gmx-covar - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

gmx-covar - Kalkulahin at i-diagonalize ang covariance matrix

SINOPSIS

gmx covar [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-ng [<.gro/.g96/...>]] [-l [<.log>]] [-ascii [<.dat>]]
[-xpm [<.xpm>]] [-xpma [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-ikaw ] [-xvg ] [-[walang]angkop]
[-[no]ref] [-[no]mwa] [-huling ] [-[no]pbc]

DESCRIPTION

gmx covar kinakalkula at i-diagonalize ang (mass-weighted) covariance matrix. Lahat
ang mga istraktura ay nilagyan ng istraktura sa file ng istraktura. Kapag ito ay hindi isang run
hindi isasaalang-alang ang periodicity ng input file. Kapag ang magkasya at pagsusuri ng mga grupo
ay identical at ang analysis ay hindi mass-weighted, magiging non din ang fit
timbang-masa.

Ang eigenvectors ay isinulat sa isang trajectory file (-v). Kapag ang parehong mga atomo ay ginagamit para sa
ang fit at ang covariance analysis, ang reference structure para sa fit ay isusulat muna
may t=-1. Ang average (o sanggunian kung kailan -ref ay ginagamit) ang istraktura ay nakasulat na may t=0,
ang eigenvectors ay nakasulat bilang mga frame na may eigenvector number bilang timestamp.

Ang eigenvectors ay maaaring masuri gamit ang gmx anaeig.

Opsyon -ascii isinusulat ang buong covariance matrix sa isang ASCII file. Ang pagkakasunud-sunod ng
Ang mga elemento ay: x1x1, x1y1, x1z1, x1x2, ...

Opsyon -xpm isinusulat ang buong covariance matrix sa isang .xpm file.

Opsyon -xpma isinusulat ang atomic covariance matrix sa isang .xpm file, ibig sabihin, para sa bawat pares ng atom
ang kabuuan ng xx, yy at zz covariances ay nakasulat.

Tandaan na ang diagonalization ng isang matrix ay nangangailangan ng memorya at oras na tataas sa
hindi bababa sa kasing bilis ng parisukat ng bilang ng mga atom na kasangkot. Madaling maubusan
memorya, kung saan ang tool na ito ay malamang na lalabas nang may 'Segmentation fault'. Dapat mo
pag-isipang mabuti kung ang isang pinababang hanay ng mga atom ay makakatugon sa iyong mga pangangailangan para sa mas mababang gastos.

Opsyon

Mga opsyon para tukuyin ang mga input file:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajectory: xtc trr cpt malaki g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Istraktura+mass(db): tr malaki g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Opsyonal)
Index file

Mga opsyon para tukuyin ang mga output file:

-o [<.xvg>] (eigenval.xvg)
xvgr/xmgr file

-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
Buong katumpakan na tilapon: trr cpt tng

-ng [<.gro/.g96/...>] (average.pdb)
Structure file: malaki g96 pdb brk ent esp

-l [<.log>] (covar.log)
Mag-log file

-ascii [<.dat>] (covar.dat) (Opsyonal)
Pangkalahatang file ng data

-xpm [<.xpm>] (covar.xpm) (Opsyonal)
X PixMap na katugmang matrix file

-xpma [<.xpm>] (covara.xpm) (Opsyonal)
X PixMap na katugmang matrix file

Iba pang mga opsyon:

-b (0)
Unang frame (ps) na babasahin mula sa trajectory

-e (0)
Huling frame (ps) na babasahin mula sa trajectory

-dt (0)
Gumamit lamang ng frame kapag t MOD dt = unang pagkakataon (ps)

-ikaw (ps)
Unit para sa mga halaga ng oras: fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg
xvg plot formatting: xmgrace, xmgr, wala

-[walang]angkop (oo)
Magkasya sa isang istraktura ng sanggunian

-[no]ref (hindi)
Gamitin ang paglihis mula sa conform sa structure file sa halip na mula sa
karaniwan

-[no]mwa (hindi)
Mass-weighted covariance analysis

-huling (-1)
Huling eigenvector na isusulat (-1 ay hanggang sa huli)

-[no]pbc (oo)
Ilapat ang mga pagwawasto para sa pana-panahong kundisyon ng hangganan

Gumamit ng gmx-covar online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net