Ito ang command digeste na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
digest - Mga ulat sa protina proteolytic enzyme o reagent cleavage site
SINOPSIS
tumunaw -seqall seqall -mwdata datafile -menu listahan -mono boolean -hindi pinapaboran boolean
-magulo boolean -termini listahan -nagsasapawan boolean -lahat ng partial boolean
-outfile ulat
tumunaw -tulong
DESCRIPTION
tumunaw ay isang command line program mula sa EMBOSS (“ang European Molecular Biology Open
Software Suite”). Ito ay bahagi ng (mga) command group na "Protein:Motifs".
Opsyon
input seksyon
-seqall seqall
-mwdata datafile
Data ng timbang ng molekular para sa mga amino acid Default na halaga: Emolwt.dat
Kailangan seksyon
-menu listahan
Default na halaga: 1
-mono boolean
Default na halaga: N
Advanced seksyon
-hindi pinapaboran boolean
Ang Trypsin ay hindi karaniwang puputulin pagkatapos ng 'KR' kung sinusundan sila ng alinman sa 'KRIFLP'.
Ang Lys-C ay karaniwang hindi puputulin pagkatapos ng 'K' kung ito ay sinusundan ng 'P'. Arg-C ay hindi
karaniwang pinuputol pagkatapos ng 'R' kung ito ay sinusundan ng 'P'. Ang V8-bicarb ay hindi karaniwang puputulin pagkatapos
'E' kung sinusundan ito ng alinman sa 'KREP'. Ang V8-phosph ay hindi karaniwang mapuputol pagkatapos ng 'DE' kung
sinusundan sila ng 'P'. Ang Chymotrypsin ay hindi karaniwang puputulin pagkatapos ng 'FYWLM' kung sila ay
sinundan ng 'P'. Ang pagtukoy ng hindi pinapaboran ay nagpapakita ng mga hindi pinapaboran na pagbawas pati na rin ang
mga pinapaboran.
-magulo boolean
Nagbibigay-daan sa semi-specific at non-specific na digestion. Ang pagpipiliang ito ay partikular na kapaki-pakinabang
para sa pagbuo ng mga listahan ng mga peptide sequence para sa paggamit ng pagkakakilanlan ng protina
mass-spectrometry.
-termini listahan
Default na halaga: 1
Pagbubuhos seksyon
-nagsasapawan boolean
Ginagamit para sa bahagyang pantunaw. Ipinapakita ang lahat ng mga cut mula sa mga pinapaboran na cut site kasama ang 1..3, 2..4,
3..5 atbp ngunit hindi (hal.) 2..5. Samakatuwid, ang mga overlap ay mga fragment na may eksaktong isa
potensyal na cut site sa loob nito.
-lahat ng partial boolean
Tulad ng para sa overlap ngunit ang mga fragment na naglalaman ng higit sa isang potensyal na cut site ay kasama.
-outfile ulat
Gumamit ng digeste online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
