakasunod-sunod. Gayunpaman, HINDI ito nangangahulugan na ang T at A ay magkatulad sa isa't isa. Tandaan na
mga kaso kung saan ang dalawang nalalabi, o mga grupo ng mga nalalabi, ay tumutupad sa mga kinakailangan sa threshold (bilang
maaaring mangyari sa mga halaga ng thr. fraction na mas mababa sa o katumbas ng 0.5) ay itinuturing bilang
walang pinagkasunduan. Inilalarawan nito ang pangunahing modelo ng pagtatabing 'shading ayon sa a
pinagkasunduan'. Ang alternatibong modelo ay tinatawag na 'shading ayon sa isang master sequence'. Sa
sa kasong ito ang user ay sinenyasan para sa isang pagkakasunod-sunod ng pagkakahanay at magkasunod na iyon
Ang pagkakasunud-sunod ay kinuha bilang 'pinagkasunduan'. Tanging ang mga residues na iyon ang nagiging shaded na
magkapareho o katulad ng napiling pagkakasunod-sunod. Ang output na nakuha gamit ang opsyong ito ay malamang
hindi gaanong kulay at pinababayaan ang mga pagkakatulad sa pagitan ng iba pang (hindi pinili) na mga pagkakasunud-sunod. Nagsisimula
sa V2.7, maaaring itago ang 'master sequence' na ito. Kaya, nakakaimpluwensya lamang ito sa pagtatabing ng
iba pang mga sequence nang hindi ipinapakita ang sarili nito.

Pinagkaisahan magpakita
Simula sa bersyon 2.5, nag-aalok ang BOXSHADE ng posibilidad na lumikha ng karagdagang linya
may hawak na simbolo ng pinagkasunduan. Maaaring makuha ang linyang ito sa pamamagitan ng paggamit ng command line
qualifier /CONS o interactive sa pamamagitan ng pagsagot sa tanong na ' create consensus? '. Ang daan
ang consensus line na ito ay ipinapakita ay maaaring mabago ng command line parameter
SYMBCONS=xyz, sa pamamagitan ng pag-edit ng kaukulang entry sa .PAR file o interactive. Mula noong
Ang SYMBCONS syntax ay hindi intuitive, narito ang isang maikling paglalarawan: Ang SYMBCONS parameter ay binubuo
ng eksaktong tatlong simbolo: + ang una ay kumakatawan sa 'normal' na sequence residues na
hindi kasangkot sa anumang magkatulad/magkatulad na relasyon. + ang pangalawang simbolo ay kumakatawan
mga posisyon na magkapareho sa lahat ng pagkakasunud-sunod ng pagkakahanay. Tingnan ang mga file na BOX_PEP.SIM
at BOX_DNA.SIM upang makita kung anong mga nalalabi ang itinuturing na magkatulad. + ang ikatlong simbolo ay kumakatawan
mga posisyon na magkapareho sa lahat ng pagkakasunud-sunod ng pagkakahanay. Isang parameter ng SYMBCONS
string " .*" (blangko/punto/asterisk) ay nangangahulugang: lagyan ng label ang lahat ng posisyon sa pagkakahanay ng
ganap na magkaparehong mga nalalabi sa pamamagitan ng isang asterisk, lahat ng mga posisyon na may lahat ng magkakatulad na mga nalalabi sa pamamagitan ng a
ituro at huwag markahan ang iba pang mga posisyon. Ang letrang 'B' ay maaaring gamitin sa halip na ang
blangko, ito ay kinakailangan hal. kapag gumagamit ng command line na opsyon /SYMBCONS=B.* na nagbibigay
ang parehong resulta ng halimbawa sa itaas. Ang opsyon na /SYMBCONS= .* ay magreresulta sa isang
hindi inaasahang pag-uugali dahil pinipiga ng MSDOS ang mga blangko sa command line. Bukod sa
mga puntos, asterisk at iba pang mga simbolo, mayroong dalawang espesyal na character kapag lumitaw ang mga ito
ang SYMBCONS string: 'L' at 'U'. Ang ibig sabihin ng 'L', na isang maliit na titik na representasyon ng
ang pinaka-masaganang nalalabi sa posisyong iyon ay gagamitin sa halip na isang nakapirming simbolo ng pinagkasunduan
habang ang 'U' ay nangangahulugang isang uppercase na character na representasyon ng nalalabi na iyon. Isang posible
application ay ang SYMBCONS string " LU " kung saan ang mga katulad na residues ay kinakatawan ng
maliit na titik at magkapareho sa malalaking titik.

Shareware/PD mga programa kapaki-pakinabang in kasabay sa BOXSHADE
maramihang alignment file na gagamitin ng BOXSHADE ay maaaring gawin, bukod sa iba pa, sa pamamagitan ng
ang mga sumusunod na PD/freeware na programa: + PHYLIP ni Joe Felsenstein, available ng ftp mula sa
anthro.utah.edu + ESEE ni Eric Cabot, na makukuha mula sa parehong mga mapagkukunan tulad ng BOXSHADE (tingnan ang
sa itaas) + CLUSTAL ni Des Higgins, gayundin para sa preview/conversion ng POSTSCRIPT file, ang
Ang programang GHOSTSCRIPT mula sa GNU software foundation ay lubos na inirerekomenda. Ito ay magagamit
mula sa lahat ng pangunahing MSDOS ftp-site (hal. SIMTEL o ftp.uni-koeln.de) Mayroon ding bersyon
sinubukan para sa paggamit gamit ang boxshade na available sa vax0.biomed.uni-koeln.de kahit na ito ay maaaring
hindi ang pinakabagong release. para sa mga gumagamit ng Mac, mayroong MacGhostscript, magagamit din mula sa
ang pangunahing mga archive (info-mac, umich at kanilang mga salamin). Isang *napaka* magandang tool para sa paglalagay ng a
i-preview ang imahe sa isang EPSF file, kadalasan ay isang kinakailangan para sa pagsasama sa isang drawing
package, ay PS2EPS, ni Peter Lerup. Ito ay matatagpuan sa info-mac. para sa preview/conversion
ng mga HPGL file, ang shareware program na PRINTGL 1.18 ni Cary Ravitz ay lubos na inirerekomenda. Ito
ay makukuha mula sa maraming MSDOS ftp site at mula sa [protektado ng email] - output sa tuldok
mga printer - Dahil nag-aalok ang PRINTGL ng malawak na pagpipilian ng mga uri ng printer at isang magandang programa, I
Inirerekomenda ang paggamit nito para sa pag-print ng BOXSHADE na output sa mga non-POSTSCRIPT printer. Gamitin ang output ng HPGL
na may mga opsyon na 0F1N para sa mga normal na nalalabi 2F1N para sa magkaparehong mga nalalabi 3F1N para sa mga katulad
residues 2F4N para sa conserved residues 8 para sa laki ng character na hindi iniikot (ito ang
karaniwang mga parameter sa BOX_PEP.PAR) para sa paglikha ng isang HPGL file. (tawagin natin itong TEST.PLT) Ngayon
gumamit ng PRINTGL alinman sa interactive sa pamamagitan ng pagtawag sa PMI o gumamit ng command line tulad ng: PRINTGL
/Fx/S0340/Waaac/Ptest.plt kung saan ang test.plt ay papalitan ng filename na iko-convert at
ang x sa expression na /Fx ay papalitan ng titik ng printer na iyong ginagamit. (Tingnan
ang PRINTGL na dokumentasyon para sa karagdagang mga detalye)

RESTRICTIONS

Eksperimento pa rin ang output ng RTF at mga pagpapatupad ng PHYLIP input. Mangyaring sabihin sa akin ng
iyong mga karanasan sa programa. + ang kasalukuyang bersyon ng DOS ay sumusuporta lamang sa 13 mga pagkakasunud-sunod
na may 2000 residues bawat isa. Ang mga parameter na ito ay madaling mabago sa source code. kung ikaw
hindi ma-compile ang mga source dahil kulang ka ng pascal compiler, makipag-ugnayan sa may-akda
para sa mga precompiled na bersyon

CITING BOXSHADE

Walang publikasyon sa BOXSHADE at walang nakaplano. Ginagamit lang ito ng karamihan
figure sa mga publikasyon at huwag magbanggit ng anuman, ito ay ok para sa mga may-akda ng
BOXSHADE. Kung talagang gusto mong banggitin ang BOXSHADE, maaari mo itong tanggapin
ang figure legend o sa bahaging Mat&Meth sa sequence analysis.

Gumamit ng boxshade online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net