gmx-helixorient - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

gmx-helixorient - Kalkulahin ang lokal na pitch/bending/rotation/orientation sa loob ng mga helice

SINOPSIS

gmx helixorient [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-oaxis [<.dat>]] [-gitna [<.dat>]] [-bumangon [<.xvg>]]
[-oradius [<.xvg>]] [-atwist [<.xvg>]]
[-nakayuko [<.xvg>]] [-tagilid [<.xvg>]] [-orot [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-dt ] [-xvg ]
[-[walang]sidechain] [-[walang] incremental]

DESCRIPTION

gmx helixorient kinakalkula ang mga coordinate at direksyon ng average na axis sa loob ng isang
alpha helix, at ang direksyon/vector ng parehong Calpha at (opsyonal) ng sidechain
atom na may kaugnayan sa axis.

Bilang input, kailangan mong tukuyin ang isang pangkat ng index na may mga Calpha atoms na tumutugma sa isang
alpha-helix ng tuluy-tuloy na nalalabi. Ang mga direksyon sa sidechain ay nangangailangan ng pangalawang pangkat ng index ng
ang parehong laki, na naglalaman ng mabigat na atom sa bawat nalalabi na dapat ay kumakatawan sa
sidechain.

nota na ang program na ito ay hindi gumagawa ng anumang angkop na mga istruktura.

Kailangan namin ng apat na mga coordinate ng Calpha upang tukuyin ang lokal na direksyon ng helix axis.

Ang pagtabingi/pag-ikot ay kinakalkula mula sa mga pag-ikot ng Euler, kung saan tinukoy namin ang helix axis bilang
ang lokal x-axis, ang mga nalalabi/Calpha vector bilang y, at ang z-axis mula sa kanilang krus
produkto. Ginagamit namin ang pag-ikot ng Euler YZX, ibig sabihin, ikiling muna namin ang helix axis (1) sa paligid
at (2) orthogonal sa residues vector, at sa wakas ay ilapat ang (3) pag-ikot sa paligid nito.
Para sa pag-debug o iba pang layunin, isinusulat din namin ang aktwal na mga anggulo ng pag-ikot ng Euler bilang
theta[1-3].xvg

Opsyon

Mga opsyon para tukuyin ang mga input file:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Portable xdr run input file

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajectory: xtc trr cpt malaki g96 pdb tng

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Opsyonal)
Index file

Mga opsyon para tukuyin ang mga output file:

-oaxis [<.dat>] (helixaxis.dat)
Pangkalahatang file ng data

-gitna [<.dat>] (center.dat)
Pangkalahatang file ng data

-bumangon [<.xvg>] (rise.xvg)
xvgr/xmgr file

-oradius [<.xvg>] (radius.xvg)
xvgr/xmgr file

-atwist [<.xvg>] (twist.xvg)
xvgr/xmgr file

-nakayuko [<.xvg>] (bending.xvg)
xvgr/xmgr file

-tagilid [<.xvg>] (tilt.xvg)
xvgr/xmgr file

-orot [<.xvg>] (rotation.xvg)
xvgr/xmgr file

Iba pang mga opsyon:

-b (0)
Unang frame (ps) na babasahin mula sa trajectory

-e (0)
Huling frame (ps) na babasahin mula sa trajectory

-dt (0)
Gumamit lamang ng frame kapag t MOD dt = unang pagkakataon (ps)

-xvg
xvg plot formatting: xmgrace, xmgr, wala

-[walang]sidechain (hindi)
Kalkulahin din ang mga direksyon sa sidechain na may kaugnayan sa helix axis.

-[walang] incremental (hindi)
Kalkulahin ang incremental kaysa sa kabuuang pag-ikot/pagkiling.

Gumamit ng gmx-helixorient online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net