gmx-msd - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

gmx-msd - Kinakalkula ang mga mean square displacement

SINOPSIS

gmx msd [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-mol [<.xvg>]] [-pdb [<.pdb>]] [-b ]
[-e ] [-ikaw ] [-[hindi]w] [-xvg ]
[-Uri ] [-lateral ] [-[walang]sampu] [-ngroup ]
[-[hindi]mw] [-[no]rmcomm] [-tpdb ] [- simulan muli ]
[-magsimula ] [-endfit ]

DESCRIPTION

gmx msd kinakalkula ang mean square displacement (MSD) ng mga atom mula sa isang set ng inisyal
mga posisyon. Nagbibigay ito ng madaling paraan upang makalkula ang diffusion constant gamit ang Einstein
relasyon. Ang oras sa pagitan ng mga reference point para sa pagkalkula ng MSD ay nakatakda sa
- simulan muli. Ang diffusion constant ay kinakalkula ng hindi bababa sa mga parisukat na umaangkop sa isang tuwid na linya
(D*t + c) sa pamamagitan ng MSD(t) mula sa -magsimula sa -endfit (tandaan na ang t ay oras mula sa
mga posisyon ng sanggunian, hindi oras ng simulation). Isang pagtatantya ng error ang ibinigay, na ang
pagkakaiba ng diffusion coefficients na nakuha mula sa mga fit sa dalawang halves ng fit
agwat

Mayroong tatlong, kapwa eksklusibo, na mga opsyon upang matukoy ang iba't ibang uri ng mean square
pag-aalis: -Uri, -lateral at -sampu. Pagpipilian -sampu nagsusulat ng buong MSD tensor para sa bawat isa
grupo, ang pagkakasunod-sunod sa output ay: trace xx yy zz yx zx zy.

If -mol ay nakatakda, gmx msd Inilalagay ang MSD para sa mga indibidwal na molekula (kabilang ang paggawa ng mga molekula
buo sa pana-panahong mga hangganan): para sa bawat indibidwal na molekula ang diffusion constant ay
nakalkula para sa sentro ng masa nito. Ang napiling pangkat ng index ay hahatiin sa mga molekula.

Ang default na paraan upang makalkula ang isang MSD ay sa pamamagitan ng paggamit ng mass-weighted na mga average. Ito ay maaaring i-on
off sa -nomw.

Gamit ang opsyon -rmcomm, ang sentro ng mass motion ng isang partikular na grupo ay maaaring alisin. Para sa
trajectories na ginawa gamit ang GROMACS ito ay karaniwang hindi kinakailangan, bilang gmx mdrun karaniwan
inaalis na ang sentro ng mass motion. Kapag ginamit mo ang opsyong ito siguraduhin na ang
ang buong sistema ay naka-imbak sa trajectory file.

Ang diffusion coefficient ay tinutukoy ng linear regression ng MSD, kung saan, hindi katulad ng para sa
ang normal na output ng D, ang mga oras ay tinimbang ayon sa bilang ng sanggunian
puntos, ibig sabihin, ang mga maikling panahon ay may mas mataas na timbang. Gayundin kapag -beginfit``=-1,angkop pagsisimula at
10% at kailan ``-endfit``=-1, angkop napupunta sa 90%. paggamit ito opsyon isa Rin Nakakakuha an
tama mali pagtatantya batay on ang istatistika sa pagitan ng indibiduwal mga molekula. nota na
ito ibinobrodkast koepisyent at mali pagtatantya ay lamang tama kailan ang MSD is ganap
pahaba sa pagitan ng ``-magsimula at -endfit.

Opsyon -pdb nagsusulat ng a .pdb file na may mga coordinate ng frame sa oras -tpdb kasama sa
B-factor field ang square root ng diffusion coefficient ng molecule. Ang pagpipiliang ito
nagpapahiwatig ng opsyon -mol.

Opsyon

Mga opsyon para tukuyin ang mga input file:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajectory: xtc trr cpt malaki g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Istraktura+mass(db): tr malaki g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Opsyonal)
Index file

Mga opsyon para tukuyin ang mga output file:

-o [<.xvg>] (msd.xvg)
xvgr/xmgr file

-mol [<.xvg>] (diff_mol.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

-pdb [<.pdb>] (diff_mol.pdb) (Opsyonal)
File ng bangko ng data ng protina

Iba pang mga opsyon:

-b (0)
Unang frame (ps) na babasahin mula sa trajectory

-e (0)
Huling frame (ps) na babasahin mula sa trajectory

-ikaw (ps)
Unit para sa mga halaga ng oras: fs, ps, ns, us, ms, s

-[hindi]w (hindi)
Tingnan ang output .xvg, .xpm, .eps at .pdb file

-xvg
xvg plot formatting: xmgrace, xmgr, wala

-Uri (hindi)
Compute diffusion coefficient sa isang direksyon: hindi, x, y, z

-lateral (hindi)
Kalkulahin ang lateral diffusion sa isang plane na patayo sa: hindi, x, y, z

-[walang]sampu (hindi)
Kalkulahin ang buong tensor

-ngroup (1)
Bilang ng mga pangkat para kalkulahin ang MSD

-[hindi]mw (oo)
Mass weighted MSD

-[no]rmcomm (hindi)
Alisin ang sentro ng mass motion

-tpdb (0)
Ang frame na gagamitin para sa opsyon -pdb (ps)

- simulan muli (10)
Oras sa pagitan ng mga restarting point sa trajectory (ps)

-magsimula (-1)
Ang oras ng pagsisimula para sa paglalagay ng MSD (ps), -1 ay 10%

-endfit (-1)
Ang oras ng pagtatapos para sa paglalagay ng MSD (ps), -1 ay 90%

Gumamit ng gmx-msd online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net