cleanasn - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

cleanasn - linisin ang mga iregularidad sa NCBI ASN.1 na mga bagay

SINOPSIS

cleanasn [-] [-A filename] [-C STR] [-D STR] [-F STR] [-K STR] [-L filename] [-M filename]
[-N STR] [-P STR] [-Q STR] [-R] [-S STR] [-T] [-U STR] [-V STR] [-X STR] [-Z STR] [-a STR]
[-b] [-c] [-d STR] [-f STR] [-i filename] [-j filename] [-k filename] [-m STR] [-n landas]
[-o filename] [-p landas] [-q landas] [-r landas] [-v landas] [-x ext]

DESCRIPTION

cleanasn ay isang utility program upang linisin ang mga iregularidad sa NCBI ASN.1 na mga bagay.

Opsyon

Ang isang buod ng mga opsyon ay kasama sa ibaba.

- I-print ang mensahe ng paggamit

-A filename
File ng listahan ng pag-access

-C STR Mga pagpapatakbo ng pagkakasunud-sunod, ayon sa mga flag sa str:
c I-compress
d I-decompress
v Virtual gaps sa loob ng segmented sequence
s I-convert ang naka-segment na set sa delta sequence

-D STR Linisin ang mga deskriptor, ayon sa mga flag sa str:
t Alisin ang Pamagat
c Alisin ang Komento
n Alisin ang pamagat ng Nuc-Prot Set
e Alisin ang pamagat ng Pop/Phy/Mut/Eco Set
m Alisin ang pamagat ng mRNA
p Alisin ang pamagat ng Protina

-F STR Linisin ang mga feature, ayon sa mga flag sa str:
u Alisin ang User-object
d Alisin ang db_xrefs
e Alisin /ebidensya at /hinuha
r Alisin ang mga redundant gene xrefs
f I-fuse ang mga dobleng tampok
k Package coding-rehiyon o mga bahagi na tampok
z Tanggalin o i-update ang mga numero ng EC

-K STR Magsagawa ng pangkalahatang paglilinis, ayon sa mga flag sa str:
b BasicSeqEntryCleanup
p C++ BasicCleanup (sa pamamagitan ng panlabas na utility)
s SeriousSeqEntryCleanup
g GpipeSeqEntryCleanup
n I-normalize ang pagkakasunud-sunod ng deskriptor
u Alisin ang NcbiCleanup User Objects
c I-synchronize ang mga genetic Code
d Muling i-synchronize ang mga bahagi ng CDS
m Muling i-synchronize ang mga partial ng mRNA
t Muling i-synchronize ang mga bahagi ng Peptide
a Ayusin ang consensus splice
i-promote sa "pinakamasama" Seq-ID

-L filename
Mag-log file

-M filename
Macro file

-N STR Linisin ang mga link, ayon sa mga flag sa str:
o I-link ang CDS mRNA sa pamamagitan ng Overlap
p I-link ang CDS mRNA ayon sa Produkto
r Muling italaga ang mga feature ID
f Ayusin ang mga nawawalang reciprocal na feature ID
c I-clear ang mga feature ID

-P Mga opsyon sa publikasyon:
a Alisin ang Lahat ng publikasyon
s Alisin ang serial number
f Alisin ang Figure, pagnunumero, at pangalan
r Alisin ang Puna
u I-update ang PMID-only publication
# Palitan ang hindi na-publish ng PMID

-Q STR Ulat:
c Record count
r Ulat ng ASN.1 BSEC
s ASN.1 SSEC ulat
n Ulat ng NORM vs. SSEC
e ulat ng PopPhyMutEco AutoDef
o Overlap na ulat
l Latitude-longitude diff ng bansa
d Magtala ng mga pagkakaiba sa SSEC
g GenBank SSEC diff
f asn2gb/asn2flat diff
h Seg-to-delta GenBank diff
v Validator SSEC diff
m I-modernize ang Gene/RNA/PCR
u Hindi na-publish na paghahanap ng Pub
p Na-publish na paghahanap ng Pub
j Ulat ng Unindexed Journal
x Custom na pag-scan

-R Remote na pagkuha mula sa ID (NCBI sequence databases)

-S STR Selective difference filter (laktawan ang malalaking titik)
s SSEC
b BSEC
Isang May-akda
p Paglalathala
l Lokasyon
r RNA
q Pag-uuri ng kwalipikasyon
g Genbank block
k Package CdRegion o mga bahagi na tampok
m Ilipat ang publikasyon
o Mag-iwan ng duplicate na publikasyong Bioseq
d Awtomatikong linya ng kahulugan
e Pop/Phy/Mut/Eco Set na linya ng kahulugan

-T Paghahanap ng Taxonomy

-U STR I-modernize, ayon sa mga flag sa str:
g Mga gene
r RNA
p Mga Primer ng PCR

-V STR Alisin ang mga feature ayon sa kalubhaan ng validator:
r Tanggihan
e Error
w Babala
i Impormasyon

-X STR Iba't ibang opsyon, bawat str:
d Awtomatikong linya ng kahulugan
e Pop/Phy/Mut/Eco Set na linya ng kahulugan
n Instantiate pamagat ng NC
m Instantiate ang mga pamagat ng NM
x Mga espesyal na pamagat ng XM
p Instantiate na mga pamagat ng Protein
c Lumikha ng mga mRNA para sa mga coding sequence
f Ayusin ang reciprocal protein_id/transcript_id

-Z STR Alisin ang ipinahiwatig na User-object

-a STR ASN.1 uri
a Anumang (default)
e Seq-entry
b Bioseq
s Bioseq-set
m Seq-isumite
t Batch Processing [String]

-b Ang input ASN.1 ay Binary

-c Ang input ASN.1 ay Compressed

-d STR Pinagmulan ng database
a Anumang (default)
g GenBank
e EMBL
d DDBJ
b EMBL o DDBJ
r RefSeq
n NCBI
v Mga naka-segment na sequence lamang
w Ibukod ang mga naka-segment na pagkakasunud-sunod
x Ibukod ang EMBL/DDBJ
y Ibukod ang gbcon, gbest, gbgss, gbhtg, gbpat, gbsts

-f STR Substring na filter

-i filename
Single input file (mga default sa stdin)

-j filename
Unang filename

-k filename
Huling filename

-m STR Flatfile mode:
r Bitawan
at Entrez
s Sequin
d Itapon

-n landas
asn2flat maipapatupad (default ay /netopt/ncbi_tools/bin/asn2flat)

-o filename
Iisang output file (default sa stdout)

-p landas
Iproseso ang lahat ng tumutugmang file sa landas

-q landas
ffdiff maipapatupad (default ay /netopt/genbank/subtool/bin/ffdiff)

-r landas
Landas para sa mga resulta

-v landas
asnval maipapatupad (default ay /netopt/ncbi_tools/bin/asnval)

-x ext Suffix ng pagpili ng file para gamitin sa -p (nag-default sa .ent)

Gumamit ng cleanasn online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net