exonerate-server - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

exonerate-server - isang sequence comparison server para sa exonerate

SINOPSIS

exonerate-server [ pagpipilian ] <index landas>

DESCRIPTION

exonerate-server ay isang multi-threaded server para sa exonerate sequence alignment program.

Gumagamit ito ng isang set ng mga sequence at isang kaukulang index file upang payagan ang mabilis na malalaking dataset.

PANGKALAHATANG-IDEYA

Una, isang .esd file ay dapat gawin mula sa mga file ng pagkakasunud-sunod. Ang .esd Ang file ay isang Exonerate
Sequence Dataset file, at maaaring gamitin upang pagsama-samahin ang anumang hanay ng mga sequence kung saan ang bawat isa
mga sequence na naglalaman ng mga natatanging identifier. Ginagawa ito sa pamamagitan ng paggamit ng fasta2esd kagamitan.

fasta2esd genome.fasta genome.esd

Susunod, an .esi file my be made from the .esd file. Ang .esi Ang file ay isang Exonerate Sequence
Index file, at naglalaman ng index o hanay ng mga indeks na tumutugma sa isang partikular na dataset.
Ginagawa ito sa pamamagitan ng paggamit ng esd2esi kagamitan.

esd2esi genome.esd genome.esi

Kapag ang .esi file ay nabuo, ang exonerate-server ay maaaring magsimula.

exonerate-server genome.esi

Habang tumatakbo ang server, maaaring gamitin ang exonerate upang i-query ang server sa pamamagitan ng pagpapalit ng
target na sequence sa command line na may pangalan ng server at port number. Ang
Ang default na numero ng port para sa exonerate-server ay 12886.

magpatawad query.fasta localhost: 12886

Opsyon

Ang ilan sa mga opsyon sa command line para sa exonerate-server ay kapareho ng para sa
exonerate client, at ang mga ito ay nakadokumento sa man page para sa pawalang-sala. Ang
iba pang mga opsyon na partikular sa exonerate-server ay dokumentado dito.

--port
Tukuyin ang port kung saan dapat makinig ang server. Bilang default, exonerate-server
ay makikinig sa port 12886, ngunit maaaring tukuyin ang mga alternatibong port sa opsyong ito.

--input <index file>
Tukuyin ang index file na gagamitin kapag nagsimula ang server. Ang pagpipiliang ito ay
sapilitan. Ang index file ay a .esi file na nabuo ng esd2esi kagamitan.

--preload
Bilang default ang mga indeks na nakapaloob sa .esi file, at ang mga pagkakasunod-sunod na isinangguni sa
ang katumbas na .esd Ang file ay na-load sa memorya kapag nagsimula ang server.
Ito ay kinakailangan upang makamit ang mabilis na pagganap na kung hindi man ay mahahadlangan
madalas na pag-access sa disk. Ang pagpipiliang ito ay nagbibigay-daan sa index at sequence preloading na maging
naka-off, na nagpapahintulot sa server na tumakbo nang mas mabagal, ngunit nang mas mabilis
startup at isang mas maliit na memory footprint. Hindi ipinapayo na i-off ang preloading
maliban kung pagsubok o pag-debug sa server.

--maxconnections
Ang server ay multithreaded. Itinatakda ng opsyong ito ang bilang ng mga proseso ng kliyente kung saan
ay pinapayagang kumonekta sa server nang sabay-sabay. Para sa magandang pagganap, ito
hindi dapat itakda sa higit sa bilang ng mga CPU sa makina kung saan ang
tumatakbo ang server.

--verbosity
Itakda ang antas ng verbosity para sa server. Kung ito ay zero, ang server ay tatahimik,
at kung mas mataas ang bilang, mas maraming mensahe ang iniulat ng server tungkol sa kung ano
nangyayari

Interface

Ang seksyong ito ay nagdodokumento ng interface ng komunikasyon sa pagitan
ang kliyente at server. Ang interface ay dokumentado para sa mga taong gustong magsulat
kanilang sariling pasadyang server upang umupo sa likod ng exonerate - para sa normal na paggamit ng exonerate, ito
ay hindi kinakailangan na malaman ito.

Gumagana ang interface sa pamamagitan ng pagpapadala ng kliyente ng mga simpleng command line at pagpapadala ng server
simpleng mga linya ng tugon sa isang socket. Ang lahat ng mga utos at tugon ay mga simpleng linya ng ASCII
text, kaya posibleng gumamit ng telnet bilang isang kliyente para sa pagsubok ng isang server.

Ang anumang utos ay isang linya ng teksto, ngunit ang tugon ay maaaring maglaman ng maraming linya ng teksto. Ang
ang mga tugon ay nasa anyo ng :

Anumang tugon ay maaaring magsama ng mga linyang may tag babala: or error: mga ito babala: at error: tag
ay echoed ng kliyente, at ang kliyente ay lalabas pagkatapos makatanggap ng anuman error: tugon.

Kapag nagbabalik ang server ng multiline na tugon, dapat ipakita ng unang linya ang bilang ng
mga linya sa buong tugon bilang: linecount: Para sa mga halimbawa, tingnan ang mga tugon mula sa makuha
hsps mga utos sa halimbawang session sa ibaba.

Ang kliyente ay magbubukas lamang ng isang koneksyon sa anumang server, kahit na isang multithreaded
Ang server ay malinaw na kinakailangan upang payagan ang maramihang mga kliyente na kumonekta nang sabay-sabay.

Command at sumagot ginamit in para ang interface.
Command: bersyon
Sagot: bersyon

Command: lumabas
Sumagot: ( walang tugon - isinara ng server ang koneksyon )

Command: dbinfo
Sagot: dbinfo:

Ang dbinfo Ang command ay nagbabalik ng impormasyon tungkol sa database na na-load sa server.
Ang mga ibinalik na field ay:

alinman sa DNA o protina
alinman sa softmasked o unmasked
ang bilang ng mga sequence sa database
ang haba ng pinakamahabang sequence sa database
ang kabuuang haba ng lahat ng sequence sa database

Command: paghahanap
Sagot: lookup:

Ang lookup command ay ginagamit upang i-map ang isang panlabas na identifier sa isang panloob
kilalanin.

Command: makuha info
Sagot: seqinfo: [ ]

Ang get info command ay nagbabalik ng impormasyon tungkol sa isang sequence sa database. Ang
ang mga ibinalik na field ay:

ang haba ng pagkakasunod-sunod
isang gcg format checksum (tingnan sa ibaba)
ang panlabas na id (hal. mula sa fasta header)
isang linya ng paglalarawan para sa sequence (mula rin sa fasta
header), opsyonal ang field na ito at maaaring tanggalin.

Command: makuha seq
Sagot: seq:

Ang get seq command ay nagbabalik ng isang buong sequence sa isang linya.

Command: makuha subseq
Sagot: subseq:

Ang get subseq command ay nagbabalik ng bahagi ng isang sequence. Ang simula ng sequence ay
posisyong zero. hal. get subseq 0 0 10 ay ibabalik ang unang 10 base ng
unang sequence sa database.

Command: itakda tanong
Sagot: ok:

Ang seq query command ay ginagamit upang magpadala ng query sequence sa server. Ito
ibinabalik ang haba ng sequence at isang gcg checksum

Command: revcomp
Sagot: ok: strand

Ginagawa ng revcomp query command ang reverse ng server na umakma sa query. Ito
ay upang i-save ang bandwidth ng pagpapadala ng query ng dalawang beses.

Ang revcomp target na utos ay upang sabihin sa server na ituring ang database bilang nito
baligtad na pandagdag. Ipinapadala lamang ng kliyente ang utos na ito kapag naghahanap ng a
isinalin na database, kaya hindi kailangang ipatupad para sa karamihan ng mga uri ng paghahanap.

Command: itakda ang pera ko
Sagot: ok:

Ang set parameter command ay nagpapadala ng mga parameter mula sa exonerate command line sa
ang server. Ang mga utos na ito ay maaaring balewalain ng kliyente para sa isang pangunahing
pagpapatupad, ngunit hindi maaaring balewalain para sa pinakamainam na pagganap.

Command: makuha hsps
Sagot: hspset: { }
O: hspset: walang laman

Ang get hsps command ay ang pangunahing command para sa pagkuha ng mga set ng hsps. Ang server
maaaring magbalik ng maraming hspset. Ang mga ibinalik na field ay:

Ang panloob na id ng target na sequence para sa mga HSPset na ito.
Ang hsp query start position
Ang posisyon ng pagsisimula ng target ng hsp
Ang haba ng hsp

Ang huling tatlong field ay kumakatawan sa isang HSP, at maaaring ulitin ng maraming beses sa isa
hspset: linya ng sagot.

A simple halimbawa kliente server dialogue.
% telnet localhost 12886
Sinusubukan ang 127.0.0.1...
Nakakonekta sa localhost.localdomain.
Ang karakter sa pagtakas ay '^]'.
% bersyon
bersyon: exonerate-server 2.0.0
% dbinfo
dbinfo: dna softmasked 100000 1701 38113579
% lookup AA159529.1
lookup: 88065
% makakuha ng impormasyon 88065
seqinfo: 62 2028 AA159529.1 zo72g05.s1 Stratagene pancreas (#937208) Homo sapiens cDNA
% makakuha ng seq 88065
seq: NAACTCATCNTTTTCTGCTGNATCCTCTTCACCAGTTTGGGGGANGGCCTGCACTTCCANAG
% makakuha ng subseq 88065 10 20
subseq: TTTTTCTGCTGNATCCTCTTC
% set query NAACTCATCNTTTTCTGCTGNATCCTCTTCACCAGTTTGGGGGANGGCCTGCACTTCCANAG
ok: 62 2028
% makakuha ng hsps
linecount: 15
hspset: 12423 1 349 41
hspset: 44900 1 356 47
hspset: 61781 1 358 41 36 392 26
hspset: 70065 1 349 41 36 383 26
hspset: 88065 1 1 61
hspset: 91032 1 357 41 36 391 26
hspset: 91442 1 350 41 36 384 26
hspset: 92971 1 348 41 36 382 26
hspset: 94311 1 375 41
hspset: 95381 1 346 41 36 380 26
hspset: 96808 10 385 32 36 410 26
hspset: 88449 18 11 22
hspset: 91036 6 6 56
hspset: 93736 36 400 26
% revcomp query
ok: query strand revcomp
% makakuha ng hsps
linecount: 6
hspset: 12564 0 64 26 20 83 41
hspset: 61780 0 266 61
hspset: 29148 0 116 61
hspset: 25849 15 445 22
hspset: 93938 26 265 34
% paglabas
Ang koneksyon ay sarado ng banyagang host.

Kapaligiran

Hindi pa nakadokumento.

HALIMBAWA

1. Halimbawa ng paggawa ng isinaling index at pagpapatakbo ng mabilis na paghahanap ng protina2genome gamit ang
exonerate-server

fasta2esd human.genomic.fasta human.genomic.esd esd2esi --isalin ang yes human.genomic.esd
human.genomic.trans.esi exonerate-server --port 1234 human.genomic.trans.esi magpatawad
pep.fasta localhost:1234 --model p2g --seedrepeat 3 --geneseed 250

VERSION

Kasama ng dokumentasyong ito ang bersyon 2.2.0 ng exonerate package.

Gumamit ng exonerate-server online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net