codonw - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

codonw - Pagsusuri ng Korespondensiya ng Paggamit ng Codon

DESCRIPTION

codonW [inputfile] [outputfile] [bulkoutfile] [options] Mga pangkalahatang opsyon at default:

-h(elp)
Itong mensahe ng tulong

-nomenu
Pigilan ang pagpapakita ng interface ng menu

-nowarn
Pigilan ang mga babala tungkol sa mga sequence na ipinapakita

-tahimik
I-overwrite ang mga file nang tahimik

-kabuuan
Pagsamahin ang lahat ng mga gene sa inputfile

-makina
Nababasa ng makina na output

-tao Nababasa ng tao na output

-code N
Genetic code gaya ng tinukoy sa ilalim ng menu 3 na opsyon 5

-f_type N
Fop/CBI codons gaya ng tinukoy ng menu 3 option 6

-c_type N
Cai fitness value gaya ng tinukoy ng menu 3 option 7

-t (char)
Column separator na gagamitin sa mga output file (comma, tab, space)

Mga indeks ng paggamit ng codon at mga indeks ng Amino acid

-cai kalkulahin ang Codon Adaptation Index (CAI)

-fop kalkulahin ang Dalas ng OPtimal codons index (FOP)

-cbi kalkulahin ang Codon Bias Index (CBI)

-enc Epektibong Bilang ng mga Codon (ENc)

-gc G+C na nilalaman ng gene (lahat ng 3 posisyon ng codon)

-gcs3 GC ng magkasingkahulugan na mga codon sa ika-3 posisyon

-sil_base
Base na komposisyon sa magkasingkahulugan na mga posisyong pangatlong codon

-L_sym Bilang ng magkasingkahulugan na mga codon

-L_aa Kabuuang bilang ng magkasingkahulugan at hindi magkasingkahulugan na mga codon

-lahat_mga indeks
Lahat ng mga indeks sa itaas

-aro Kalkulahin ang aromaticity ng protina

-hyd Kalkulahin ang hydropathicity ng protina

-cai_file
{file} User input file ng mga halaga ng CAI

-cbi_file
{file} User input file ng mga halaga ng CBI

-fop_file
{file} User input file ng mga halaga ng Fop

Mga opsyon sa pagsusuri sa pagsusulatan (Correspondence analysis (COA).

-coa_cu
COA ng mga dalas ng paggamit ng codon

-coa_rscu
COA ng Relative Synonymous Codon Usage

-coa_aa
COA ng mga dalas ng paggamit ng amino acid

-coa_expert
Bumuo ng mga detalyadong (eksperto) na istatistika sa COA

-coa_axes N
Piliin ang bilang ng axis na ire-record

-coa_num N
Pumili ng bilang ng mga gene na gagamitin upang matukoy ang pinakamainam na mga halaga ng codon ay maaaring buo
mga numero o isang porsyento (5 o 10%)

Mga pagpipilian sa maramihang output | isa lamang ang maaaring piliin sa bawat pagsusuri

-aau Paggamit ng Amino Acid (AAU)

-raau Relative Amino Acid Usage (RAAU)

-kasama Paggamit ng Codon (CU) (default)

-cutab Tabulasyon ng paggamit ng codon

-cutot Tabulasyon ng paggamit ng codon ng dataset

-rscu Relative Synonymous Codon Usage (RSCU)

-fasta format ng fasta

-malinis format ng fasta

-mambabasa
Format ng mambabasa (ang mga codon ay pinaghihiwalay ng mga puwang)

-transl
Pagsasalin ng konsepto ng DNA sa amino acid

-base Detalyadong ulat ng komposisyon ng codon G+C

-dinuc Ang paggamit ng dinucleotide ng tatlong codon pos.

-noblk Walang bulk output na isusulat sa file

Kung saan ang {file} ay kumakatawan sa isang input filename, at N isang integer na halaga Controlled exit <>

Gumamit ng codonw online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net