DBshow - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

DBshow - display reads na nakaimbak sa isang database ng Dazzler

SINOPSIS

DBshow [-unqUQ] [-wint(80)] [-msubaybayan]+ landas:db|dam [ mababasa ang:FILE | reads: hanay ... ]

DESCRIPTION

Ipinapakita ang hiniling na mga pagbabasa sa database landas.db o landas.dam. Bilang default, ang utos
nalalapat sa na-trim na database, ngunit kung -u ay nakatakda pagkatapos ay ang buong DB ay ginagamit. Kung walang basahin
Ang mga argumento ay ibinibigay pagkatapos ang bawat nabasa sa database o database block ay ipinapakita.
Kung hindi, ang input file o ang listahan ng mga ibinigay na hanay ng integer ay nagbibigay ng mga ordinal na posisyon
sa aktibong na-load na bahagi ng db. Sa kaso ng isang file, dapat itong maglaman lamang
isang read index, isa bawat linya. Sa kabilang kaso, ang isang read range ay alinman sa isang solong integer o
ang simbolo na $, kung saan ang hanay ng nabasa ay binubuo lamang ng nabasang iyon (ang huling nabasa sa
ang database kung $). Ang isa ay maaari ring magbigay ng dalawang positibong integer na pinaghihiwalay ng isang gitling sa
ipahiwatig ang isang hanay ng mga integer, kung saan muli ang isang $ ay kumakatawan sa index ng huling nabasa sa
aktibong na-load db. Halimbawa, ang 1 3-5 $ na mga display ay nagbabasa ng 1, 3, 4, 5, at ang huling nabasa sa
ang active db. Bilang isa pang halimbawa, ipinapakita ng 1-$ ang bawat nabasa sa aktibong db (ang
default).

Bilang default, ipinapakita ang isang .fasta file ng mga read sequence. Kung ang -q nakatakda ang pagpipilian,
pagkatapos ay ang mga QV stream ay ipinapakita din sa isang hindi karaniwang pagbabago ng fasta format.
Kung ang -n ang opsyon ay nakatakda at ang DNA sequence ay hindi ipinapakita. Kung ang -Q nakatakda ang opsyon
pagkatapos ay ipapakita ang isang .quiva file at sa kasong ito ang -n at -m maaaring hindi itakda ang mga opsyon (at
ang -q at -w walang epekto ang mga opsyon).

Kung ang isa o higit pang mga maskara ay nakatakda sa -m opsyon pagkatapos ay ang mga pagitan ng track ay din
ipinapakita sa isang karagdagang linya ng header at ang mga base sa loob ng isang pagitan ay ipinapakita sa
ang kaso na kabaligtaran na ginamit para sa lahat ng iba pang mga base. Bilang default, ang mga sequence ng output ay
sa lower case at 80 char bawat linya. Ang -U ang opsyon ay tumutukoy sa upper case na dapat gamitin,
at ang mga character sa bawat linya, o lapad ng linya, ay maaaring itakda sa anumang positibong halaga na may -w
pagpipilian.

Ang .fasta o .quiva na mga file na output ay maaaring ma-convert sa isang DB sa pamamagitan ng fasta2DB(1) at
quiva2DB(1) (kung ang -q at -n ang mga opsyon ay hindi nakatakda at hindi -m nakatakda ang mga opsyon), na nagbibigay ng isa a
simpleng paraan para gumawa ng DB ng isang subset ng mga reads para sa mga layunin ng pagsubok.

Gamitin ang DBshow online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net