Ito ang command circos na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
____ _
/ ___(_)_ __ ___ ___ ___
| | | | '__/ __/ _ \/ __|
| |___| | | | (_| (_) \__ \
\____|_|_| \___\___/|___/
maganda ang bilog
circos - bumuo ng circularly composited information graphics
SINOPSIS
# hulaan ang lokasyon ng configuration file
mga sirko
# gumamit ng partikular na configuration file
circos -conf circos.conf [-silent]
# i-diagnose ang mga kinakailangang module
circos -mga module
# man page
circos -tao
# detalyadong pag-debug para sa mga bahagi ng code
# tingnan http://www.circos.ca/documentation/tutorials/configuration/debugging
circos -debug_group GROUP1,[GROUP2,...]
# buong pag-debug
circos -debug_group _all
# configuration dump ng isang block (o block tree) ng
# anumang parameter na tumutugma sa REGEXP (opsyonal)
circos -cdump [BLOCK1/[BLOCK2/...]]{:REGEXP}
# overriding na mga parameter ng configuration
circos -param image/radius=2000p -param ideogram/show=no
# para masaya - i-randomize ang lahat ng kulay sa larawan maliban sa
# COLOR1 at COLOR2
circos -randomcolor COLOR1,[COLOR2,...]
DESCRIPTION
Ang Circos ay para sa pag-visualize ng data sa isang pabilog na layout, perpekto para sa paggalugad ng mga relasyon
sa pagitan ng mga bagay o posisyon. May iba pang mga dahilan kung bakit ang isang pabilog na layout ay
kapaki-pakinabang, hindi bababa sa pagiging ang katotohanan na ito ay kaakit-akit.
Ang Circos ay hindi solusyon. Ito ay isang tool upang malutas ang mga problema sa visualization. Para sa isang naibigay
problema, hindi ka garantisadong angkop ito.
Mayroon kang mahusay na kontrol sa kung paano ipinapakita ang bawat elemento ng data, na tumutulong sa iyong tumugma
kapansin-pansin sa kahalagahan.
Configuration
Ang mga setting ay nilalayong maipasa gamit ang isang plain-text na configuration file. Ang file na ito ay maaaring
na ginawa nang manu-mano o ng isa pang script, na nagbibigay-daan sa Circos na maging ganap na awtomatiko.
Para sa buong dokumentasyon, tingnan
L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials>
palaugnayan
Ang configuration ay plain-text at binubuo ng mga hierarchical block. Ang ilang mga bloke, tulad ng
" ay sapilitan, habang ang iba ay tulad ng " ay opsyonal.
Upang makapagsimula, sumangguni sa tutorial ng mabilis na gabay.
L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials/quick_guide>
Maaaring ganito ang hitsura ng karaniwang configuration file
# laki at format ng larawan
...
# posisyon at laki ng mga ideogram
...
# posisyon, uri at format ng mga track ng data
...
...
# na kulay, mga font at mga pattern ng pagpuno
< >
# na mga parameter ng system
< >
Modularidad
Ang "< > ini-import ng direktiba ang isang configuration file papunta sa isa pa. Ito
tumutulong ang pasilidad na panatilihing modular ang mga configuration file.
Mga kahulugan ng parameter na hindi madalas nagbabago, tulad ng mga kahulugan ng kulay at font,
ay karaniwang ini-import mula sa mga file na matatagpuan sa atbp / sa pamamahagi.
Sa mga tutorial, makikita mo na ang " at " ang mga bloke ay ini-import sa
ang pangunahing configuration file. Dahil ang mga bloke na ito ay maaaring maging medyo malaki, ang pangunahing
Ang configuration file ay mas nababasa kung ire-relegate ang mga ito sa hiwalay na mga file.
Sobra sa *
Upang i-override ang isang parameter na isinama mula sa isang file, gamitin ang "*" suffix. Ang panlapi
ay kinakailangan dahil maraming mga kahulugan ng isang parameter ay hindi pinapayagan, maliban sa mga kaso
kung saan ang isang parameter ay maaaring magkaroon ng higit sa isang halaga.
Tinutukoy ng # kasamang file ang 'radius'
< >
# i-override nito ang halaga ng radius
radius* = 2500p
Maaaring ulitin ang "*" suffix para tukuyin kung aling value ang mauuna sa isang block.
radius = 1500p
radius* = 2500p
radius** = 3000p # gagamitin ang instance na ito ng radius
Sobra sa Utos Linya
Ang anumang parameter ng pagsasaayos sa isang natatanging pangalan ng block ay maaaring tukuyin sa command line
paggamit
-param PATH/PARAM=value
Halimbawa,
ipakita = hindi
...
-param ideogram/show=no
at
default = 0.01r
...
-param ideogram/spacing/default=0.01r
Kailan conf() ay ginagamit sa configuration file upang makuha ang halaga ng isang parmameter (anumang
parameter, hindi lamang ang mga itinakda ng -param), makakakuha ka ng isang nababaluktot na sistema para sa pagbabago ng
configuration sa command line.
species = tao
karytotype = data/karyotype/karyotype.conf(species).txt
-param species=daga
Maaaring muling tukuyin ang maraming parameter, bawat isa ay may sariling flag na "-param".
-param show_ticks=no -param image/radius=2000p
Pagmumog Bloke
Awtomatikong pinagsasama ang maraming pagkakataon ng mga sumusunod na bloke: " ,
" ," ," ," ," ," at " .
Ang layunin nito ay payagan kang magdagdag sa mga canonical na kahulugan.
# ang file na ito ay tumutukoy sa default , at
< >
# idagdag sa bloke ng mga kulay
mycolor = 150,25,25
Opsyon
Configuration
-configfile FILE
Pangalan ng configuration file. Ito ay kinakailangan.
Susubukan ng Circos na hulaan ang lokasyon ng file na ito, na naghahanap ng "circos.conf" sa
".", "..", at "../..".
Pagbubuhos format
-png, -nopng
-svg, -nosvg
I-toggle ang output ng PNG at SVG file.
Imahen Mga Sangkap
-show_ticks, -noshow_ticks
-show_tick_labels, -noshow_tick_labels
I-override ang pagpapakita ng mga tik at mga label ng mga ito. Ang mga ito ay parehong karaniwang tinukoy sa
harangan.
Pagbubuhos Landas
-outputdir DIR, -dir DIR
-outputfile FILE, -file FILE
Baguhin ang output directory at filename. Ang FILE ay maaaring maglaman ng isang landas.
Pag-debug
-debug
I-on ang pangunahing output ng pag-debug. Nag-uulat ng impormasyon mula sa
larawan, io, layer, buod, timer
mga pangkat ng debug (tingnan sa ibaba).
-debug_group {+-}GROUP1,[{+-}GROUP2,...]
I-on ang output ng pag-debug para sa mga partikular na grupo. Para sa listahan ng mga grupo, tingnan
L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials/configuration/debugging>
Upang magdagdag ng pangkat sa output prefix ito ng +. Upang alisin ito, na may -.
# gumamit ng mga default na pangkat sa pag-debug ngunit ibukod ang layer at io
-debug -debug_group -layer,-io
# gumamit ng mga default na pangkat sa pag-debug at magdagdag ng espasyo
-debug -debug_group +spacing
# tahasang tukuyin ang mga pangkat
-debug_group png,io,timer
Upang ilista ang mga grupong sinusuportahan, gamitin ang bandila nang walang argumento
-debug_group
-panahon
Iulat ang impormasyon sa oras. Pareho sa -debug_group +timer
-tahimik
Bumuo ng walang pag-uulat.
-paranoid, -noparanoid
Tumakbo sa paranoid mode (default), o hindi. Ang default para sa setting na ito ay tinukoy ng
'paranoid' sa etc/housekeeping.conf.
-babala, -walang babala
Ipakita ang mga babala, o hindi (default). Ang default para sa setting na ito ay tinukoy ng
'mga babala' sa etc/housekeeping.conf.
-fakeerror =item -fakeerror CAT =item -fakeerror ,ID =item -fakeerror CAT,ID
Pekeng error sa pamamagitan ng pagpapakita ng mensahe ng error para sa kategoryang CAT at error name ID. Kung
isa o wala ang tinukoy, naglilista kung aling mga error ang available.
Maliban kung talagang nasisiyahan kang makakita ng mga mensahe ng error, dapat ay may kaunting dahilan para gawin mo ito
gustong gamitin ito.
Paggamit
-version
Ipakita ang bersyon.
-tulong
Ipakita ang maikling buod ng paggamit.
-lalaki
Ipakita ang man page.
Pang-goof sa paligid
-randomcolor [kulay1,kulay2,...]
I-randomize ang kulay ng bawat elemento sa larawan, maliban sa isang opsyonal na listahan ng
kulay.
Halimbawa, upang panatilihing puti ang background at anumang bagay na itim,
-random na kulay puti, itim
Gumamit ng circos online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
