gmx-rotacf - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

gmx-rotacf - Kalkulahin ang rotational correlation function para sa mga molecule

SINOPSIS

gmx rotacf [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-dt ]
[-[hindi]w] [-xvg ] [-[hindi]d] [-[no]aver]
[-acflen ] [-[no] gawing normal] [-P ]
[-fitfn ] [-magsimula ] [-endfit ]

DESCRIPTION

gmx rotacf kinakalkula ang rotational correlation function para sa mga molekula. Atom triplets
Dapat ibigay ang (i,j,k) sa index file, na tumutukoy sa dalawang vectors na ij at jk. Ang rotational
Ang ACF ay kinakalkula bilang autocorrelation function ng vector n = ij x jk, ibig sabihin, ang
cross product ng dalawang vectors. Dahil ang tatlong atom ay sumasaklaw sa isang eroplano, ang pagkakasunud-sunod ng tatlo
hindi mahalaga ang atoms. Opsyonal, sa pamamagitan ng paggamit ng -d switch, maaari mong kalkulahin ang
rotational correlation function para sa mga linear molecule sa pamamagitan ng pagtukoy ng mga pares ng atom (i,j) sa
index file.

HALIMBAWA

gmx rotacf -P 1 -nparm 2 -fft -n index -o rotacf-x-P1 -fa expfit-x-P1 -magsimula 2.5
-endfit 20.0

Kakalkulahin nito ang rotational correlation function gamit ang unang order na Legendre
polynomial ng anggulo ng isang vector na tinukoy ng index file. Ang pag-andar ng ugnayan
ilalagay mula 2.5 ps hanggang 20.0 ps sa isang dalawang-parameter na exponential.

Opsyon

Mga opsyon para tukuyin ang mga input file:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajectory: xtc trr cpt malaki g96 pdb tng

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Portable xdr run input file

-n [<.ndx>] (index.ndx)
Index file

Mga opsyon para tukuyin ang mga output file:

-o [<.xvg>] (rotacf.xvg)
xvgr/xmgr file

Iba pang mga opsyon:

-b (0)
Unang frame (ps) na babasahin mula sa trajectory

-e (0)
Huling frame (ps) na babasahin mula sa trajectory

-dt (0)
Gumamit lamang ng frame kapag t MOD dt = unang pagkakataon (ps)

-[hindi]w (hindi)
Tingnan ang output .xvg, .xpm, .eps at .pdb file

-xvg
xvg plot formatting: xmgrace, xmgr, wala

-[hindi]d (hindi)
Gumamit ng index doublets (vectors) para sa correlation function sa halip na triplets (planes)

-[no]aver (oo)
Average sa mga molekula

-acflen (-1)
Haba ng ACF, ang default ay kalahati ng bilang ng mga frame

-[no] gawing normal (oo)
I-normalize ang ACF

-P (0)
Order of Legendre polynomial para sa ACF (0 ay nagpapahiwatig ng wala): 0, 1, 2, 3

-fitfn (Wala)
Fit function: wala, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-magsimula (0)
Oras kung saan sisimulan ang exponential fit ng correlation function

-endfit (-1)
Oras kung saan tatapusin ang exponential fit ng correlation function, -1 ay hanggang sa
dulo

Gumamit ng gmx-rotacf online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net