Ito ang command clustalw na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
clustalw - Maramihang pag-align ng nucleic acid at mga pagkakasunud-sunod ng protina
SINOPSIS
clustalw [-infile] file.ext [Opsyon]
clustalw [-tulong | -fullhelp]
DESCRIPTION
Ang Clustal W ay isang pangkalahatang layunin ng multiple alignment program para sa DNA o mga protina.
Ang programa ay gumaganap ng sabay-sabay na pag-align ng maraming nucleotide o amino acid sequence. Ito
ay karaniwang tumatakbo nang interactive, na nagbibigay ng isang menu at isang online na tulong. Kung mas gusto mong gamitin
ito sa command-line (batch) mode, kakailanganin mong magbigay ng ilang mga opsyon, ang pinakamababa
-infile.
Opsyon
DATA (mga pagkakasunud-sunod)
-infile=file.ext
Mga pagkakasunud-sunod ng input.
-profile1=file.ext at -profile2=file.ext
Mga profile (lumang pagkakahanay)
PANDIWA (gawin bagay)
-mga pagpipilian
Ilista ang mga parameter ng command line.
-tulong or -suriin
Balangkas ang mga param ng command line.
-fullhelp
Mag-output ng buong nilalaman ng tulong.
-align
Gumawa ng full multiple alignment.
-Tree
Kalkulahin ang NJ tree.
-pim
Output percent identity matrix (habang kinakalkula ang puno).
-bootstrap=n
Bootstrap isang NJ tree (n= bilang ng mga bootstrap; def. = 1000).
-convert
I-output ang mga sequence ng input sa ibang format ng file.
MGA PARAMETERS (itakda bagay)
Pangkalahatan mga setting:
-interactive
Basahin ang command line, pagkatapos ay ilagay ang mga normal na interactive na menu.
-quicktree
Gumamit ng FAST algorithm para sa alignment guide tree.
-uri=
PROTEIN or DNA pagkakasunud-sunod.
-negatibo
Pag-align ng protina sa mga negatibong halaga sa matrix.
-outfile=
Pangalan ng file ng pagkakahanay ng pagkakasunud-sunod.
-output=
Ang GCG, DSG, PHYLIP, PIR or NEXUS.
-outputorder=
INPUT or NAHAY
-case
Ibaba or UPPER (para sa GDE output lang).
-seqnos=
PATAY or ON (para sa Clustal output lamang).
-seqnos_range=
PATAY or ON (BAGO: para sa lahat ng mga format ng output).
-saklaw=m,n
Sequence range para magsulat simula m sa m+n.
-maxseqlen=n
Maximum na pinapayagang haba ng sequence ng input.
-tahimik
Bawasan ang output ng console sa pinakamaliit.
-stats=file
Mag-log ng ilang mga istatistika ng pagkakahanay sa file.
Mabilis Pairwise Mga pagkakahanay:
-ktuple=n
Laki ng salita.
-topdiags=n
Bilang ng pinakamahusay na mga diag.
-window=n
Window sa paligid ng pinakamahusay na diags.
-pairgap=n
Gap penalty.
-iskor
PERCENTO or ABSOLUTE.
Mabagal Pairwise Mga pagkakahanay:
-pwmatrix=
: Protein weight matrix=BLOSUM, WFP, GONNET, ID or filename
-pwdnamatrix=
DNA weight matrix=BLOSUMIUB, BLOSUMCLUSTALW o BLOSUMfilename
-pwgapopen=f
Gap opening penalty.
-pwgapext=f
Parusa sa pagpapalawig ng gap.
Maramihang Mga pagkakahanay:
-newtree=
File para sa bagong puno ng gabay.
-usetree=
File para sa lumang puno ng gabay.
-matrix=
Matrix ng timbang ng protina=BLOSUM, WFP, GONNET, ID or filename.
-dnamatrix=
DNA weight matrix=IUB, CLUSTALW or filename.
-gapopen=f
Gap opening penalty.
-gapext=f
Parusa sa pagpapalawig ng gap.
-engaps
Walang end gap separation pen.
-gaptist=n
Gap separation pen. saklaw.
-nogap
Nawala ang mga puwang na partikular sa nalalabi.
-nohgap
Ang mga hydrophilic na puwang ay nawala.
-hgapresidues=
Ilista ang hydrophilic res.
-maxdiv=n
Porsiyento ng pagkakakilanlan para sa pagkaantala.
-uri=
PROTEIN or DNA
-transweight=f
Pagtimbang ng mga transition.
-iteration=
Wala or TINDI or ALIGNMENT.
-numiter=n
Pinakamataas na bilang ng mga pag-ulit na gagawin.
Profile Mga pagkakahanay:
-profile
Pagsamahin ang dalawang pagkakahanay ayon sa pagkakahanay ng profile.
-newtree1=
File para sa bagong guide tree para sa profile1.
-newtree2=
File para sa bagong guide tree para sa profile2.
-usetree1=
File para sa lumang puno ng gabay para sa profile1.
-usetree2=
File para sa lumang puno ng gabay para sa profile2.
Pagkakasunud-sunod sa Profile Mga pagkakahanay:
-mga pagkakasunod-sunod
Sunud-sunod na magdagdag ng profile2 sequence sa profile1 alignment.
-newtree=
File para sa bagong puno ng gabay.
-usetree=
File para sa lumang puno ng gabay.
kaayusan Mga pagkakahanay:
-nosecstr1
Huwag gumamit ng pangalawang structure-gap penalty mask para sa profile 1.
-nosecstr2
Huwag gumamit ng pangalawang structure-gap penalty mask para sa profile 2.
-secstrout=istraktura or mASK or KAPWA or Wala
Output sa alignment file.
-helixgap=n
Gap penalty para sa helix core residues.
-strandgap=n
Gap penalty para sa strand core residues.
loopgap=n
Gap penalty para sa mga rehiyon ng loop.
-terminalgap=n
Gap penalty para sa structure termini.
-helixendin=n
Bilang ng mga nalalabi sa loob ng helix na ituring bilang terminal.
-helixendout=n
Bilang ng mga nalalabi sa labas ng helix na ituring bilang terminal.
-strandendin=n
Bilang ng mga nalalabi sa loob ng strand na ituring bilang terminal.
-strandendout=n
Bilang ng mga nalalabi sa labas ng strand na ituring bilang terminal.
Mga Puno:
-outputtree=nj OR philip OR dist OR koneksyon
-binhi=n
Numero ng binhi para sa mga bootstrap.
-kimura
Gamitin ang pagwawasto ni Kimura.
-tossgaps
Huwag pansinin ang mga posisyon na may mga puwang.
-bootlabels=buko
Posisyon ng mga halaga ng bootstrap sa display ng puno.
-clustering=
NJ o UPGMA.
Gamitin ang clustalw online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
