fuzztrane - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

fuzztran - Maghanap ng mga pattern sa mga pagkakasunud-sunod ng protina (isinalin)

SINOPSIS

fuzztran -pagkakasunod-sunod seqall -pattern huwaran [-frame listahan] [-mesa listahan] -outfile ulat

fuzztran -tulong

DESCRIPTION

fuzztran ay isang command line program mula sa EMBOSS (“ang European Molecular Biology Open
Software Suite”). Ito ay bahagi ng "Nucleic:Motifs,Protein:Motifs" command group(s).

Opsyon

input seksyon
-pagkakasunod-sunod seqall

-pattern huwaran
Ang karaniwang IUPAC na isang-titik na code para sa mga amino acid ay ginagamit. Ang simbolo na 'x' ay
ginagamit para sa isang posisyon kung saan tinatanggap ang anumang amino acid. Ang mga kalabuan ay ipinahiwatig ng
naglilista ng mga katanggap-tanggap na amino acid para sa isang naibigay na posisyon, sa pagitan ng mga parisukat na panaklong '[
]'. Halimbawa: Ang [ALT] ay nangangahulugang Ala o Leu o Thr. Ang mga kalabuan ay ipinapahiwatig din ng
listahan sa pagitan ng isang pares ng kulot na bracket na '{ }' ang mga amino acid na hindi tinatanggap
sa isang gven na posisyon. Halimbawa: Ang {AM} ay kumakatawan sa anumang amino acid maliban sa Ala at Met.
Ang bawat elemento sa isang pattern ay pinaghihiwalay mula sa kapitbahay nito ng isang '-'. (Opsyonal sa
fuzztran) Ang pag-uulit ng isang elemento ng pattern ay maaaring ipahiwatig sa pamamagitan ng pagsunod doon
elementong may numerical value o isang numerical range sa pagitan ng parenthesis. Mga halimbawa:
x(3) tumutugma sa xxx, x(2,4) tumutugma sa xx o xxx o xxxx. Kapag a
Ang pattern ay limitado sa alinman sa N- o C-terminal ng isang sequence, ang pattern na iyon
alinman ay nagsisimula sa isang '<' na simbolo o ayon sa pagkakabanggit ay nagtatapos sa isang '>' na simbolo. Natapos ang isang yugto
ang pattern. (Opsyonal sa fuzztran). Halimbawa, [DE](2)HS{P}X(2)PX(2,4)C

karagdagan seksyon
-frame listahan
Default na halaga: 1

-mesa listahan

Pagbubuhos seksyon
-outfile ulat

Gumamit ng fuzztrane online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net