Ito ang command na create_matrix na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
create_matrix - kalkulahin ang genome abundance similarity matrix
SINOPSIS
create_matrix [pagpipilian] NAMES
DESCRIPTION
Kalkulahin ang pagkakatulad matrix.
Una, ang isang hanay ng mga pagbabasa ay ginagaya para sa bawat reference na genome gamit ang isang read simulator mula sa
core/tools.py na tinukoy sa pamamagitan ng -s. Pangalawa, ang simulate reads ng bawat species ay nakamapa
laban sa lahat ng reference na genome gamit ang mapper na tinukoy sa -m. Pangatlo, ang resulta
Sinusuri ang mga SAM-file upang kalkulahin ang matrix ng pagkakatulad. Ang pagkakatulad matrix ay naka-imbak
bilang isang numpy file (-o).
Opsyon
NAMES Filename ng mga pangalan ng file; ang plain text names file ay dapat maglaman ng isang pangalan bawat
linya. Ang pangalan ay ginagamit bilang identifier sa buong algorithm.
-h, - Tumulong
ipakita ang mensahe ng tulong na ito at lumabas
-s SIMULATOR, --simulator=SIMULATOR
Identifier ng read simulator na tinukoy sa core/tools.py [default: wala]
-r REF, --sanggunian=REF
Reference sequence file pattern para sa read simulator. Ang placeholder para sa pangalan ay
"%s". [default: ./ref/%s.fasta]
-m MAPA, --mapa=MAPA
Identifier ng mapper na tinukoy sa core/tools.py [default: wala]
-i INDEX, --index=INDEX
Mga reference index file para sa read mapper. Ang placeholder para sa pangalan ay "%s".
[default: ./ref/%s.fasta]
-t TEMP, --temp=TEMP
Direktoryo upang mag-imbak ng mga pansamantalang simulate na dataset at SAM file. [default: ./temp]
-o LABAS, --output=SA
Output similarity matrix file. [default: ./similarity_matrix.npy]
Gumamit ng create_matrix online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
