gmx-mdrun - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

gmx-mdrun - Magsagawa ng simulation, magsagawa ng normal na mode analysis o pag-minimize ng enerhiya

SINOPSIS

gmx mdrun [-s [<.tpr>]] [-cpi [<.cpt>]] [-mesa [<.xvg>]]
[-tabletf [<.xvg>]] [-tablep [<.xvg>]] [-tableb [<.xvg>]]
[-muling tumakbo [<.xtc/.trr/...>]] [-ei [<.edi>]]
[-multidir [ [...]]] [-naka-embed [<.dat>]] [-mp [<.top>]]
[-mn [<.ndx>]] [-o [<.trr/.cpt/...>]] [-x [<.xtc/.tng>]]
[-cpo [<.cpt>]] [-c [<.gro/.g96/...>]] [-e [<.edr>]]
[-g [<.log>]] [-dhdl [<.xvg>]] [-bato [<.xvg>]]
[-tpi [<.xvg>]] [-tpid [<.xvg>]] [-eo [<.xvg>]]
[-madasalin [<.xvg>]] [-runav [<.xvg>]] [-px [<.xvg>]]
[-pf [<.xvg>]] [-ro [<.xvg>]] [-ra [<.log>]] [-rs [<.log>]]
[-rt [<.log>]] [-mtx [<.mtx>]] [-dn [<.ndx>]]
[-kung [<.xvg>]] [-palit [<.xvg>]] [-deffnm ]
[-xvg ] [-DD ] [-ddorder ]
[-npme ] [-nt ] [-ntmpi ] [-ntomp ]
[-ntomp_pme ] [-pin ] [-pinoffset ]
[-pinstride ] [-gpu_id ] [-[no]ddcheck]
[-rdd ] [-rcon ] [-dlb ] [-dds ]
[-gcom ] [-nb ] [-nstlist ] [-[no]tunepme]
[-[no]v] [-[walang]compact] [-pforce ] [-[no]reprod]
[-cpt ] [-[no]cpnum] [-[no]dagdag] [-hakbang ]
[-maxh ] [-marami ] [-replex ] [- susunod ]
[-reseed ]

DESCRIPTION

gmx mdrun ay ang pangunahing computational chemistry engine sa loob ng GROMACS. Malinaw, ito
nagsasagawa ng mga simulation ng Molecular Dynamics, ngunit maaari rin itong magsagawa ng Stochastic Dynamics,
Pag-minimize ng Enerhiya, pagsubok na pagpasok ng particle o (muling) pagkalkula ng mga energies. Normal na mode
Ang pagsusuri ay isa pang pagpipilian. Sa kasong ito mdrun bubuo ng Hessian matrix mula sa single
pagbabagong-anyo. Para sa karaniwang mga kalkulasyon na tulad ng Normal na Mode, siguraduhin na ang istraktura
ibinigay ay maayos na pinapaliit ang enerhiya. Ang nabuong matrix ay maaaring i-diagonal sa pamamagitan ng gmx
nmeig.

Ang mdrun binabasa ng program ang run input file (-s) at ibinabahagi ang topology sa mga ranggo kung
kailangan. mdrun gumagawa ng hindi bababa sa apat na output file. Isang log file (-g) ay nakasulat.
Ang trajectory file (-o), naglalaman ng mga coordinate, velocities at opsyonal na pwersa. Ang
file ng istraktura (-c) naglalaman ng mga coordinate at bilis ng huling hakbang. Ang enerhiya
file (-e) ay naglalaman ng mga enerhiya, temperatura, presyon, atbp, marami sa mga bagay na ito
naka-print din sa log file. Opsyonal ang mga coordinate ay maaaring isulat sa isang naka-compress
trajectory file (-x).

Ang pagpipilian -dhdl ay ginagamit lamang kapag ang libreng pagkalkula ng enerhiya ay naka-on.

Ang pagpapatakbo ng mdrun nang mahusay sa parallel ay isang kumplikadong paksa ng paksa, na maraming mga aspeto ay
sakop sa online na Gabay sa Gumagamit. Dapat kang maghanap doon para sa praktikal na payo sa paggamit ng marami
sa mga opsyon na magagamit sa mdrun.

Ang ED (essential dynamics) sampling at/o karagdagang mga potensyal na pagbaha ay ini-on ni
gamit ang -ei bandila na sinusundan ng isang .edi file. Ang .edi file ay maaaring gawin gamit ang
gumawa_edi tool o sa pamamagitan ng paggamit ng mga opsyon sa essdyn menu ng WHAT IF program. mdrun
Gumagawa ng isang .xvg output file na naglalaman ng mga projection ng mga posisyon, bilis at pwersa
sa mga napiling eigenvectors.

Kapag ang mga potensyal na function na tinukoy ng gumagamit ay napili sa .mdp ihain ang -mesa
ang opsyon ay ginagamit upang pumasa mdrun isang naka-format na talahanayan na may mga potensyal na function. Nabasa ang file
mula sa kasalukuyang direktoryo o mula sa GMXLIB direktoryo. Ang isang bilang ng mga pre-formatted
ang mga talahanayan ay ipinakita sa GMXLIB dir, para sa 6-8, 6-9, 6-10, 6-11, 6-12 Lennard-Jones
potensyal na may normal na Coulomb. Kapag may mga pares na pakikipag-ugnayan, isang hiwalay na talahanayan para sa
Ang mga function ng interaksyon ng pares ay binabasa gamit ang -tablep pagpipilian.

Kapag ang mga naka-tabulated na bonded function ay nasa topology, ang mga function ng pakikipag-ugnayan ay
basahin gamit ang -tableb opsyon. Para sa bawat magkakaibang naka-tabulate na pakikipag-ugnayan i-type ang talahanayan
Ang pangalan ng file ay binago sa ibang paraan: bago ang extension ng file ay may underscore
idinagdag, pagkatapos ay isang 'b' para sa mga bono, isang 'a' para sa mga anggulo o isang 'd' para sa mga dihedral at panghuli ang
numero ng talahanayan ng uri ng pakikipag-ugnayan.

Ang mga pagpipilian -px at -pf ay ginagamit para sa pagsulat ng mga pull COM na coordinate at pwersa kapag kumukuha
ay napili sa .mdp file.

Sa wakas ang ilang mga pang-eksperimentong algorithm ay maaaring masuri kapag ang naaangkop na mga pagpipilian ay naging
binigay. Kasalukuyang nasa ilalim ng pagsisiyasat ay: polarisability.

Ang pagpipilian -naka-embed ginagawa ang dating g_membed, ibig sabihin, nag-embed ng protina sa isang lamad.
Ang module na ito ay nangangailangan ng ilang mga setting na ibinigay sa isang data file na ang
argumento ng pagpipiliang ito. Para sa higit pang mga detalye sa pag-embed ng lamad, tingnan ang dokumentasyon sa
ang gabay sa gumagamit. Ang mga pagpipilian -mn at -mp ay ginagamit upang magbigay ng mga index at topology file
ginagamit para sa pag-embed.

Ang pagpipilian -pforce ay kapaki-pakinabang kapag pinaghihinalaan mo ang isang simulation na nag-crash dahil sa masyadong malaki
pwersa. Gamit ang pagpipiliang ito, ang mga coordinate at pwersa ng mga atomo na may puwersang mas malaki kaysa sa a
tiyak na halaga ang ipi-print sa stderr.

Ang mga checkpoint na naglalaman ng kumpletong estado ng system ay nakasulat sa mga regular na pagitan
(pagpipilian -cpt) sa file -cpo, maliban kung opsyon -cpt ay nakatakda sa -1. Ang nakaraang checkpoint
ay naka-back up sa state_prev.cpt upang matiyak na ang isang kamakailang estado ng system ay palaging
available, kahit na winakasan ang simulation habang nagsusulat ng checkpoint. Sa -cpnum
lahat ng mga checkpoint file ay iniingatan at idinagdag kasama ang numero ng hakbang. Ang isang simulation ay maaaring
nagpatuloy sa pamamagitan ng pagbabasa ng buong estado mula sa file na may opsyon -cpi. Ang pagpipiliang ito ay matalino
sa paraang kung walang nakitang checkpoint file, ang GROMACS ay ipagpalagay na isang normal na run at
nagsisimula sa unang hakbang ng .tpr file. Bilang default, ang output ay idaragdag sa
ang umiiral na mga output file. Ang checkpoint file ay naglalaman ng mga checksum ng lahat ng output file,
tulad na hindi ka mawawalan ng data kapag ang ilang mga output file ay binago, sira o
inalis. Mayroong tatlong mga senaryo na may -cpi:

* walang mga file na may katugmang mga pangalan ay naroroon: bagong output file ay nakasulat

* lahat ng mga file ay naroroon na may mga pangalan at checksum na tumutugma sa mga nakaimbak sa checkpoint
file: ang mga file ay idinagdag

* kung hindi, walang mga file na binago at isang nakamamatay na error ay nabuo

may -noappend bagong output file ay binuksan at ang simulation part number ay idinagdag sa lahat
mga pangalan ng output file. Tandaan na sa lahat ng kaso ang checkpoint file mismo ay hindi pinalitan ng pangalan at
ay mapapatungan, maliban kung ang pangalan nito ay hindi tumutugma sa -cpo pagpipilian.

Sa checkpointing ang output ay idinagdag sa dati nang nakasulat na mga output file, maliban kung
-noappend ay ginagamit o wala sa mga nakaraang output file ang naroroon (maliban sa
checkpoint file). Ang integridad ng mga file na idaragdag ay na-verify gamit ang mga checksum
na nakaimbak sa checkpoint file. Tinitiyak nito na ang output ay hindi maaaring paghaluin o
nasira dahil sa file appending. Kapag ilan lamang sa mga naunang output file ang naroroon,
isang nakamamatay na error ang nabuo at walang lumang output file ang nabago at walang bagong output file
ay binuksan. Ang resulta na may pagdaragdag ay magiging kapareho ng mula sa isang pagtakbo. Ang
magiging binary identical ang mga content, maliban kung gumamit ka ng ibang bilang ng mga rank o dynamic
load balancing o ang FFT library ay gumagamit ng mga optimization sa pamamagitan ng timing.

Gamit ang pagpipilian -maxh isang simulation ay winakasan at isang checkpoint file ay nakasulat sa una
hakbang sa paghahanap ng kapitbahay kung saan lumampas ang oras ng pagtakbo -maxh*0.99 na oras. Ang pagpipiliang ito ay
partikular na kapaki-pakinabang sa kumbinasyon ng setting mga hakbang sa -1 alinman sa mdp o gamit
ang katulad na pinangalanang command line na opsyon. Nagreresulta ito sa isang walang katapusang pagtakbo, na tinapos lamang
kapag ang takdang oras na itinakda ng -maxh ay naabot (kung mayroon man) o kapag nakatanggap ng signal.

Kailan mdrun tumatanggap ng TERM signal, ito ay magtatakda ng mga nsteps sa kasalukuyang hakbang kasama ang isa. Kailan
mdrun tumatanggap ng INT signal (hal. kapag pinindot ang ctrl+C), hihinto ito pagkatapos ng susunod
hakbang sa paghahanap ng kapitbahay (na may nstlist=0 sa susunod na hakbang). Sa parehong mga kaso ang lahat ng karaniwan
ang output ay isusulat sa file. Kapag tumatakbo gamit ang MPI, isang senyas sa isa sa mdrun ranks
ay sapat, ang signal na ito ay hindi dapat ipadala sa mpirun o sa mdrun proseso iyon ay ang
magulang ng iba.

Maaaring i-activate ang interactive molecular dynamics (IMD) sa pamamagitan ng paggamit ng hindi bababa sa isa sa tatlo
IMD switch: Ang -imdterm switch ay nagpapahintulot sa isa na wakasan ang simulation mula sa
molecular viewer (hal. VMD). Sa -imdwait, mdrun humihinto sa tuwing walang IMD client
konektado. Ang paghila mula sa IMD remote ay maaaring i-on ni -imdpull. Ang daungan mdrun
nakikinig ay maaaring baguhin ng -imdport.Ang file na itinuro ni -kung naglalaman ng mga indeks ng atom at
pwersa kung gagamitin ang IMD pulling.

Kailan mdrun ay nagsimula sa MPI, hindi ito tumatakbo bilang default.

Opsyon

Mga opsyon para tukuyin ang mga input file:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Portable xdr run input file

-cpi [<.cpt>] (state.cpt) (Opsyonal)
Checkpoint file

-mesa [<.xvg>] (table.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-tabletf [<.xvg>] (tabletf.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-tablep [<.xvg>] (tablep.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-tableb [<.xvg>] (table.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-muling tumakbo [<.xtc/.trr/...>] (rerun.xtc) (Opsyonal)
Trajectory: xtc trr cpt malaki g96 pdb tng

-ei [<.edi>] (sam.edi) (Opsyonal)
ED sampling input

-multidir [ [...]] (rundir) (Opsyonal)
Patakbuhin ang direktoryo

-naka-embed [<.dat>] (membed.dat) (Opsyonal)
Pangkalahatang file ng data

-mp [<.top>] (membed.top) (Opsyonal)
Topology na file

-mn [<.ndx>] (membed.ndx) (Opsyonal)
Index file

Mga opsyon para tukuyin ang mga output file:

-o [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr)
Buong katumpakan na tilapon: trr cpt tng

-x [<.xtc/.tng>] (traj_comp.xtc) (Opsyonal)
Compressed trajectory (tng format o portable xdr format)

-cpo [<.cpt>] (state.cpt) (Opsyonal)
Checkpoint file

-c [<.gro/.g96/...>] (confout.gro)
Structure file: malaki g96 pdb brk ent esp

-e [<.edr>] (ener.edr)
File ng enerhiya

-g [<.log>] (md.log)
Mag-log file

-dhdl [<.xvg>] (dhdl.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-bato [<.xvg>] (field.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-tpi [<.xvg>] (tpi.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-tpid [<.xvg>] (tpidist.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-eo [<.xvg>] (edsam.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-madasalin [<.xvg>] (deviatie.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-runav [<.xvg>] (runaver.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-px [<.xvg>] (pullx.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-pf [<.xvg>] (pullf.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-ro [<.xvg>] (rotation.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-ra [<.log>] (rotangles.log) (Opsyonal)
Mag-log file

-rs [<.log>] (rotslabs.log) (Opsyonal)
Mag-log file

-rt [<.log>] (rottorque.log) (Opsyonal)
Mag-log file

-mtx [<.mtx>] (nm.mtx) (Opsyonal)
Hessian matrix

-dn [<.ndx>] (dipole.ndx) (Opsyonal)
Index file

-kung [<.xvg>] (imdforces.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-palit [<.xvg>] (swapions.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

Iba pang mga opsyon:

-deffnm
Itakda ang default na filename para sa lahat ng mga opsyon sa file

-xvg
xvg plot formatting: xmgrace, xmgr, wala

-DD (0 0 0)
Ang grid ng decomposition ng domain, 0 ay na-optimize

-ddorder (interleave)
DD rank order: interleave, pp_pme, cartesian

-npme (-1)
Bilang ng magkahiwalay na ranggo na gagamitin para sa PME, -1 ang hula

-nt (0)
Kabuuang bilang ng mga thread na magsisimula (0 ang hula)

-ntmpi (0)
Bilang ng thread-MPI na mga thread na magsisimula (0 ang hula)

-ntomp (0)
Bilang ng mga OpenMP na thread sa bawat ranggo ng MPI na magsisimula (0 ang hula)

-ntomp_pme (0)
Bilang ng mga OpenMP na thread sa bawat ranggo ng MPI na magsisimula (0 ay -ntomp)

-pin (auto)
Kung dapat subukan ng mdrun na magtakda ng mga thread affinity: auto, on, off

-pinoffset (0)
Ang pinakamababang logical core number kung saan dapat i-pin ng mdrun ang unang thread

-pinstride (0)
Ang distansya sa pag-pin sa mga lohikal na core para sa mga thread, gumamit ng 0 upang mabawasan ang bilang ng mga
mga thread sa bawat pisikal na core

-gpu_id
Listahan ng GPU device id-s na gagamitin, ay tumutukoy sa per-node na PP na ranggo sa GPU mapping

-[no]ddcheck (oo)
Suriin ang lahat ng magkakaugnay na pakikipag-ugnayan kay DD

-rdd (0)
Ang maximum na distansya para sa mga bonded na pakikipag-ugnayan sa DD (nm), 0 ay tinutukoy mula sa
paunang mga coordinate

-rcon (0)
Pinakamataas na distansya para sa P-LINCS (nm), 0 ay pagtatantya

-dlb (auto)
Dynamic na load balancing (na may DD): auto, hindi, oo

-dds (0.8)
Fraction sa (0,1) kung saan ang kapalit ng paunang laki ng DD cell ay tataas sa
upang magbigay ng margin kung saan maaaring kumilos ang dynamic na load balancing habang pinapanatili
ang pinakamababang laki ng cell.

-gcom (-1)
Dalas ng pandaigdigang komunikasyon

-nb (auto)
Kalkulahin ang mga non-bonded na pakikipag-ugnayan sa: auto, cpu, gpu, gpu_cpu

-nstlist (0)
Itakda ang nstlist kapag gumagamit ng Verlet buffer tolerance (0 ang hula)

-[no]tunepme (oo)
I-optimize ang PME load sa pagitan ng PP/PME ranks o GPU/CPU

-[no]v (hindi)
Maging maingay at maingay

-[walang]compact (oo)
Sumulat ng isang compact log file

-pforce (-1)
I-print ang lahat ng pwersang mas malaki kaysa dito (kJ/mol nm)

-[no]reprod (hindi)
Subukang iwasan ang mga optimization na nakakaapekto sa binary reproducibility

-cpt (15)
Checkpoint interval (minuto)

-[no]cpnum (hindi)
Panatilihin at bilangin ang mga checkpoint file

-[no]dagdag (oo)
Idagdag sa mga nakaraang output file kapag nagpapatuloy mula sa checkpoint sa halip na magdagdag
ang simulation part number sa lahat ng file name

-hakbang (-2)
Patakbuhin ang bilang ng mga hakbang na ito, i-override ang .mdp file na opsyon (-1 ay nangangahulugang walang katapusan, -2 ay nangangahulugan
gumamit ng mdp na opsyon, ang mas maliit ay hindi wasto)

-maxh (-1)
Tapusin pagkatapos ng 0.99 beses sa oras na ito (oras)

-marami (0)
Gumawa ng maraming simulation nang magkatulad

-replex (0)
Subukang makipagpalitan ng replika sa pana-panahon sa panahong ito (mga hakbang)

- susunod (0)
Bilang ng mga random na palitan upang isakatuparan ang bawat pagitan ng palitan (N^3 ay isa
mungkahi). -nex zero o hindi tinukoy ay nagbibigay sa kapwa replica exchange.

-reseed (-1)
Binhi para sa pagpapalit ng replika, -1 ay bumubuo ng isang binhi

Gumamit ng gmx-mdrun online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net