Ito ang command na gmx-nmtraj na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
gmx-nmtraj - Bumuo ng isang virtual na oscillating trajectory mula sa isang eigenvector
SINOPSIS
gmx nmtraj [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-o [<.xtc/.trr/...>]] [-eignr ]
[-mga yugto ] [-temp ] [-malawak ]
[-nframes ]
DESCRIPTION
gmx nmtraj bumubuo ng isang virtual na tilapon mula sa isang eigenvector, na tumutugma sa a
harmonic Cartesian oscillation sa paligid ng average na istraktura. Ang eigenvectors ay dapat
karaniwan ay mass-weighted, ngunit maaari kang gumamit ng mga non-weighted eigenvectors upang makabuo
orthogonal na mga galaw. Ang mga frame ng output ay nakasulat bilang isang trajectory file na sumasaklaw sa isang kabuuan
period, at ang unang frame ay ang average na istraktura. Kung isusulat mo ang trajectory sa (o
i-convert sa) PDB na format maaari mo itong tingnan nang direkta sa PyMol at mag-render din ng photorealistic
pelikula. Ang mga amplitude ng paggalaw ay kinakalkula mula sa mga eigenvalues at isang preset na temperatura,
ipagpalagay ang equipartition ng enerhiya sa lahat ng mga mode. Upang gawing malinaw na nakikita ang galaw sa
PyMol baka gusto mong palakihin ito sa pamamagitan ng pagtatakda ng hindi makatotohanang mataas na temperatura.
Gayunpaman, magkaroon ng kamalayan na ang parehong mga linear Cartesian displacements at mass weighting ay gagawin
humantong sa malubhang pagpapapangit ng istraktura para sa mataas na amplitude - ito ay isang limitasyon lamang
ng modelo ng normal na mode ng Cartesian. Bilang default ang napiling eigenvector ay nakatakda sa 7, dahil
ang unang anim na normal na mode ay ang translational at rotational degrees ng kalayaan.
Opsyon
Mga opsyon para tukuyin ang mga input file:
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Istraktura+mass(db): tr malaki g96 pdb brk ent
-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
Buong katumpakan na tilapon: trr cpt tng
Mga opsyon para tukuyin ang mga output file:
-o [<.xtc/.trr/...>] (nmtraj.xtc)
Trajectory: xtc trr malaki g96 pdb tng
Iba pang mga opsyon:
-eignr (7)
String ng eigenvectors na gagamitin (una ay 1)
-mga yugto (0.0)
String ng mga phase (default ay 0.0)
-temp (300)
Temperatura (K)
-malawak (0.25)
Amplitude para sa mga mode na may eigenvalue<=0
-nframes (30)
Bilang ng mga frame na bubuo
Gumamit ng gmx-nmtraj online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
