Ito ang command na gmx-confrms na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
gmx-confrms - Pagkasyahin ang dalawang istruktura at kinakalkula ang RMSD
SINOPSIS
gmx confrms [-f1 [<.tpr/.gro/...>]] [-f2 [<.gro/.g96/...>]]
[-n1 [<.ndx>]] [-n2 [<.ndx>]] [-o [<.gro/.g96/...>]]
[-hindi [<.ndx>]] [-[hindi]w] [-[walang sinuman] [-[hindi]mw] [-[no]pbc]
[-[walang]angkop] [-[walang pangalan] [-[Walang tatak] [-[no]bfac]
DESCRIPTION
gmx kinumpirma kinukuwenta ang root mean square deviation (RMSD) ng dalawang istruktura pagkatapos
least-squares na umaangkop sa pangalawang istraktura sa una. Ang dalawang istruktura ay HINDI
Kailangang magkaroon ng parehong bilang ng mga atom, tanging ang dalawang pangkat ng index na ginamit para sa akma ay kailangang
maging magkapareho. Sa -yam tanging mga katugmang pangalan ng atom mula sa mga napiling grupo ang gagamitin
para sa pagkalkula ng fit at RMSD. Maaari itong maging kapaki-pakinabang kapag naghahambing ng mga mutant ng isang protina.
Ang mga superimposed na istruktura ay isinulat sa file. Sa isang .pdb i-file ang dalawang istruktura
nakasulat bilang hiwalay na mga modelo (gamitin rasmol -nmrpdb). Gayundin sa isang .pdb file, B-factor na kinakalkula
mula sa atomic MSD halaga ay maaaring nakasulat sa -bfac.
Opsyon
Mga opsyon para tukuyin ang mga input file:
-f1 [<.tpr/.gro/...>] (conf1.gro)
Istraktura+mass(db): tr malaki g96 pdb brk ent
-f2 [<.gro/.g96/...>] (conf2.gro)
Structure file: malaki g96 pdb brk ent esp tr
-n1 [<.ndx>] (fit1.ndx) (Opsyonal)
Index file
-n2 [<.ndx>] (fit2.ndx) (Opsyonal)
Index file
Mga opsyon para tukuyin ang mga output file:
-o [<.gro/.g96/...>] (fit.pdb)
Structure file: malaki g96 pdb brk ent esp
-hindi [<.ndx>] (match.ndx) (Opsyonal)
Index file
Iba pang mga opsyon:
-[hindi]w (hindi)
Tingnan ang output .xvg, .xpm, .eps at .pdb file
-[walang sinuman (hindi)
Isulat lamang ang angkop na istraktura sa file
-[hindi]mw (oo)
Mass-weighted fitting at RMSD
-[no]pbc (hindi)
Subukang gawing buo muli ang mga molekula
-[walang]angkop (oo)
Gawin ang hindi bababa sa mga parisukat na superposisyon ng target na istraktura sa reference
-[walang pangalan (hindi)
Ihambing lamang ang mga katugmang pangalan ng atom
-[Walang tatak (hindi)
Nagdagdag ng mga chain label na A para sa una at B para sa pangalawang istraktura
-[no]bfac (hindi)
Output B-factor mula sa mga halaga ng atomic MSD
Gumamit ng gmx-confrms online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
