combineMUMs - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

mummer - package para sa sequence alignment ng maramihang genome

SINOPSIS

mummer-annotate
pagsamahin ang mgaMUM
dnadiff [mga pagpipilian]o [mga pagpipilian]-d<deltafile>
eksaktong-tandem
gaps
view ng mapa [mga pagpipilian]<coordsfile>[UTRcoordinate][CDScoordinate]
mgaps [-d][-f][-l][-s]
mummer [pagpipilian]
mummerplot [mga pagpipilian]<tugmafile>
nucmer [mga pagpipilian]
nucmer2xfig
promer [mga pagpipilian]
repeat-match [mga pagpipilian]
run-mummer1 <fastasanggunian><fastatanong>[-r]
run-mummer3 <fastasanggunian><multi-fastatanong>
show-aligns [mga pagpipilian]<refID><qryID>

Ang input ay ang .delta output ng alinman sa "nucmer" o "promer" na programa na ipinasa sa
command line.

Ang output ay sa stdout, at binubuo ng lahat ng pagkakahanay sa pagitan ng query at reference
pagkakasunud-sunod na natukoy sa command line.

TANDAAN: Walang pagbubukod-bukod na ginagawa bilang default, samakatuwid ang mga pagkakahanay ay iuutos ayon sa makikita sa
ang input.
show-coords [mga pagpipilian]
palabas-snps [mga pagpipilian]
show-tile [mga pagpipilian]

DESCRIPTION

Opsyon

Lahat ng mga tool (maliban sa mga puwang) ay sumusunod sa -h, --help, -V at --bersyon na mga opsyon gaya ng gagawin ng isa.
asahan. Napakahusay ng tulong na ito at ginagawang hindi na ginagamit ang mga man page na ito.
pagsamahin ang mgaMUM Pinagsasama ang mga MUM sa pamamagitan ng pagpapalawig ng mga laban sa mga dulo at sa pagitan ng mga MUM.
ay isang fasta file ng reference sequence. ay isang multi-
fasta file ng mga sequence na tumugma laban sa reference

-D Tanging output upang stdout ang pagkakaiba sa mga posisyon
at mga karakter
-n Payagan ang mga tugma lamang sa pagitan ng mga nucleotide, ibig sabihin, mga ACGT
-N num Break na mga tugma sa o higit pang magkakasunod na hindi ACGT
-q tag Ginagamit upang lagyan ng label ang tugma ng query
-r tag Ginamit upang lagyan ng label ang reference na tugma
-S Output lahat ng mga pagkakaiba sa mga string
-t Ang query sa label ay tumutugma sa query fasta header
-v num Itakda ang verbose level para sa dagdag na output
-W file I-reset ang default na output filename witherrors.gaps
-x Huwag mag-output ng mga .cover na file
-e Itakda ang error-rate cutoff sa e (hal. 0.02 ay dalawang porsyento)
dnadiff Magpatakbo ng comparative analysis ng dalawang sequence set gamit ang nucmer at ang nauugnay nito
mga utility na may mga inirerekomendang parameter. Tingnan ang dokumentasyon ng MUMmer para sa mas detalyado
paglalarawan ng output. Gumagawa ng mga sumusunod na output file:

.ulat - Buod ng mga pagkakahanay, pagkakaiba at mga SNP
.delta - Karaniwang nucmer alignment na output
.1delta - 1-to-1 na pagkakahanay mula sa delta-filter -1
.mdelta - M-to-M na pagkakahanay mula sa delta-filter -m
.1coords - 1-to-1 coordinate mula sa show-coords -THrcl .1delta
.mcoords - M-to-M coordinate mula sa show-coords -THrcl .mdelta
.snps - Mga SNP mula sa show-snps -rlTHC .1delta
.rdiff - Classified ref breakpoints mula sa show-diff -rH .mdelta
.qdiff - Classified qry breakpoints mula sa show-diff -qH .mdelta
.unref - Mga hindi nakahanay na reference ID at haba (kung naaangkop)
.unqry - Mga hindi nakahanay na query ID at haba (kung naaangkop)

MANDATORY:
reference Itakda ang input reference multi-FASTA filename
query Itakda ang input query multi-FASTA filename
or
delta file Unfiltered .delta alignment file mula sa nucmer

OPSYON:
-d|delta Magbigay ng precomputed delta file para sa pagsusuri
-h
--help Ipakita ang impormasyon ng tulong at lumabas
-p|prefix Itakda ang prefix ng mga output file (default "out")
-V
--bersyon Ipakita ang impormasyon ng bersyon at lumabas

view ng mapa
-h
--help Ipakita ang impormasyon ng tulong at lumabas
-m|mag Itakda ang magnification kung saan nai-render ang figure,
ito ay isang opsyon para sa fig2dev na ginagamit upang bumuo
ang mga PDF at PS file (default 1.0)
-n|num Itakda ang bilang ng mga output file na ginamit upang mahati ang
output, ito ay upang maiwasan ang pagbuo ng mga file na masyadong
malaki upang ipakita (default 10)
-p|prefix Itakda ang output file prefix
(default na "PROMER_graph o NUCMER_graph")
-v
--verbose Verbose logging ng mga naprosesong file
-V
--bersyon Ipakita ang impormasyon ng bersyon at lumabas
-x1 coord Itakda ang lower coordinate bound ng display
-x2 coord Itakda ang upper coordinate bound ng display
-g|ref Kung ang input file ay ibinigay ng 'mgaps', itakda ang
reference sequence ID (tulad ng lumalabas sa unang column
ng UTR/CDS coords file)
-I Ipakita ang pangalan ng mga pagkakasunud-sunod ng query
-Ir Ipakita ang pangalan ng mga reference na gene
mummer Hanapin at i-output (to stdout) ang mga posisyon at haba ng lahat ng sapat na haba
pinakamaraming tugma ng isang substring sa at

-mum compute pinakamaraming tugma na natatangi sa parehong sequence
-mumcand katulad ng -mumreference
-mumreference compute pinakamaraming tugma na natatangi sa
ang reference-sequence ngunit hindi kinakailangan sa query-sequence
(default)
-maxmatch compute lahat ng pinakamaraming tugma anuman ang kanilang pagiging natatangi
-n tumutugma lamang sa mga character na a, c, g, o t
maaari silang nasa upper o lower case
-Itinakda ko ang pinakamababang haba ng isang tugma
kung hindi nakatakda, ang default na halaga ay 20
-b compute forward at reverse complement matches
-r lamang magcompute ng reverse complement na mga tugma
-s ipakita ang katugmang mga substring
-c iulat ang query-position ng isang reverse complement match
nauugnay sa orihinal na pagkakasunud-sunod ng query
-F force 4 column output format anuman ang bilang ng
mga input ng reference sequence
-L ipakita ang haba ng mga sequence ng query sa linya ng header
nuncmer
Ang nucmer ay bumubuo ng mga alignment ng nucleotide sa pagitan ng dalawang mutli-FASTA input
mga file. Dalawang output file ang nabuo. Nakalista ang .cluster output file
kumpol ng mga tugma sa pagitan ng bawat sequence. Inililista ng .delta file ang
distansya sa pagitan ng mga pagpapasok at pagtanggal na nagbubunga ng pinakamataas na pagmamarka
alignments sa pagitan ng bawat sequence.

MANDATORY:
Sanggunian Itakda ang input reference multi-FASTA filename
Query Itakda ang input query na multi-FASTA filename

--mum Gumamit ng anchor matches na natatangi sa parehong reference
at pagtatanong
--mumcand Kapareho ng --mumreference
--mumreference Gumamit ng mga anchor matches na natatangi sa sanggunian
ngunit hindi kinakailangang natatangi sa query (default na pag-uugali)
--maxmatch Gamitin ang lahat ng anchor matches anuman ang kanilang pagiging natatangi

-b|breaklen Itakda ang distansya na susubukang gawin ng extension ng alignment
pahabain ang mahihirap na rehiyon ng pagmamarka bago sumuko (default 200)
-c|mincluster Itinatakda ang pinakamababang haba ng isang kumpol ng mga tugma (default 65)
--[no] delta I-toggle ang paggawa ng delta file (default --delta)
--depend I-print ang impormasyon ng dependency at lumabas
-d|diagfactor Itakda ang clustering diagonal difference separation factor
(default 0.12)
--[no]extend I-toggle ang cluster extension step (default --extend)
-f
--forward Gamitin lamang ang forward strand ng mga sequence ng Query
-g|maxgap Itakda ang maximum na agwat sa pagitan ng dalawang magkatabing tugma sa a
cluster (default 90)
-h
--help Ipakita ang impormasyon ng tulong at lumabas
-l|minmatch Itakda ang pinakamababang haba ng isang tugma (default 20)
-o
--coords Awtomatikong bumuo ng orihinal na NUCmer1.1 coords
output file gamit ang 'show-coords' program
--[no]optimize ang Toggle alignment score optimization, ibig sabihin, kung isang alignment
Ang extension ay umabot sa dulo ng isang sequence, ito ay mag-backtrack
para i-optimize ang alignment score sa halip na wakasan ang
alignment sa dulo ng sequence (default --optimize)
-p|prefix Itakda ang prefix ng mga output file (default "out")
-r
--reverse Gamitin lamang ang reverse complement ng Query sequence
--[no]pasimplehin ang Pasimplehin ang mga alignment sa pamamagitan ng pag-alis ng mga shadowed cluster. Lumiko
naka-off ang opsyong ito kung ihahanay ang isang sequence sa sarili nitong tingnan
para sa pag-uulit (default --simplify)

promer
Ang promer ay bumubuo ng mga alignment ng amino acid sa pagitan ng dalawang mutli-FASTA DNA input
mga file. Dalawang output file ang nabuo. Nakalista ang .cluster output file
kumpol ng mga tugma sa pagitan ng bawat sequence. Inililista ng .delta file ang
distansya sa pagitan ng mga pagpapasok at pagtanggal na nagbubunga ng pinakamataas na pagmamarka
alignments sa pagitan ng bawat sequence. Ang input ng DNA ay isinalin sa lahat ng 6
pagbabasa ng mga frame upang makabuo ng output, ngunit ang output coordinate
sumangguni sa orihinal na input ng DNA.

MANDATORY:
Sanggunian Itakda ang input reference multi-FASTA DNA file
Query Itakda ang input query na multi-FASTA DNA file

--mum Gumamit ng anchor matches na natatangi sa parehong reference
at pagtatanong
--mumcand Kapareho ng --mumreference
--mumreference Gumamit ng mga anchor matches na natatangi sa sanggunian
ngunit hindi kinakailangang natatangi sa query (default na pag-uugali)
--maxmatch Gamitin ang lahat ng anchor matches anuman ang kanilang pagiging natatangi

-b|breaklen Itakda ang distansya na susubukang gawin ng extension ng alignment
pahabain ang mahihirap na rehiyon ng pagmamarka bago sumuko, sinusukat sa
mga amino acid (default 60)
-c|mincluster Itinatakda ang pinakamababang haba ng isang kumpol ng mga tugma, na sinusukat sa
mga amino acid (default 20)
--[no] delta I-toggle ang paggawa ng delta file (default --delta)
--depend I-print ang impormasyon ng dependency at lumabas
-d|diagfactor Itakda ang clustering diagonal difference separation factor
(default .11)
--[no]extend I-toggle ang cluster extension step (default --extend)
-g|maxgap Itakda ang maximum na agwat sa pagitan ng dalawang magkatabing tugma sa a
cluster, sinusukat sa mga amino acid (default 30)
-l|minmatch Itakda ang pinakamababang haba ng isang tugma, sinusukat sa amino
mga acid (default 6)
-m|masklen Itakda ang maximum na bookend masking lenth, sinusukat sa amino
mga acid (default 8)
-o
--coords Awtomatikong buuin ang orihinal na PROmer1.1 ".coords"
output file gamit ang "show-coords" program
--[no]optimize ang Toggle alignment score optimization, ibig sabihin, kung isang alignment
Ang extension ay umabot sa dulo ng isang sequence, ito ay mag-backtrack
para i-optimize ang alignment score sa halip na wakasan ang
alignment sa dulo ng sequence (default --optimize)

-p|prefix Itakda ang prefix ng mga output file (default "out")
-x|matrix Itakda ang alignment matrix number sa 1 [BLOSUM 45],
2 [BLOSUM 62] o 3 [BLOSUM 80] (default 2)
repeat-match Hanapin ang lahat ng pinakamaraming eksaktong tugma sa
-E Gumamit ng kumpletong (mabagal) na paghahanap upang makahanap ng mga tugma
-f Forward strand lang, huwag gumamit ng reverse complement
-n # Itakda ang minimum na eksaktong haba ng tugma sa #
-t Ang output tandem lang ang umuulit
-V # Itakda ang antas ng verbose (debugging) na pag-print sa #
show-aligns
-h Ipakita ang impormasyon ng tulong
-q Pagbukud-bukurin ang mga alignment ayon sa query start coordinate
-r Pagbukud-bukurin ang mga alignment ayon sa reference start coordinate
-w int Itakda ang lapad ng screen - ang default ay 60
-x int Itakda ang uri ng matrix - default ay 2 (BLOSUM 62),
Kasama sa iba pang mga opsyon ang 1 (BLOSUM 45) at 3 (BLOSUM 80)
tandaan: may epekto lamang sa mga pagkakahanay ng amino acid
show-coords
-b Pinagsasama ang mga magkakapatong na pagkakahanay anuman ang dir ng tugma
o frame at hindi nagpapakita ng anumang impormasyon ng pagkakakilanlan.
-B Ilipat ang output sa btab na format
-c Isama ang porsyento ng impormasyon sa saklaw sa output
-d Ipakita ang direksyon ng pagkakahanay sa karagdagang
Mga column ng FRM (default para sa promer)
-g Hindi na ginagamit na opsyon. Mangyaring gamitin ang 'delta-filter' sa halip
-h Ipakita ang impormasyon ng tulong
-H Huwag i-print ang output header
-I float Itakda ang minimum na porsyentong pagkakakilanlan na ipapakita
-k Knockout (huwag magpakita) ng mga alignment na magkakapatong
isa pang pagkakahanay sa ibang frame ng higit sa 50%
ng kanilang haba, AT may mas maliit na porsyentong pagkakatulad
o mas mababa sa 75% ng laki ng iba pang pagkakahanay
(promer lang)
-l Isama ang impormasyon ng haba ng pagkakasunud-sunod sa output
-L ang haba Itakda ang pinakamababang haba ng pagkakahanay upang ipakita
-o I-annotate ang pinakamaraming pagkakahanay sa pagitan ng dalawang sequence, ibig sabihin
nagsasapawan sa pagitan ng reference at query sequence
-q Pagbukud-bukurin ang mga linya ng output ayon sa mga query ID at coordinate
-r Pagbukud-bukurin ang mga linya ng output ayon sa mga reference ID at coordinate
-T Ilipat ang output sa tab-delimited na format

Ang input ay ang .delta output ng alinman sa "nucmer" o "promer" na programa na ipinasa sa
command line.

Ang output ay para sa stdout, at binubuo ng isang listahan ng mga coordinate, porsyento ng pagkakakilanlan, at iba pa
kapaki-pakinabang na impormasyon tungkol sa alignment data na nilalaman sa .delta file na ginamit bilang
input.

TANDAAN: Walang pag-uuri na ginagawa bilang default, samakatuwid ang mga pagkakahanay ay iuutos ayon sa nakita
nasa input.
palabas-snps
-C Huwag mag-ulat ng mga SNP mula sa mga pagkakahanay na may hindi maliwanag
pagmamapa, ibig sabihin, iulat lamang ang mga SNP kung saan ang [R] at [Q]
ang mga column ay katumbas ng 0 at hindi naglalabas ng mga column na ito
-h Ipakita ang impormasyon ng tulong
-H Huwag i-print ang output header
-Hindi ako nag-uulat ng mga indel
-l Isama ang impormasyon ng haba ng pagkakasunud-sunod sa output
-q Pagbukud-bukurin ang mga linya ng output ayon sa mga query ID at posisyon ng SNP
-r Pagbukud-bukurin ang mga linya ng output ayon sa mga reference ID at posisyon ng SNP
-S Tukuyin kung aling mga alignment ang iuulat sa pamamagitan ng pagpasa
'show-coords' na mga linya sa stdin
-T Lumipat sa tab-delimited na format
-x int Isama ang mga x character ng nakapalibot na konteksto ng SNP sa
output, default 0

Ang input ay ang .delta output ng alinman sa nucmer o promer program na ipinasa sa command
linya.

Ang output ay para sa stdout, at binubuo ng isang listahan ng mga SNP (o mga pagpapalit ng amino acid para sa
promer) na may mga posisyon at iba pang kapaki-pakinabang na impormasyon. Ang output ay pag-uuri-uriin sa -r bilang default
at ang column na [BUFF] ay palaging tumutukoy sa sequence na ang mga posisyon ay pinagsunod-sunod.
Tinutukoy ng value na ito ang distansya mula sa SNP na ito hanggang sa pinakamalapit na mismatch (end of alignment,
indel, SNP, atbp) sa parehong pagkakahanay, habang ang [DIST] column ay tumutukoy sa distansya
mula sa SNP na ito hanggang sa pinakamalapit na dulo ng sequence. Mga SNP kung saan ang [R] at [Q] na mga column ay
mas malaki sa 0 ang dapat suriin nang may pag-iingat, dahil tinutukoy ng mga column na ito ang bilang ng
iba pang mga pagkakahanay na nagsasapawan sa posisyong ito. Gamitin ang -C upang matiyak na ang mga SNP ay iniuulat lamang mula sa
natatanging alignment na mga rehiyon.

show-tile
-a Ilarawan ang tiling path sa pamamagitan ng pag-print ng tab-delimited
alignment region coordinates sa stdout
-c Ipagpalagay na ang mga reference sequence ay pabilog, at payagan
naka-tile na contigs na sumasaklaw sa pinanggalingan
-g int Itakda ang maximum na agwat sa pagitan ng mga clustered alignment [-1, INT_MAX]
Ang isang halaga ng -1 ay kumakatawan sa infinity
(nucmer default = 1000)
(promer default = -1)
-i float Itakda ang minimum na porsyentong pagkakakilanlan sa tile [0.0, 100.0]
(nucmer default = 90.0)
(promer default = 55.0)
-l int Itakda ang pinakamababang haba ng contig upang mag-ulat [-1, INT_MAX]
Ang isang halaga ng -1 ay kumakatawan sa infinity
(karaniwang default = 1)
-p file Mag-output ng isang pseudo molecule ng query contigs sa 'file'
-R Harapin ang mga paulit-ulit na contigs sa pamamagitan ng random na paglalagay sa kanila
sa isa sa kanilang mga lokasyon ng kopya (nagpapahiwatig -V 0)
-t file Mag-output ng isang TIGR style contig list ng bawat query sequence
na sapat na tumutugma sa sanggunian (hindi bilog)
-u file I-output ang tab-delimited alignment region coordinates
ng mga hindi magagamit na contigs sa 'file'
-v float Itakda ang minimum na contig coverage sa tile [0.0, 100.0]
(nucmer default = 95.0) kabuuan ng mga indibidwal na pagkakahanay
(promer default = 50.0) lawak ng syntenic na rehiyon
-V float Itakda ang pinakamababang pagkakaiba sa saklaw ng contig [0.0, 100.0]
ibig sabihin ang pagkakaiba na kailangan upang matukoy ang isang pagkakahanay
ay 'mas mahusay' kaysa sa isa pang pagkakahanay
(nucmer default = 10.0) kabuuan ng mga indibidwal na pagkakahanay
(promer default = 30.0) lawak ng syntenic na rehiyon
-x Ilarawan ang tiling path sa pamamagitan ng pag-print ng XML contig
pag-uugnay ng impormasyon sa stdout

Ang input ay ang .delta na output ng nucmer program, tumatakbo sa halos kaparehong sequence data, o
ang .delta na output ng promer program, tumakbo sa divergent sequence data.

Ang output ay sa stdout, at binubuo ng hinulaang lokasyon ng bawat aligning na query
contig bilang nakamapa sa mga reference sequence. Ang mga coordinate na ito ay tumutukoy sa lawak ng
ang buong query contig, kahit na isang tiyak na porsyento lang ng contig ang aktwal
nakahanay (maliban kung ang -a na opsyon ay ginagamit). Ang mga column ay, simula sa ref, nagtatapos sa ref, distansya sa
susunod na contig, haba ng contig na ito, saklaw ng pagkakahanay, pagkakakilanlan, oryentasyon, at ID
ayon sa pagkakabanggit.

Gumamit ng combineMUMs online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net