gmx-convert-tpr - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

gmx-convert-tpr - Gumawa ng binagong run-input file

SINOPSIS

gmx convert-tpr [-s [<.tpr>]] [-f [<.trr/.cpt/...>]] [-e [<.edr>]]
[-n [<.ndx>]] [-o [<.tpr>]] [-extend ]
[hanggang sa ] [-hakbang ] [-panahon ]
[-[walang]zeroq] [-[no]vel] [-[no]cont]
[-init_fep_state ]

DESCRIPTION

gmx convert-tpr maaaring mag-edit ng mga run input file sa apat na paraan.

1. sa pamamagitan ng pagbabago sa bilang ng mga hakbang sa isang run input file na may mga opsyon -extend, hanggang sa or
-hakbang (Nsteps=-1 ay nangangahulugang walang limitasyong bilang ng mga hakbang)

2. (OBSOLETE) sa pamamagitan ng paggawa ng run input file para sa pagpapatuloy na pagtakbo kapag mayroon ang iyong simulation
nag-crash dahil sa hal. isang buong disk, o sa pamamagitan ng pagpapatuloy ng run input file. Ang pagpipiliang ito
ay lipas na, dahil ang mdrun ay nagsusulat at nagbabasa ng mga file ng checkpoint. nota na may frame
kailangan ang mga coordinate at velocity. Kapag ang presyon at/o temperatura ng Nose-Hoover
coupling ay ginagamit ang isang energy file ay maaaring ibigay upang makakuha ng eksaktong pagpapatuloy ng
orihinal na pagtakbo.

3. sa pamamagitan ng paggawa ng .tpx file para sa isang subset ng iyong orihinal na tpx file, na kapaki-pakinabang kapag
gusto mong tanggalin ang solvent sa iyong .tpx file, o kapag gusto mong gawing pure
Calpha .tpx file. Tandaan na maaaring kailanganin mong gamitin -hakbang -1 (o katulad) para makuha ito
gumagana. BABALA: ito .tpx file is hindi ganap gumagana.

4. sa pamamagitan ng pagtatakda ng mga singil ng isang tinukoy na grupo sa zero. Ito ay kapaki-pakinabang kapag gumagawa ng libre
pagtatantya ng enerhiya gamit ang pamamaraan ng LIE (Linear Interaction Energy).

Opsyon

Mga opsyon para tukuyin ang mga input file:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Portable xdr run input file

-f [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr) (Opsyonal)
Buong katumpakan na tilapon: trr cpt tng

-e [<.edr>] (ener.edr) (Opsyonal)
File ng enerhiya

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Opsyonal)
Index file

Mga opsyon para tukuyin ang mga output file:

-o [<.tpr>] (tprout.tpr)
Portable xdr run input file

Iba pang mga opsyon:

-extend (0)
Pahabain ang runtime sa halagang ito (ps)

hanggang sa (0)
Pahabain ang runtime hanggang sa pagtatapos na oras na ito (ps)

-hakbang (0)
Baguhin ang bilang ng mga hakbang

-panahon (-1)
Magpatuloy mula sa frame sa oras na ito (ps) sa halip na sa huling frame

-[walang]zeroq (hindi)
Itakda ang mga singil ng isang pangkat (mula sa index) sa zero

-[no]vel (oo)
Nangangailangan ng mga tulin mula sa tilapon

-[no]cont (oo)
Para sa eksaktong pagpapatuloy, hindi dapat ilapat ang mga hadlang bago ang unang hakbang

-init_fep_state (0)
fep state na magsisimula mula sa

Gamitin ang gmx-convert-tpr online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net