genome-music-galaxyp - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

genome music galaxy - Patakbuhin ang buong suite ng mga tool ng MuSiC nang sunud-sunod.

VERSION

Inilalarawan ng dokumentong ito ang genome music galaxy bersyon 0.04 (2016-01-01 sa 23:10:18)

SINOPSIS

genome music galaxy [--output-dir=?] --bam-list=? --output-bundle=? --roi-file=?
--reference-sequence=? --maf-file=? --pathway-file=? [--numeric-clinical-data-file=?]
[--categorical-clinical-data-file=?] [--mutation-matrix-file=?] [--permutations=?]
[--normal-min-depth=?] [--tumor-min-depth=?] [--min-mapq=?] [--show-nilaktawan]
[--genes-to-ignore=?] [--bmr=?] [--max-proximity=?] [--bmr-modifier-file=?]
[--numerical-data-test-method=?] [--skip-low-mr-genes] [--max-fdr=?]
[--genetic-data-type=?] [--wu-annotation-header] [--bmr-groups=?]
[--separate-truncations] [--merge-concurrent-muts] [--skip-non-coding] [--skip-silent]
[--min-mut-genes-per-path=?] [--glm-model-file=?] [--processors=?] [--aa-range=?]
[--nuc-range=?] [--reference-build=?] [--show-known-hits] [--glm-clinical-data-file=?]
[--use-maf-in-glm] [--omimaa-dir=?] [--cosmic-dir=?] [--verbose]
[--clinical-correlation-matrix-file=?]

Kinukuha ng tool na ito bilang mga parameter ang lahat ng impormasyong kinakailangan upang patakbuhin ang mga indibidwal na tool. An
halimbawa ng paggamit ay:

... play ng musika \
--bam-list input/bams_to_analyze.txt \
--numeric-clinical-data-file input/numeric_clinical_data.csv \
--maf-file input/myMAF.tsv \
--output-dir play_output_dir \
--pathway-file input/pathway_db \
--reference-sequence input/refseq/all_sequences.fa \
--roi-file input/all_coding_regions.bed \
--genetic-data-type na gene

KAILANGAN MGA PANGANGATWIRANG

bam-list teksto
Tab delimited na listahan ng mga BAM file [sample_name normal_bam tumor_bam]

output-bundle teksto
Lokasyon kung saan gustong i-save ng Galaxy ang bundle ng mga output ng Musika

roi-file teksto
Tab delimited na listahan ng mga ROI [chr start stop gene_name]

reference-sequence teksto
Path sa reference sequence sa FASTA na format

maf-file teksto
Listahan ng mga mutasyon gamit ang mga pagtutukoy ng TCGA MAF v2.3

pathway-file teksto
Tab-delimited na file ng impormasyon ng pathway

OPSYONAL MGA PANGANGATWIRANG

output-dir
Direktoryo kung saan isusulat ang mga output file at subdirectory

Default na halaga '' kung hindi tinukoy

numeric-clinical-data-file teksto
Talaan ng mga sample (y) kumpara sa numeric na klinikal na kategorya ng data (x)

categorical-clinical-data-file teksto
Talaan ng mga sample (y) kumpara sa kategoryang klinikal na data na kategorya (x)

mutation-matrix-file teksto
Opsyonal na iimbak ang sample-vs-gene matrix na ginamit sa panahon ng mga kalkulasyon.

permutasyon Numero
Bilang ng mga permutasyon na ginamit upang matukoy ang mga P-value

normal-min-depth Integer
Ang pinakamababang lalim ng pagbasa upang isaalang-alang ang isang Normal na base ng BAM bilang sakop

tumor-min-depth Integer
Ang pinakamababang lalim ng pagbasa upang isaalang-alang ang isang Tumor BAM base bilang sakop

min-mapq Integer
Ang pinakamababang kalidad ng pagmamapa ng mga babasahin na dapat isaalang-alang patungo sa lalim ng pagbasa ay binibilang

nilaktawan ang palabas boolean
Iulat ang bawat nilaktawan na mutation, hindi lang kung ilan

Default na value na 'false' (--noshow-skip) kung hindi tinukoy

nilaktawan ang noshow boolean
Gawing 'false' ang nilaktawan na palabas

genes-to-ignore teksto
Comma-delimited list ng mga gene na babalewalain para sa background mutation rate

bmr Numero
Rate ng mutation sa background sa mga target na rehiyon

max-proximity teksto
Pinakamataas na distansya ng AA sa pagitan ng 2 mutations

bmr-modifier-file teksto
Tab delimited na listahan ng mga value sa bawat gene na nagbabago sa BMR bago subukan ang [gene_name
bmr_modifier]

numerical-data-test- method teksto
Alinman sa 'cor' para sa Pearson Correlation o 'wilcox' para sa Wilcoxon Rank-Sum Test para sa
numerical na klinikal na data.

Default na value na 'cor' kung hindi tinukoy

skip-low-mr-genes boolean
Laktawan ang pagsubok sa mga gene na may mga MR na mas mababa kaysa sa background na MR

Default na halaga 'true' kung hindi tinukoy

noskip-low-mr-genes boolean
Gawing 'false' ang skip-low-mr-genes

max-fdr Numero
Ang maximum na pinapayagang maling rate ng pagtuklas para sa isang gene na ituring na isang SMG

Default na halaga '0.2' kung hindi tinukoy

uri ng genetic-data teksto
Ang data sa matrix file ay dapat na alinman sa "gene" o "variant" na uri ng data

wu-annotation-header boolean
Gamitin ito sa default sa wustl annotation format header

nowu-annotation-headers boolean
Gawing 'false' ang wu-annotation-headers

bmr-groups Integer
Bilang ng mga kumpol ng mga sample na may maihahambing na BMR

Default na halaga '1' kung hindi tinukoy

hiwalay-pagputol boolean
Igrupo ang truncational mutations bilang isang hiwalay na kategorya

Default na value na 'false' (--noseparate-truncations) kung hindi tinukoy

ilong-truncations boolean
Gawing 'false' ang mga hiwalay na pinutol

merge-concurrent-muts boolean
Ang maraming mutasyon ng isang gene sa parehong sample ay itinuturing bilang 1

Default na value na 'false' (--nomerge-concurrent-muts) kung hindi tinukoy

nomerge-concurrent-muts boolean
Gawing 'false' ang merge-concurrent-muts

laktawan-non-coding boolean
Laktawan ang non-coding mutations mula sa ibinigay na MAF file

Default na halaga 'true' kung hindi tinukoy

noskip-non-coding boolean
Gawing 'false' ang skip-non-coding

laktawan-tahimik boolean
Laktawan ang silent mutations mula sa ibinigay na MAF file

Default na halaga 'true' kung hindi tinukoy

noskip-tahimik boolean
Gawing 'false' ang skip-silent

min-mut-genes-per-path Integer
Ang mga pathway na may mas kaunting mutated genes kaysa dito ay hindi papansinin

Default na halaga '1' kung hindi tinukoy

glm-model-file teksto
File na nagbabalangkas sa uri ng modelo, variable ng tugon, mga covariant, atbp. para sa GLM
pagsusuri. (Tingnan ang DESCRIPTION).

processors Integer
Bilang ng mga processor na gagamitin sa SMG (nangangailangan ng 'foreach' at 'doMC' R packages)

Default na halaga '1' kung hindi tinukoy

aa-range Integer
Itakda kung gaano kalapit ang isang 'malapit' na tugma kapag naghahanap ng amino acid na malapit sa mga hit

Default na halaga '2' kung hindi tinukoy

saklaw ng nuc Integer
Itakda kung gaano kalapit ang isang 'malapit' na tugma kapag naghahanap ng posisyon ng nucleotide na malapit sa mga hit

Default na halaga '5' kung hindi tinukoy

reference-build teksto
Ilagay ang alinman sa "Build36" o "Build37"

Default na halaga 'Build37' kung hindi tinukoy

show-known-hits boolean
Kapag ang isang paghahanap ay nobela, ipakita ang kilalang AA sa gene na iyon

Default na halaga 'true' kung hindi tinukoy

noshow-known-hits boolean
Gawing 'false' ang mga kilalang hit na palabas

glm-clinical-data-file teksto
Mga klinikal na katangian, mutational profile, iba pang pinaghalong klinikal na data (Tingnan ang DESCRIPTION).

gamitin-maf-in-glm boolean
Itakda ang flag na ito upang gamitin ang variant matrix na ginawa mula sa MAF file bilang variant input sa
Pagsusuri ng GLM.

Default na value na 'false' (--nouse-maf-in-glm) kung hindi tinukoy

nouse-maf-in-glm boolean
Gawing 'false' ang use-maf-in-glm

omimaa-dir Landas
omim amino acid mutation database folder

cosmic-dir Landas
folder ng database ng cosmic amino acid mutation

pandiwang boolean
i-on upang ipakita ang mas malaking gumaganang output

Default na halaga 'true' kung hindi tinukoy

noverbose boolean
Gawing verbose 'false'

clinical-correlation-matrix-file teksto
Opsyonal na iimbak ang sample-vs-gene matrix na ginamit sa loob sa panahon ng mga kalkulasyon.

DESCRIPTION

Maaaring gamitin ang command na ito upang patakbuhin ang lahat ng tool sa pagsusuri ng MuSiC sa isang set ng data. Pakiusap
tingnan ang mga indibidwal na tool para sa karagdagang paglalarawan ng mga parameter.

MGA AUTHORS

Thomas B. Mooney, MS

CREDITS

Pakitingnan ang mga kredito para sa genome-musikaNa (1).

Gumamit ng genome-music-galaxyp online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net