frendp - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

frend.pl -- Mag-render ng Bio::Graphics Feature File sa web

SINOPSIS

http://your.host.com/cgi-bin/frend.pl

DESCRIPTION

Ang frend.pl script ay isang manipis na front end sa paligid ng Bio::Graphics module. Tumatanggap ito ng a
listahan ng mga file na naglalaman ng sequence (protein, nucleotide) feature coordinates mula sa
(mga) file na nakalista sa command line o sa karaniwang input, nag-render ng mga ito, at gumagawa ng PNG
file sa karaniwang output.

INSTALL

Kopyahin ang script na ito sa cgi-bin directory ng iyong web site. Pangalanan ito ng kahit anong gusto mo.

tampok File format

Ang script na ito ay tumatanggap at nagpoproseso ng mga sequence annotation sa isang simpleng tab-delimited na format o
sa format na GFF.

Ang format ng feature na file ay may seksyon ng pagsasaayos at seksyon ng data. Ang pagsasaayos
itinatakda ng seksyon ang laki at pangkalahatang katangian ng larawan, at ang seksyon ng data ay nagbibigay
ang data ng tampok mismo.

Configuration seksyon
Kung hindi ibinigay, ang mga script na ito ay bumubuo ng isang makatwirang default na seksyon ng configuration para sa
sa iyo, kaya hindi mo kailangang magbigay ng seksyon ng pagsasaayos upang makakuha ng makatwirang larawan.
Gayunpaman, upang ibagay ang hitsura ng imahe, malamang na gusto mong i-tweak ang
pagsasaayos. Narito ang isang sipi mula sa seksyon ng pagsasaayos:

# halimbawa ng file
[pangkalahatan]
base = -1000..21000
taas = 12

[EST]
glyph = mga segment
bgcolor= dilaw
connector = solid
taas = 5

[FGENES]
glyph = transcript2
bgcolor = berde
paglalarawan = 1

Ang seksyon ng pagsasaayos ay nahahati sa isang hanay ng mga seksyon, bawat isa ay may label na a
[pamagat ng seksyon]. Ang seksyong [pangkalahatan] ay tumutukoy sa mga pandaigdigang opsyon para sa buong larawan.
Nalalapat ang ibang mga seksyon sa mga partikular na uri ng feature. Sa halimbawa sa itaas, ang pagsasaayos
sa seksyong [EST] ay nalalapat sa mga feature na may label na mga EST, habang ang configuration sa
Nalalapat ang seksyong [FGENES] sa mga feature na may label bilang mga hula mula sa FGENES gene
programa ng hula.

Sa loob ng bawat seksyon ay isang serye ng name=value pairs, kung saan ang pangalan ay pangalan ng isang
pagpipilian upang itakda. Maaari mong ilagay ang whitespace sa paligid ng = sign upang gawin itong mas nababasa, o kahit na
gumamit ng tutuldok (:) kung gusto mo. Ang mga sumusunod na pangalan ng opsyon ay kinikilala:

Halimbawa ng Halaga ng Pagpipilian
------ ----- -------

base Min & max ng sequence range (bp) 1200..60000
lapad lapad ng larawan (pixels) 600
taas Taas ng bawat graphical na elemento (mga pixel) 10
glyph Style ng bawat graphical na elemento (tingnan sa ibaba) transcript
fgcolor Kulay ng foreground ng bawat elemento dilaw
bgcolor Kulay ng background ng bawat elemento na asul
linewidth Lapad ng mga linya 3
label I-print ang pangalan ng feature 1
paglalarawan Kung ipi-print ang paglalarawan ng tampok 0
Bump Elements ay hindi pinapayagang magbangga 1
ticks Mag-print ng mga marka ng tik sa mga arrow 1
connector Uri ng group connector (dashed, hat o solid) dashed

Ang mga opsyon na "base" at "lapad" ay may kaugnayan lamang sa seksyong [pangkalahatan]. Sila ay
na-override ng katulad na pinangalanang mga opsyon sa command-line.

Ang natitira sa mga opsyon ay maaaring matatagpuan sa anumang seksyon, ngunit kung naroroon sa
Ang seksyong [pangkalahatan] ay magtatakda ng mga default para sa iba.

Ang mga kulay ay mga pangalan ng kulay sa wikang Ingles o mga kulay na #RRGGBB sa istilo ng Web (tingnan ang isang libro sa HTML
para sa paliwanag). Ang True/false value ay 1 para sa true, at 0 para sa false. Ang mga hanay ng numero ay maaari
ipahayag sa simula..end fashion na may dalawang tuldok, o bilang simula-end na may gitling.

Kinokontrol ng opsyong "glyph" kung paano nire-render ang mga feature. Ang mga sumusunod na glyph ay
ipinatupad:

Paglalarawan ng Pangalan
---- -----------

kahon Isang may laman na parihaba, hindi direksyon.
ellipse Isang hugis-itlog.
arrow Isang arrow; maaaring unidirectional o
bidirectional. Ito rin ay may kakayahang magpakita
isang iskala na may major at minor tickmark, at maaari
i-orient nang pahalang o patayo.
mga segment Isang hanay ng mga napunong parihaba na konektado ng solid
mga linya. Ginagamit para sa mga nagambalang feature, gaya ng
gapped alignment at exon group.
transcript Katulad ng mga segment, ngunit ang connecting line ay
isang "sombrero" na hugis, at ang direksyon ng
Ang transkripsyon ay ipinahiwatig ng isang maliit na arrow.
transcript2 Katulad ng transcript, ngunit ang direksyon ng
Ang transkripsyon ay ipinahiwatig ng isang terminal na segment
sa hugis ng isang arrow.
primers Dalawang papasok na nakaturo na mga arrow na konektado ng isang linya. Ginagamit para sa mga STS.

Ang pagpipiliang bump ay ang pinakamahalagang opsyon para sa pagkontrol sa hitsura ng larawan. Kung itinakda
sa false (ang numero 0), pagkatapos ay pinapayagan ang mga tampok na mag-overlap. Kung nakatakda sa true (ang
numero 1), pagkatapos ay ang mga tampok ay lilipat nang patayo upang maiwasan ang pagbangga. Kung hindi tinukoy,
Naka-on ang bump kung ang bilang ng anumang partikular na uri ng feature ng sequence ay higit sa 50.

data seksyon
Ang seksyon ng data ay maaaring sundin o magpatuloy sa seksyon ng pagsasaayos. Ang dalawang seksyon ay maaari
maging intermix din. Ang seksyon ng data ay isang tab o whitespace-delimited file na magagawa mo
i-export mula sa isang spreadsheet application o word processor file (siguraduhing i-save bilang text
lamang!)

Narito ang isang halimbawang seksyon ng data:

Cosmid B0511 . 516-619 Cosmid B0511 . 3185-3294 Cosmid
B0511 . 10946-11208 Cosmid B0511 . 13126-13511 Cosmid
B0511 . 66-208 Cosmid B0511 . 6354-6499 Cosmid B0511
. 13955-14115 EST yk595e6.5 + 3187-3294 EST yk846e07.3 -
11015-11208 EST yk53c10
yk53c10.5 + 18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700-15800 EST yk53c10.5 +
16032-16105 SwissProt PECANEX + 13153-13656 Swedish fish FGENESH "Gene
1" - 1-205,518-616,661-735,3187-3365,3436-3846 Transmembrane domain
FGENESH "Gene 2" - 16626-17396,17451-17597 Kinase at sushi domain

Ang bawat linya ng file ay naglalaman ng limang column. Ang mga column ay:

Column # Paglalarawan
-------- -----------

1 uri ng tampok
2 pangalan ng tampok
3 strand
4 na coordinate
5 paglalarawan

Uri ng tampok
Ang uri ng tampok ay dapat tumutugma sa isa sa mga [uri ng tampok] na mga heading sa
seksyon ng pagsasaayos. Kung hindi, ang [pangkalahatang] mga opsyon ay ilalapat sa
tampok kapag nire-render ito. Ang pangalan ng tampok ay isang pangalan para sa tampok. Gumamit ng "." o
"-" kung hindi ito nauugnay. Kung ang pangalan ay naglalaman ng whitespace, ilagay ang single o double
quotes ("") sa paligid ng pangalan.

Malagay sa kagipitan
Ang strand ay nagpapahiwatig kung aling strand ang tampok. Isa ito sa "+" para sa pasulong
strand, "-" para sa reverse strand, o "." para sa mga feature na hindi stranded.

Coordinate
Ang column ng mga coordinate ay isang hanay ng isa o higit pang mga saklaw na sinasakop ng feature.
Ang mga saklaw ay isinusulat gamit ang ".." tulad ng sa simula..stop, o may mga gitling, tulad ng sa start-stop.
Para sa mga feature na binubuo ng maraming hanay &em; halimbawa mga transcript na
may maraming exon &em; maaari mong ilagay ang mga saklaw sa parehong linya na pinaghihiwalay ng
mga kuwit o mga puwang, o ilagay ang mga hanay sa mga indibidwal na linya at gamitin lamang ang parehong tampok
pangalanan at i-type para ipangkat sila. Sa halimbawa sa itaas, ginagamit ng mga feature ng Cosmid B0511 ang
indibidwal na istilo ng linya, habang ginagamit ng mga feature ng FGENESH ang all-ranges-on-one-line
istilo.

paglalarawan
Ang huling hanay ay naglalaman ng ilang naglalarawang teksto. Kung ang opsyon sa paglalarawan ay nakatakda sa
true, ang text na ito ay ipi-print sa ilalim ng feature sa rendering.

Sa wakas, posibleng pagsama-samahin ang mga nauugnay na feature. Ang isang halimbawa ay ang mga EST
yk53c10.5 at yk53c10.3, na nauugnay sa pamamagitan ng pagbabasa mula sa dalawang dulo ng clone
yk53c10. Upang ipahiwatig ang kaugnayang ito, bumuo ng isang seksyon na ganito ang hitsura:

EST yk53c10
yk53c10.5 + 18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700-15800

Ang pangkat ay ipinapahiwatig ng isang linya na naglalaman lamang ng dalawang column na naglalaman ng tampok
uri at isang natatanging pangalan para sa grupo. Sundin ang linyang ito kasama ang lahat ng mga tampok na bumubuo sa
grupo, ngunit iwanang blangko ang unang column (ang uri ng tampok). Ang pangkat ay ire-render ni
pagguhit ng putol-putol na linya sa pagitan ng lahat ng miyembro ng grupo. Maaari mong baguhin ito sa pamamagitan ng
pagtukoy ng ibang opsyon sa connector sa seksyong configuration para sa feature na ito
uri.

Gumamit ng frendp online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net