disulfinder - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

disulfinder - cysteinees disulfide bonding state at connectivity predictor

SINOPSIS

disulfinder [OPTIONS]

DESCRIPTION

Ang 'disulfinder' ay para sa paghula ng disulfide bonding state ng cysteinees at ang kanilang
disulfide connectivity simula sa sequence na nag-iisa. Ang mga tulay na disulfide ay may malaking papel
sa pagpapapanatag ng proseso ng natitiklop para sa ilang mga protina. Paghula ng disulfide
tulay mula sa pagkakasunud-sunod lamang ay samakatuwid ay kapaki-pakinabang para sa pag-aaral ng istruktura at functional
mga katangian ng mga tiyak na protina. Bilang karagdagan, ang kaalaman tungkol sa estado ng pagbubuklod ng disulfide
ng cysteinees ay maaaring makatulong sa eksperimental na proseso ng pagtukoy ng istraktura at maaaring maging kapaki-pakinabang
sa iba pang mga gawain sa genomic annotation. Hinulaan ng 'disulfinder' ang mga pattern ng disulfide sa dalawa
mga yugto ng computational: (1) ang disulfide bonding state ng bawat cysteine ​​ay hinuhulaan ng a
BRNN-SVM binary classifier; (2) mga cysteine ​​na kilala na lumahok sa pagbuo
ng mga tulay ay ipinares ng isang Recursive Neural Network upang makakuha ng pattern ng pagkakakonekta.

Mga sanggunian

A. Ceroni, A. Passerini, A. Vullo at P. Frasconi. DISULFIND: isang Disulfide Bonding State
at Cysteine ​​​​Connectivity Prediction Server, Nucleic Acids Research, 34(Web Server
isyu):W177-W181, 2006.

Para sa disulphide connectivity predictor tingnan ang:

A. Vullo at P. Frasconi. Disulfide Connectivity Prediction gamit ang Recursive Neural
Mga Network at Impormasyon sa Ebolusyon, Bioinformatics, 20, 653-659, 2004.

Para sa cystein bonding state predictor tingnan ang:

P. Frasconi, A. Passerini, at A. Vullo. Isang Dalawang-Yugtong SVM Architecture para sa Paghula sa
Disulfide Bonding State of Cysteines, Proc. IEEE Workshop sa Mga Neural Network para sa Signal
Pagproseso, pp.25-34, 2002.
A.Ceroni, P.Frasconi, A.Passerini at A.Vullo. Paghula sa Disulfide Bonding State ng
Mga Cysteine ​​na may Kumbinasyon ng mga Kernel Machine, Journal ng VLSI Signal Processing, 35,
287-295, 2003.

Opsyon

-a, --alternatibo=NUMBER
alternatibong mga pattern ng koneksyon (default=3)

-o, --output=DIR
output dir kung saan ise-save ang mga hula (default=$PWD)

-p, --psi2=FILE|DIR
input sa psi2 format (PSI-BLAST Matrix sa ASCII), alinman sa isang file o a
direktoryo(?). Buuin ito gamit ang "blastpgp -j -Q FILE" kung saan ang N >= 2.

-r, --rootdir=DIR
direktoryo ng trabaho (default=~/disulfinder)

-k, --pkgdatadir=DIR
direktoryo ng data ng package na naglalaman ng Mga Modelo (default=/usr/share/disulfinder)

-F, --format={html|ascii}
uri ng format ng output (default=ascii)

-d --blastdb=DIR
blastpgp -d na opsyon (default=/data/sp+trembl)

-c, --cleanpred
linisin ang mga intermediate na prediction file (default=false)

-P, --usepssm
gumamit ng pssm sa halip na mga bilang para sa mga profile (default=false)

-C, --knownbondingstate
ipagpalagay na kilala ang estado ng pagbubuklod (isang file para sa bawat chain sa direktoryo
/Prediction/Bondstate/Viterbi) (default=false)

-v, --bersyon
bersyon ng disulfinder

-?, --tulong
screen ng tulong

HALIMBAWA

"disulfinder -a 1 -p /usr/share/doc/disulfinder/examples/res_id_41483.blastPsiMatTmb -o
./disulfinder_results_dir"

Gumamit ng disulfinder online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net