fox - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

fox - pagpapasiya ng istraktura ng ab-initio mula sa data ng diffraction

SINOPSIS

soro [pagpipilian] [file.xml]

DESCRIPTION

Ang soro (Free Objects for Crystallography) program ay ginawa para sa ab initio crystal
solusyon ng istraktura mula sa data ng diffraction. Ang pinakakawili-wiling mga tampok nito para sa ab initio
Ang pagpapasiya ng istraktura ay:

* maraming nalalaman paglalarawan ng mga nilalaman ng kristal;

* awtomatikong pagwawasto para sa mga espesyal na posisyon at nakabahaging mga atomo sa pagitan ng polyhedra;

* ang kakayahang gumamit ng sabay-sabay na maramihang mga pattern ng pulbos;

* matalinong pandaigdigang optimization algorithm;

* isang graphical na interface na may 3D crystal structure view at live na mga update sa panahon ng
proseso ng pag-optimize.

Opsyon

Ang program na ito ay isasakatuparan nang mayroon o walang mga opsyon sa command line o input file (file.xml).
Ito ay sumusunod sa karaniwang GNU command line syntax, na may mahabang opsyon na nagsisimula sa dalawang gitling
(`-'). Ang isang buod ng mga opsyon ay kasama sa ibaba. Para sa kumpletong paglalarawan, tingnan ang fox
wiki http://objcryst.sourceforge.net/Fox/Manual

- Tumulong Ipakita ang buod ng mga opsyon.

--loadfouiergrd map.grd
I-load at ipakita ang 'map.grd' fourier na mapa na may (unang) kristal na istraktura

--loadfourierdsn6 mapa.DN6
Mag-load at magpakita ng isang DSN6 fourier na mapa na may (unang) kristal na istraktura

--nogui
Tumakbo nang walang GUI, awtomatikong naglulunsad ng optimization --nogui ay maaaring sinamahan ng
ang mga sumusunod na pagpipilian:

-n 10000
Tumakbo para sa 10000 pagsubok sa pinakamaraming (default: 1000000)

--nbrun 5
Gumawa ng 5 run, randomizing bago ang bawat run (default: 1), gamitin ang -1 para tumakbo nang walang katapusan

-o out.xml
Output sa 'out.xml'

--randomize
I-randomize ang paunang configuration

--tahimik
Gumawa (halos) walang text na output

--huling gastos 0.15
Patakbuhin ang pag-optimize hanggang sa gastos <0.15

--cif2pattern 1.5406 170 5000 .1
Gayahin ang pattern para sa input crystal, wavelength=1.5406 hanggang 170° na may 500 puntos
at peak na lapad na 0.1°

HALIMBAWA

Soro silicone.xml
I-load ang file na 'silicon.xml' at ilunsad ang GUI.

Soro Cimetidine-powder.xml --nogui --randomize -n 1000000 -o best.xml
I-load ang file na 'ktartrate.xml', i-randomize, pagkatapos ay gumawa ng 1 pag-optimize ng 1 milyong pagsubok,
at i-save ang pinakamahusay na istraktura sa 'best.xml'.

Soro Cimetidine-powder.xml --nogui --randomize -n 10000000 --nbrun 10 -o best.xml
I-load ang file na 'Cimetidine-powder.xml', pagkatapos ay gumawa ng 10 run (nagsisimula sa random
structure) ng 10 milyong pagsubok (bawat run ay nagse-save ng isang xml file), at i-save ang pinakamahusay
istraktura sa 'best.xml'.

Soro Cimetidine-powder.xml --nogui --tahimik --randomize -n 10000000 --nbrun 10 --huling gastos
200000 -o best.xml
I-load ang file na 'Cimetidine-powder.xml', pagkatapos ay gumawa ng 10 silent run ng 10 milyong pagsubok
(bawat run ay nagse-save ng isang xml file), at i-save ang pinakamahusay na istraktura sa 'best.xml'. Para sa bawat isa
tumakbo, hihinto ang pag-optimize kung ang gastos ay mas mababa sa 200000.

Gumamit ng fox online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net