Ito ang command na fa2dna na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
fa2dna - i-format ang fasta database para magamit sa ANFO
SINOPSIS
fa2dna [ opsyon | file ... ]
DESCRIPTION
fa2dna nagbabasa ng isa o higit pang mga file sa fasta format at nire-reformat ang mga ito sa isang database na angkop
para anfo(1). Ang (mga) input file ay maaaring maglaman ng higit sa isang sequence, at ang bawat sequence ay maaari
hatiin sa maraming contigs sa pamamagitan ng isang kahabaan ng Ns. Ang lahat ng IUPAC ambiguity code ay
ganap na suportado.
Opsyon
-V, --versi
I-print ang numero ng bersyon at lumabas.
-o file, --output file
Isulat ang output sa file.file dapat magtapos sa .dna, Dahil anfo at ilang sa ibaba ng agos
maaaring madapa ang mga tool sa ibang extension. Default ay ang pangalan ng genome na may
ang .dna karugtong
-m N, --maxn N
Itinatakda ang maximum na bilang ng Ns upang bigyang-kahulugan bilang IUPAC ambiguity code sa N; anuman
ang mas mahabang kahabaan ay binibigyang kahulugan bilang paghihiwalay ng mga contig. Ang default ay 2.
-g pangalan, --genome name
Itinatakda ang pangalan ng genome sa pangalan. Ang pangalan na ito ay naka-imbak sa output file at magiging
ginamit ni anfo upang matukoy ang katugmang genome sa output nito. Ang genome ay dapat na a
prefix ng pangalan ng output file upang payagan ang mga downstream na tool na mahanap ito. Ang pangalan
dapat ay maikli, ngunit kakaiba, tulad ng "hg18" o "pt2" para sa tao o chimpanzee
gagana nang maayos ang mga genome.
-d text, --text ng paglalarawan
Nagdadagdag teksto bilang paglalarawan sa metadata. Ito ay purong impormasyon.
-v, --verbose
Nagiging sanhi ng pag-print ng isang tagapagpahiwatig ng pag-unlad.
Gumamit ng fa2dna online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
