bp_fetchp - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

bp_fetch.pl - kumukuha ng mga pagkakasunud-sunod mula sa mga database na na-index ng bioperl

SINOPSIS

bp_fetch.pl swiss:ROA1_HUMAN

bp_fetch.pl net::genbank:JX295726

bp_fetch.pl net::genpept:ROA1_HUMAN

bp_fetch.pl ace::myserver.somewhere.edu,21000:X56676

bp_fetch.pl -fmt GCG swiss:ROA1_HUMAN

DESCRIPTION

Kinukuha ang mga sequence gamit ang mga DB access system sa Bioperl. Ang pinakakaraniwang gamit nito ay
para bp_fetch ang mga sequence mula sa mga bioperl index na binuo gamit ang bpindex.pl, o para kumuha ng mga sequence
mula sa website ng NCBI

Ang format para sa pagkuha ng mga sequence ay sadyang katulad ng GCG/EMBOSS na format tulad ng
sumusunod:

db:pangalan

na may potensyal na maglagay ng 'meta' na uri ng database, pagiging

meta::db:pangalan

Ang impormasyon ng meta ay maaaring isa sa tatlong uri

lokal - lokal na naka-index na flat file database
net - naka-network na http: batay sa database
ace - database ng ACeDB

Nagde-default ang impormasyong ito sa 'lokal' para sa mga pangalan ng database na walang impormasyon sa meta db

Opsyon

-fmt - Output format
Fasta (default), EMBL, Raw, swiss o GCG
-acc - string ay isang accession number, hindi isang
id.

mga opsyon para lamang sa paggamit ng eksperto

-dir - direktoryo upang mahanap ang mga index na file
(i-override ang BIOPERL_INDEX environment variable)
-uri - uri ng DBM file na bubuksan
(i-override ang BIOPERL_INDEX_TYPE na variable ng kapaligiran)

Kapaligiran

bp_index at bp_fetch coordinate kung saan namamalagi ang mga database gamit ang environment variable
BIOPERL_INDEX. Maaari itong ma-override gamit ang -dir na opsyon. Ang uri ng index (SDBM o
Ang DB_File o isa pang index file) ay kinokontrol ng BIOPERL_INDEX_TYPE variable. Ito
default sa SDBM_File

GAMIT IT ANG SARILI MO

Ang bp_fetch ay isang wrapper sa paligid ng mga bioperl module na sumusuporta sa Bio::DB::BioSeqI
abstract na interface. Kabilang dito ang:

Code ng May-akda

James Gilbert - Fasta indexer, Abstract indexer
Aaron Mackay - GenBank at GenPept DB access
Ewan Birney - EMBL .dat indexer
Maraming tao - SeqIO code

Ang mga module na ito ay maaaring gamitin nang direkta, na mas mahusay kaysa sa paggamit ng script na ito bilang isang sistema
tawag o isang pipe na babasahin. Basahin ang source code para sa bp_fetch upang makita kung paano ito ginagamit.

PAGPAPALAW IT

Gumagamit ang bp_fetch ng ilang iba't ibang module upang magbigay ng access sa mga database. Anumang module
na nag-subscribe sa Bio::DB::BioSeqI interface ay maaaring gamitin dito. Para sa flat file
indexers, ito ay pinakamahusay na gawin sa pamamagitan ng pagpapalawak ng Bio::Index::Abstract, tulad ng ginagawa sa
Bio::Index::EMBL at Bio::Index::Fasta. Para sa pag-access sa iba pang mga database kakailanganin mong
i-roll ang iyong sariling interface.

Para sa mga bagong format ng output, kailangan mong magdagdag ng bagong SeqIO module. Ang pinakamadaling bagay ay tumingin
sa Bio::SeqIO::Fast at alamin kung paano ito i-hack para sa sarili mong format (tawagin itong isang bagay
halatang iba).

Feedback

Mailing Mga Listahan
Ang feedback ng user ay isang mahalagang bahagi ng ebolusyon nito at ng iba pang mga module ng Bioperl. Ipadala
ang iyong mga komento at suhestiyon ay mas mabuti sa mailing list ng Bioperl. Ang iyong pakikilahok
ay labis na pinahahalagahan.

[protektado ng email] - Pangkalahatang talakayan
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - Tungkol sa mga mailing list

Pag-uulat Bug
Mag-ulat ng mga bug sa Bioperl bug tracking system upang matulungan kaming subaybayan ang mga bug at ang mga ito
resolusyon. Maaaring isumite ang mga ulat ng bug sa pamamagitan ng web:

https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues

Gamitin ang bp_fetchp online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net