chemtool - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

chemtool - editor ng mga istrukturang kemikal

SINOPSIS

chemtool [filename]

DESCRIPTION

chemtool ay isang programa para sa pagguhit ng mga organikong molekula at pag-export ng mga ito bilang isang X bitmap, PNG,
PicTeX, Xfig, SVG, SXD, MDL o EPS file. Ito ay tumatakbo sa ilalim ng X Window System gamit ang GTK
set ng widget.

Ang programa ay nag-aalok ng walang limitasyong undo/redo, dalawang text font kasama ang mga simbolo, pito
kulay, pagguhit sa ilang zoom scale, at parisukat at hexagonal na backdrop grid para sa mas madali
pagkakahanay

HALIMBAWA

Sa lahat ng mga mode ng pagguhit at pag-edit, ginagamit ang mouse button one (karaniwan ay ang kaliwang button).
markahan o iguhit ang mga bagay, habang ang pindutang tatlo (ang kanang pindutan) ay maaaring gamitin upang magtanggal ng mga bagay
ng kasalukuyang uri. Ang gitnang pindutan ay pangunahing ginagamit sa mga mode ng pagguhit ng bono kung saan ito
nagbibigay-daan sa mabilis na pagbabago ng mga bondtype. Simula sa bersyon 1.5, ang default na storage
direktoryo para sa mga datafile, at ang filename extension na gagamitin, ay maaaring i-save sa pamamagitan ng a
dialog ng pagsasaayos.

Pagguhit of mga bono:
Maaaring iguhit ang mga bono sa 4 na magkakaibang setting ng anggulo (hexagon na may 30° na pagitan, dalawa
pentagons na may 72° na pagitan (iba't ibang oryentasyon), at isang 45° i octagon). (Nasa pagitan
Posible rin ang mga anggulo sa lahat ng mga mode na ito - huwag pansinin lamang ang mga marker point dito
kaso).

Tinutukoy ng tagapili ng istilo ng bono sa gitna ng button bar ang uri ng bond na iyon
iginuhit - sa simula, ito ay isang solong bono. Kung gusto mong baguhin ang uri ng isang bono sa ibang pagkakataon,
alinman sa i-click ito gamit ang gitnang button ng iyong mouse upang mag-advance sa susunod na (mga) uri, o
piliin ang naaangkop na uri sa tagapili at pagkatapos ay lumipat sa bondtype mode at piliin ang lahat
mga bono na gusto mong palitan sa bagong uri. (Ang kulay na ginamit para sa bono ay
na-update sa parehong oras kung kinakailangan.) Ang pagpindot sa gitnang pindutan ng mouse sa isang bond kapag nasa
Binabaliktad ng 'Bondtype' mode ang direksyon ng bond na iyon.

Ang paggamit ng pangatlo (karaniwan ay ang kanan) na pindutan ng mouse ay nagtatanggal ng bono sa tabi ng cursor
posisyon.

Ang mga available na uri ng bono ay:

· iisang bono

· dobleng bono

· double bond (mas maikling linya sa kabilang panig)

· nakasentro double bond

· triple bond (mga linya ng flanking na mas maikli kaysa sa gitna)

· triple bond (na may pantay na haba ng linya)

· quadruple bond

· hugis wedge na bono

· putol-putol na hugis-wedge na bono

· kulot na linya

· kalahating arrow

· regular na arrow

· malawak na bono

· bilog

· may tuldok na linya

· magkakapatong na solong bono (na pumuputol sa isang segment mula sa anumang bono na tinatawid nito)

· magaan na pi orbital lobe

· madilim na pi orbital lobe

Semiautomatic pagguhit of singsing:
Ang mga singsing na may 3 hanggang 12 miyembro ay madaling iguguhit sa pamamagitan ng pagpindot sa Ctrl key habang gumuhit ng a
linya. Ang linyang ito ay magiging unang segment ng isang singsing na awtomatikong iguguhit
sa direksyong pakanan. Nagde-default ang laki ng singsing sa naaangkop para sa napili
drawing mode (ibig sabihin, 5, 6 o 8 gilid), ngunit maaari itong itakda sa isang per-ring na batayan sa pamamagitan ng pagpindot
Ctlr- bago iguhit ang singsing, kung saan ang mga numero 3-9 ay tumutugma sa 3 hanggang 9 na miyembro
ring, habang 0 hanggang 2 ay pumipili ng 10, 11 at 12-member na ring, ayon sa pagkakabanggit.

Maaaring tanggalin ang mga bagong iginuhit na ring sa pamamagitan ng pagpindot sa Ctrl at mouse button 3 nang magkasama.

Pagguhit of hindi tuwid mga linya:
Ang mga hubog na linya para sa mga bagay tulad ng mga arrow o orbital lobe ay maaaring iguhit sa spline curve mode sa pamamagitan ng
pagtukoy ng apat na control point na bumubuo ng isang bounding polygon (startpoint, dalawang puntos sa
magkabilang gilid ng peak, endpoint). Sa mga regular na bondtype na available sa menu ng Estilo,
ang 'iisang linya', 'semiarrow', arrow at 'dashed line' ay nagpapanatili ng kanilang karaniwang function, habang
ang uri ng 'malawak na linya' ay ginagamit upang tukuyin ang isang punong polygon. Ang mga control point ay lamang
nakikita sa Ilipat mode, kung saan maaari silang i-drag sa paligid upang baguhin ang anyo ng isang curve pagkatapos
ito ay iginuhit.

Pagtatakda ng bono estilo
Sa bond style mode, ang pag-click sa anumang bono sa diagram ay nagbabago ng representasyon nito sa
napili ang uri sa pull-down na menu sa tabi ng uri button.

Ang karagdagang uri ng bono na magagamit sa pulldown menu,

hubog na arrow

ay magagamit lamang para sa pagguhit. Ito ay talagang isang shortcut para sa isa sa curve drawing
mga function na inilarawan sa itaas, na ang pangalawa at pangatlong control point ay awtomatikong
nabuo. Dahil dito, hindi ito maaaring i-convert sa o mula sa alinman sa mga karaniwang uri ng bono.

(Gayunpaman, maaari itong i-convert sa alinman sa iba pang mga uri ng curve, hal upang baguhin ang uri ng
ulo ng palaso). Ang hugis ng arrow ay karaniwang kailangang ayusin sa pamamagitan ng paglilipat ng
control point na lumalabas sa tabi nito sa 'Move' mode.

Pagpasok teksto
Ang text na nakasulat sa text box ay maaaring iposisyon gamit ang cursor at maaaring lumabas sa kaliwa,
gitna o nakahanay sa kanan sa pagguhit. Ang laki at kulay ng teksto ay maaaring piliin mula sa isang nakapirming
listahan ng mga pagpipilian. Mayroong dalawang espesyal na character na gagamitin para sa sub- at superscripting
sumusunod na karakter:

'^' para ilipat pataas (hal. N^+)

'_' para ilipat pababa (hal. CH_3)

Ang control character na '|' ay ginagamit upang italicize ang sumusunod na karakter, tulad ng sa |t-Bu.

Ang isang naka-bold na uri ng font, na karaniwang ginagamit para sa pagnumero ng mga compound, ay maaaring mapili sa pamamagitan ng unahan ng
character na may '#'.

Ang espesyal na karakter na '@' ay lumilipat sa symbol mode, na gumagamit ng karaniwang X11 na simbolo
font. Ang lahat ng alpabetikong key ay gumagawa ng kaukulang mga character na Greek sa mode na ito, at
ilang iba pang mga simbolo ang magagamit kung ang kanilang karaniwang mga katumbas na Latin1 ay mayroon na
nakamapa sa keyboard:

yen -> infinity

gitling -> uparrow

macron -> downarrow

Ang mga simbolo na 'plusminus' at 'nakarehistro' (trademark) ay nasa karaniwang font na,
bagama't hindi karaniwang available ang mga ito sa keyboard. Gamitin ang mga sumusunod na utos (o
idagdag ang mga deklarasyon sa iyong .xmodmaprc ) upang gawing available ang mga ito sa pamamagitan ng +
( + ):

xmodmap -e 'keysym r = r R nakarehistro' \
-e 'keysym o = o O yen' \
-e 'keysym p = p P plusminus' \
-e 'keysym u = u U hyphen' \
-e 'keysym d = d D macron'

(ito ay humahantong sa AltGr-P = plusminus, AltGr-R = nakarehistro sa normal na mode at AltGr-O =
infinity, AltGr-U = uparrow, AltGr-D = downarrow sa font ng simbolo).

Para sa mga diagram ng 'dots-and-crosses', ang mga sumusunod na pagmamapa sa font ng simbolo ay maaaring
kapaki-pakinabang: acute -> cross (hal. keysym x = x X acute) gitnang tuldok -> puno na tuldok (hal. keysym
d = d D periodcentered) (gamit ang degree sign para sa bukas na tuldok).

Ang mga nakabilog na bersyon ng plus at minus sign para sa pagtukoy ng ionic charge ay available bilang @+
at @- .

Kapag gusto mong gumamit ng mga simbolo bilang sub- o superscript, ilagay ang sub- o superscripting
karakter bago ang karakter na '@', hal. K_@a .

Sa text mode, tinatanggal ng kanang pindutan ng mouse ang label sa posisyon ng cursor. Nagbabago
ang laki, font o kulay ng isang label ay maaaring gawin sa pamamagitan ng kaliwang pag-click dito pagkatapos piliin ang
nais na kumbinasyon ng mga setting. Kapag walang laman ang text entry box sa itaas ng drawing area,
ang mga setting lamang ang ina-update nang hindi binabago ang mga nilalaman ng label, kung hindi man ay ang
pinapalitan din ang teksto ng label. Kung gusto mong kopyahin ang teksto ng isang umiiral na label sa
text entry box, i-click ito gamit ang gitnang pindutan ng mouse.

Paglalagay ng label shortcut
Sa lahat ng mga mode ng pagguhit ng bono, maraming mga keyboard shortcut ang magagamit upang magdagdag ng mga simbolo ng atom
nang hindi kinakailangang umalis sa drawing mode. Ang label ay inilalagay sa kasalukuyang posisyon ng pagguhit
(ang endpoint ng huling linya na iginuhit, o ang lugar na huling na-click).

Ang mga key na 'c','h','n','o','s','p' at 'r' ay naglalagay ng kaukulang malaking titik, 'l'
(maliit na titik L) ay naglalagay ng 'Cl', habang ang '1', '2', '3' ay naglalagay ng CH,CH_2 at CH_3, ayon sa pagkakabanggit. Ang
Ang asterisk key (*) ay naglalagay ng punong bilog.

Ang pagpindot sa space bar nang isang beses ay nagbibigay-daan sa iyong maglagay ng mga arbitrary na label, na ilalagay sa
ang kasalukuyang posisyon kapag pinindot mo ang Return key.

Pagguhit elektron pares
Ang mga key ng numeric keypad ay maaaring gamitin upang gumuhit ng mga maikling linya ng 'electron pair' sa tabi ng isang
simbolo ng elemento - kung iniisip ng isang tao na ang simbolo ng elemento ay nakaupo sa gitnang '5' key,
ang bawat susi ay kumukuha ng naaangkop na pares ng elektron para sa posisyon nito. Kapag ginamit kasama ng
Shift key, dalawang tuldok ang iguguhit sa halip na isang linya - tanggalin lang muli ang isa sa mga tuldok kung
kailangan mo ng kakaibang bilang ng mga electron.

Pagnunumero atoms
Para sa mabilis na pagnunumero ng mga atomo sa isang molekula, lumipat sa isa sa mga text mode, pindutin nang matagal
ang Control key at piliin ang bawat atom nang sunud-sunod gamit ang kaliwang pindutan ng mouse. Pagnunumero
magsisimula sa 1, at maaaring i-reset ang sequence anumang oras sa pamamagitan ng pag-click sa kanang pindutan ng mouse.
Kung kailangan mong gumamit ng sarili mong scheme ng pagnunumero, i-click ang gitnang button (habang hindi pa rin
habang pinipigilan ang Control key) ginagawa nitong kunin ang anumang numero sa field ng text entry.

pagsasentro
Kung walang sapat na espasyo para sa iyong molekula maaari mong ilagay ito sa gitna ng sheet
gamit ang center button.

Ine-export sa dayuhan mga format:
Maaari mong i-export ang iyong mga molekula bilang isang X bitmap, isang PNG o EMF na imahe, isang naka-encapsulated
postscript file, isang input file para kay Brian Smith' xfig(1) programa, isang MDL ver. 2000 molfile
para sa pagpapalitan ng data sa mga komersyal na pakete, isang SVG file para sa mga XHTML web page, o sa
PicTeX na format para sa direktang pagsasama sa mga dokumento ng LaTeX. Ang PicTeX, PNG, EMF at
Ang mga postscript output function ay umaasa sa fig2dev81) programa mula sa transfig(1) pakete
at available lang kapag nakita ang program na ito sa startup. Kung ang fig2sxd(1)
Ang programa ay naka-install, isang karagdagang opsyon sa pag-export ay magagamit para sa OpenOffice SXD format.
Gayundin, kung ang (bukas)babel program ay naka-install, isang karagdagang Export menu na nagbibigay
magiging available ang access sa lahat ng filetype na sinusuportahan ng tool na ito.

Maaari kang lumikha ng mga output sa iba't ibang laki ayon sa kasalukuyang sukat ng zoom.
Ang mga postscript at PicTeX na file ay maaari ding gawin sa mga arbitrary na sukat na mapipili sa
menu ng pag-export ng file.

Ang isang opsyon sa menu ng pagsasaayos ay maaaring itakda upang tumawag fig2dev sa wikang internasyonal
mode, na awtomatikong magre-render ng anumang tekstong nakasulat sa kahaliling (Mga Oras) na font gamit
ang postscript font na angkop para sa kasalukuyang lokal (kasalukuyang Croatian, Cyrillic,
Czech, Hungarian, Japanese, Korean, Polish). Tingnan ang fig2dev dokumentasyon para sa mga detalye.

Upang isama ang PicTeX-file sa iyong LaTeX na dokumento, kakailanganin mo ang pictex macro package.
Depende sa mga bersyon na iyong ginagamit, maaaring kailanganin mo ring i-load ang 'kulay' na pakete sa
preamble ng iyong LaTeX file. Kung nakakaranas ka ng 'TeX capacity na lumampas' ng mga mensahe ng error,
dagdagan ang extra_mem_bot na parameter sa iyong texmf.cnf file (karaniwan ay nasa
/usr/share/texmf/web2c, /usr/local/texmf or /etc/texmf). Kilala ang Pictex sa hindi pangkaraniwan nito
(sa pamamagitan ng mga pamantayan ng tex) na kinakailangan ng memorya, at hindi ito isinasaalang-alang ng mga karaniwang setting
(bagaman maaari kang makakita ng komento a la 'baguhin ito kung gumagamit ka ng pictex' sa texmf.cnf
file). Ang isang bagay tulad ng extra_mem_bot=400000 ay hindi dapat makasakit sa anumang katamtamang moderno
system.

imprenta guhit
Mula noong bersyon 1.5, direktang pag-print ng mga diagram sa isang Postscript-capable printing device (o
mas karaniwang isang print queue na tumatakbo sa ghostscript) ay posible. Ang laki ng papel,
magnification, pangalan ng printer at ang print command na gagamitin (sa kasalukuyan ay alinman lpNa (1), lpr(1)
or kprinter(1)) ay maaaring maimbak sa Configuration Dialog.

Ang pagpili lahat or bahagi of a pagguhit para pagbabagong-anyo:
Gamit ang button na 'Mark', madali kang makakapili ng mga bahagi ng kasalukuyang drawing sa pamamagitan ng paglakip
ang mga ito ay may 'rubberband' na parihaba.

Kung kailangan mong magdagdag ng mga atom sa labas ng hugis-parihaba na lugar sa iyong pinili, gumuhit lang
isa pang rubberband sa paligid nila habang hawak ang Ctrl key.

Ang mga napiling bahagi ay lilitaw na naka-highlight sa asul at agad na magagamit para sa

gumagalaw i-drag lamang ang fragment sa nais na posisyon gamit ang mouse habang hawak
pababa sa kaliwang pindutan ng mouse. (Kung kailangan mo lamang ilipat ang mga indibidwal na atomo o
bonds, maaari mo lamang piliin at i-drag ang mga ito sa 'Move' mode nang hindi kinakailangang markahan
muna sila).

umiikot Ang pahalang na paggalaw ng mouse ay isinasalin sa makinis na pag-ikot sa paligid ng
pinili ang pivot point kapag pinindot ang pindutan ng mouse

pitik (mirroring) ang fragment tungkol sa isang pahalang o patayong mirror plane through
sentro nito: ito ay isinasagawa sa pamamagitan ng pag-click sa naaangkop na pindutan ng menu

pagkopya Ang pag-click sa pindutan ng menu na 'Kopyahin' ay lumilikha ng eksaktong kopya ng napili
bahagyang na-offset ang fragment sa orihinal. Ang marka ay awtomatikong
inilipat sa bagong kopya.

rescaling Ang pahalang na paggalaw ng mouse ay isinalin sa isang maayos na pagtaas o pagbaba ng
laki ng minarkahang fragment

pagtanggal para tanggalin ang minarkahang fragment, i-click lang ang pangatlo (karaniwan ay ang kanan)
button ng mouse pagkatapos itong ma-highlight.

framing pagpili ng isa sa mga icon mula sa drop-down na listahan ng mga istilo ng frame at bracket
gumuhit ng katumbas na bagay, hal. isang pares ng bilog na panaklong, sa paligid ng
naka-highlight na fragment.

pag-optimize Ang pag-click sa simbolo ng 'bucket at walis' ay humihimok ng isang function na nag-aalis
nagsasapawan (dobleng) mga bono at mga etiketa mula sa pagguhit at pagtuwid
mga linya na halos pahalang o patayo.

Pagdaragdag dati ligtas mga numero:
Upang magdagdag ng isa pang molekula mula sa isang dating na-save na chemtool drawing, piliin ito sa file
window ng pagpili na lalabas kapag pinindot mo ang 'Add' button. Isang pag-click sa alinman
Ang filename sa listahan ay nagpapakita ng isang maliit na preview ng molekula upang makatulong sa pagpili. Ang
Ang bagong idinagdag na molekula ay awtomatikong ginagawang aktibo upang ito ay mai-reposition bilang
ninanais.

Kung gusto mong idagdag ito sa isang paunang natukoy na posisyon sa isa pang molekula, maaari mong markahan iyon
attachment site sa pamamagitan ng left-click dito sa halip na i-drag ang marker rectangle. Isang maliit
lalabas ang berdeng tuldok sa kung ano ngayon ang reference na posisyon para sa bagong bahagi. Kung magtitipid ka
mga molekula na may ganoong set ng marker, ito naman ang tutukuyin ang kanilang attachment site kapag sila
ay idinagdag sa isa pang guhit.

Pagdaragdag isa of ang paunang natukoy mga template:
Ang pagpili sa 'Mga Template' mula sa menu na 'Mga Tool' ay magbubukas ng pangalawang window na may maliit na koleksyon
ng mga paunang natukoy na istruktura. I-click lamang ang larawan ng nais na molekula upang idagdag ito
ang iyong pagguhit. Maaaring panatilihing bukas ang window ng Template sa buong session ng chemtool - kung ito
ay nakatago ng isa pang window, maaari mo itong ilipat sa harap sa pamamagitan ng pagpili sa menu na 'Template'
sa chemtool ulit.

Ang data sa sistema ng template ay naiiba sa mga normal na guhit ng chemtool sa pamamagitan lamang ng katotohanang iyon
ang mga ito ay naka-imbak sa loob ng programa, at sa medyo awkward na format (x at y coordinates
nakalista nang hiwalay sa mga template ng source file.h). Ang mga ito ay nilalayong magbigay ng a
maginhawang batayan na itinakda na magagamit sa lahat ng mga gumagamit, ngunit hindi isa-isa na napapalawak (maaari mong gamitin
ang function na 'Magdagdag' para sa iyong sariling mga istraktura). Mangyaring ipaalam sa amin kung gusto mo ng tiyak
mga molekula na idinagdag sa mga template - ang kanilang pangalan o perpektong isang regular na chemtool drawing file
ang kailangan lang natin. (magpadala ng email sa [protektado ng email])

Ini-import ang dayuhan file mga format:
Nagbibigay ang Chemtool ng mga function para sa pag-import ng mga file sa parehong format na PDB na ginagamit ng Protein
Database (at ng karamihan sa mga molecular modeling package) at ang proprietary MDL molfile na format
ginagamit ng ISISdraw at nauunawaan ng iba pang mga pakete ng pagguhit ng istraktura at database
mga frontend.

Dahil pareho silang 3D na mga format ng file, habang ang chemtool ay humahawak lamang ng mga 2D na projection, na na-import
Ang mga molekula ay binabasa sa isang pansamantalang imbakan sa una at ipinapakita sa asul sa canvas.
Ang 3D na representasyong ito ay maaaring paikutin gamit ang mouse. Pagkatapos lamang ng pagpindot sa Return
key sa keyboard ay na-convert ito sa panghuling 2D projection na maaaring i-edit. Habang
ang naturang 3d na pag-import ay isinasagawa, ang lahat ng normal na pagguhit at pag-edit ng mga function ay hindi pinagana.

Sa pag-import ng MDL molfile, awtomatikong itinatapon ang mga label ng carbon atom. Para sa PDB
import, ang halaga ng pag-label ay maaaring mapili sa dialog ng pagpili ng file, na nag-aalok
pagpapanatili ng alinman sa lahat ng mga label, ang mga non-hydrogen atoms lang, o ang non-numeric lang
bahagi ng mga label.

Kung naka-install ang program babel - alinman sa orihinal na bersyon na isinulat ni Pat Walters o
ang mas kamakailang pagsisikap ng OpenBabel - awtomatikong mag-aalok ang chemtool ng opsyon sa menu para sa
pag-import mula sa alinman sa mga format ng file na sinusuportahan nito.

Pagtukoy kabuuan pormula at molekular timbang:
Ang pamamahagi ay naglalaman ng isang programa ng katulong, CHT(1), ni Radek Liboska (Prague) upang kalkulahin
sum formula at (eksaktong) molekular na timbang mula sa isang chemtool drawing file. Ito ay din
magagamit mula sa loob ng chemtool upang kalkulahin ang mga data na ito para sa kasalukuyang istraktura o a
may markang fragment nito. CHT maaaring iligaw ng mga duplicate na bono ( hindi inaalis ng chemtool
magkakapatong na mga bono, gaya ng maaaring magresulta mula sa pagsasama ng mga sistema ng singsing, awtomatiko) at
sa pamamagitan ng simbolo ng 'aromatic ring', kaya dapat mong iwasan ang mga ito at suriin ang pagiging totoo ng
nabuong sum formula kung posible.

Pagguhit function hindi magagamit sa loob ng Chemtool:
Para sa mga feature na kasalukuyang hindi sinusuportahan ng chemtool, tulad ng mga pangkalahatang line-drawing function,
pagkuha ng XFig drawing package ni Brian Smith xfig ay lubos na inirerekomenda. Tungkol sa nag-iisa
bagay na hindi ito nag-aalok ay suporta para sa 'kemikal' linetypes at pagguhit anggulo - which is
bakit isinulat ang chemtool bilang isang uri ng kasamang programa. (Marahil ay magkakaroon ng higit pa
ang pinakakailangang mga pagpipilian sa pagguhit ay idinagdag sa chemtool sa paglipas ng panahon, ngunit ang pagdodoble ng
mas pangkalahatang layunin ng mga tampok ng xfig parang walang kabuluhan.)

Gamitin ang chemtool online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net