gmx-trjconv - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

gmx-trjconv - I-convert at manipulahin ang mga trajectory file

SINOPSIS

gmx trjconv [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-fr [<.ndx>]] [-sub [<.ndx>]] [-drop [<.xvg>]]
[-o [<.xtc/.trr/...>]] [-b ] [-e ]
[-ikaw ] [-[hindi]w] [-xvg ] [-laktawan ]
[-dt ] [-[walang] bilog] [-tapon ] [-t0 ]
[-timestep ] [-pbc ] [-ur ]
[-[walang]gitna] [-boxcenter ] [-boks ]
[-trans ] [-shift ] [-kakasya ]
[-dec ] [-[no]vel] [-[walang]puwersa] [-trunc ]
[-exec ] [-hati ] [-[no]sep]
[-zero ] [-dropunder ] [-dumaan ]
[-[walang] kumonekta]

DESCRIPTION

gmx trjconv maaaring mag-convert ng mga trajectory file sa maraming paraan:

· mula sa isang format patungo sa isa pa

· pumili ng subset ng mga atom

· baguhin ang periodicity representation

· panatilihing magkakasama ang mga multimeric na molekula

· gitnang mga atomo sa kahon

· magkasya ang mga atom sa reference na istraktura

· bawasan ang bilang ng mga frame

· baguhin ang mga timestamp ng mga frame (-t0 at -timestep)

· I-cut ang trajectory sa maliliit na subtrajectory ayon sa impormasyon sa isang index file.
Pinapayagan nito ang kasunod na pagsusuri ng mga subtrajectory na maaaring, halimbawa, ay ang
resulta ng isang cluster analysis. Gamitin ang opsyon -sub. Ipinapalagay nito na ang mga entry sa
index file ay mga numero ng frame at itinatapon ang bawat pangkat sa index file sa isang hiwalay
trajectory file.

· pumili ng mga frame sa loob ng isang tiyak na hanay ng isang dami na ibinigay sa isang .xvg file.

gmx trjcat ay mas angkop para sa pagsasama-sama ng maramihang mga trajectory file.

Ang mga sumusunod na format ay sinusuportahan para sa input at output: .xtc, .trr, .gro, .g96 at .pdb.
Ang mga format ng file ay nakita mula sa extension ng file. Ang katumpakan ng .xtc at .gro
ang output ay kinuha mula sa input file para sa .xtc, .gro at .pdb, at mula sa -dec pagpipilian para sa
iba pang mga format ng pag-input. Ang katumpakan ay palaging kinuha mula sa -dec, kapag nakatakda ang opsyong ito.
Ang lahat ng iba pang mga format ay may nakapirming katumpakan. .trr ang output ay maaaring solong o dobleng katumpakan,
depende sa katumpakan ng gmx trjconv binary. Tandaan na ang mga bilis ay lamang
suportado sa .trr, .gro at .g96 file.

Opsyon -sep ay maaaring gamitin upang isulat ang bawat frame sa isang hiwalay .gro, .g96 or .pdb file. Sa pamamagitan ng
default, lahat ng mga frame ay nakasulat lahat sa isang file. .pdb mga file na may lahat ng mga frame na pinagsama-samang lata
matingnan kasama ng rasmol -nmrpdb.

Posibleng pumili ng bahagi ng iyong trajectory at isulat ito sa isang bagong trajectory file
upang makatipid ng espasyo sa disk, hal. para sa pag-alis ng tubig mula sa isang tilapon ng isang protina
sa tubig. Palagi ilagay ang orihinal na tilapon sa tape! Inirerekomenda naming gamitin ang portable
.xtc format para sa iyong pagsusuri upang makatipid ng espasyo sa disk at magkaroon ng mga portable na file.

Mayroong dalawang mga pagpipilian para sa pag-angkop sa tilapon sa isang sanggunian alinman para sa mahalaga
pagsusuri ng dinamika, atbp. Ang unang opsyon ay angkop lamang sa isang istraktura ng sanggunian
sa file ng istraktura. Ang pangalawang opsyon ay isang progresibong akma kung saan ang unang timeframe
ay nilagyan ng reference na istraktura sa structure file upang makuha at sa bawat kasunod
ang takdang panahon ay iniakma sa dating naayos na istraktura. Sa ganitong paraan isang tuluy-tuloy na tilapon
ay nabuo, na maaaring hindi ang kaso kapag gumagamit ng regular na paraan ng fit, hal kapag
ang iyong protina ay sumasailalim sa malalaking conformational transition.

Opsyon -pbc nagtatakda ng uri ng panaka-nakang paggamot sa kundisyon ng hangganan:

· Mol inilalagay ang sentro ng masa ng mga molekula sa kahon, at nangangailangan ng isang run input file sa
mabigyan ng -s.

· res inilalagay ang gitna ng masa ng mga nalalabi sa kahon.

· atomo inilalagay ang lahat ng mga atomo sa kahon.

· nojump sinusuri kung tumalon ang mga atom sa kahon at pagkatapos ay ibabalik ang mga ito. Ito ay may
epekto na ang lahat ng mga molekula ay mananatiling buo (sa kondisyon na sila ay buo sa inisyal
conform). nota na tinitiyak nito ang isang tuluy-tuloy na tilapon ngunit maaaring ang mga molekula
diffuse out of the box. Ang panimulang pagsasaayos para sa pamamaraang ito ay kinuha mula sa
ang structure file, kung ang isa ay ibinibigay, kung hindi, ito ang unang frame.

· kumpol pinagsama-sama ang lahat ng mga atom sa napiling index upang ang lahat ay pinakamalapit
sa gitna ng masa ng kumpol, na paulit-ulit na ina-update. nota na ito
magbibigay lamang ng makabuluhang mga resulta kung mayroon kang isang kumpol. Sa kabutihang-palad ay maaaring iyon
sinuri pagkatapos gamit ang isang trajectory viewer. Tandaan din na kung ang iyong mga molekula ay
sira hindi rin ito gagana.

Ang hiwalay na pagpipilian -clustercenter ay maaaring gamitin upang tukuyin ang isang tinatayang sentro para sa
ang kumpol. Ito ay kapaki-pakinabang hal kung mayroon kang dalawang malalaking vesicle, at gusto mo
panatilihin ang kanilang mga kamag-anak na posisyon.

· buo ginagawa lamang buo ang mga sirang molekula.

Opsyon -ur nagtatakda ng representasyon ng unit cell para sa mga opsyon Mol, res at atomo of -pbc. Lahat
tatlong opsyon ang nagbibigay ng magkakaibang resulta para sa mga triclinic box at magkaparehong resulta para sa
hugis-parihaba na mga kahon. tuwid ay ang ordinaryong brick na hugis. tric ay ang triclinic unit cell.
siksik inilalagay ang lahat ng mga atomo sa pinakamalapit na distansya mula sa gitna ng kahon. Ito ay maaaring
kapaki-pakinabang para sa paggunita hal. pinutol na octahedra o rhombic dodecahedra. Ang sentro para sa
pagpipilian tric at siksik is tric (tingnan sa ibaba), maliban kung ang opsyon -boxcenter ay naka-set
naiiba.

Opsyon -gitna nakasentro ang sistema sa kahon. Maaaring piliin ng user ang pangkat na gagamitin
upang matukoy ang geometrical center. Pagpipilian -boxcenter nagtatakda ng lokasyon ng sentro ng
ang kahon para sa mga pagpipilian -pbc at -gitna. Ang mga pagpipilian sa sentro ay: tric: kalahati ng kabuuan ng
mga vector ng kahon, tuwid: kalahati ng kahon diagonal, wala: zero. Gamitin ang opsyon -pbc Mol at saka
sa -gitna kapag gusto mo ang lahat ng mga molekula sa kahon pagkatapos ng pagsentro.

Opsyon -boks nagtatakda ng laki ng bagong kahon. Gumagana lang ang opsyong ito para sa mga nangungunang dimensyon
at sa pangkalahatan ay kapaki-pakinabang lamang para sa mga hugis-parihaba na kahon. Kung gusto mong baguhin ang ilan lamang
ng mga sukat, hal. kapag nagbabasa mula sa isang tilapon, maaari mong gamitin ang -1 para sa mga iyon
mga sukat na dapat manatiling pareho. Hindi laging posible na gumamit ng mga kumbinasyon ng
-pbc, -kakasya, -ur at -gitna upang gawin ang eksaktong gusto mo sa isang tawag gmx trjconv.
Isaalang-alang ang paggamit ng maraming tawag, at tingnan ang website ng GROMACS para sa mga mungkahi.

may -dt, posibleng bawasan ang bilang ng mga frame sa output. Ang pagpipiliang ito ay umaasa
sa katumpakan ng mga oras sa iyong input trajectory, kaya kung ang mga ito ay hindi tumpak gamitin ang
-timestep opsyon upang baguhin ang oras (maaari itong gawin nang sabay-sabay). Para gawing makinis
mga pelikula, ang programa gmx filter maaaring bawasan ang bilang ng mga frame habang gumagamit ng low-pass
frequency filtering, binabawasan nito ang pag-alyas ng mga high frequency na paggalaw.

paggamit -trunc gmx trjconv maaaring putulin .trr sa lugar, ibig sabihin, nang hindi kinokopya ang file. Ito
ay kapaki-pakinabang kapag ang isang run ay nag-crash sa panahon ng disk I/O (ibig sabihin, buong disk), o kapag dalawang magkadikit
ang mga trajectory ay dapat na pinagsama nang walang dobleng mga frame.

Opsyon -tapon ay maaaring gamitin upang kunin ang isang frame sa o malapit sa isang partikular na oras mula sa iyong
trajectory, ngunit gumagana lamang nang mapagkakatiwalaan kung pare-pareho ang agwat ng oras sa pagitan ng mga frame.

Opsyon -drop binabasa an .xvg file na may mga oras at halaga. Kapag ang mga pagpipilian -dropunder at / o
-dumaan ay nakatakda, mga frame na may halaga sa ibaba at mas mataas sa halaga ng mga kaukulang opsyon
hindi isusulat.

Opsyon

Mga opsyon para tukuyin ang mga input file:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajectory: xtc trr cpt malaki g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Opsyonal)
Istraktura+mass(db): tr malaki g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Opsyonal)
Index file

-fr [<.ndx>] (frames.ndx) (Opsyonal)
Index file

-sub [<.ndx>] (cluster.ndx) (Opsyonal)
Index file

-drop [<.xvg>] (drop.xvg) (Opsyonal)
xvgr/xmgr file

Mga opsyon para tukuyin ang mga output file:

-o [<.xtc/.trr/...>] (trajout.xtc)
Trajectory: xtc trr malaki g96 pdb tng

Iba pang mga opsyon:

-b (0)
Unang frame (ps) na babasahin mula sa trajectory

-e (0)
Huling frame (ps) na babasahin mula sa trajectory

-ikaw (ps)
Unit para sa mga halaga ng oras: fs, ps, ns, us, ms, s

-[hindi]w (hindi)
Tingnan ang output .xvg, .xpm, .eps at .pdb file

-xvg
xvg plot formatting: xmgrace, xmgr, wala

-laktawan (1)
Isulat lamang ang bawat nr-th frame

-dt (0)
Isulat lamang ang frame kapag t MOD dt = unang pagkakataon (ps)

-[walang] bilog (hindi)
Bilugan ang mga sukat sa pinakamalapit na picosecond

-tapon (-1)
Dump frame na pinakamalapit na tinukoy na oras (ps)

-t0 (0)
Oras ng pagsisimula (ps) (default: huwag baguhin)

-timestep (0)
Baguhin ang hakbang ng oras sa pagitan ng mga input frame (ps)

-pbc (Wala)
Paggamot sa PBC (tingnan ang text ng tulong para sa buong paglalarawan): wala, mol, res, atom, nojump,
kumpol, buo

-ur (tama)
Representasyon ng unit-cell: rect, tric, compact

-[walang]gitna (hindi)
Igitna ang mga atomo sa kahon

-boxcenter (tric)
Sentro para sa -pbc at -center: tric, rect, zero

-boks (0 0 0)
Sukat para sa bagong cubic box (default: basahin mula sa input)

-trans (0 0 0)
Ang lahat ng mga coordinate ay isasalin sa pamamagitan ng trans. Ito ay maaaring kapaki-pakinabang na pagsamahin
may -pbc mol -ur compact.

-shift (0 0 0)
Ang lahat ng mga coordinate ay ililipat sa pamamagitan ng framenr*shift

-kakasya (Wala)
Pagkasyahin ang molecule sa ref structure sa structure file: wala, rot+trans,
rotxy+transxy, pagsasalin, transxy, progresibo

-dec (3)
Katumpakan para sa .xtc at .gro na pagsulat sa bilang ng mga decimal na lugar

-[no]vel (oo)
Basahin at isulat ang mga bilis kung maaari

-[walang]puwersa (hindi)
Magbasa at sumulat ng mga puwersa kung maaari

-trunc (-1)
Putulin ang input ng trajectory file pagkatapos ng oras na ito (ps)

-exec
Isagawa ang utos para sa bawat output frame na may numero ng frame bilang argumento

-hati (0)
Magsimulang magsulat ng bagong file kapag t MOD split = unang pagkakataon (ps)

-[no]sep (hindi)
Isulat ang bawat frame sa isang hiwalay na .gro, .g96 o .pdb file

-zero (0)
Kung nakatakda ang flag na -sep, gamitin ang maraming digit na ito para sa mga numero ng file at mag-prepend
mga zero kung kinakailangan

-dropunder (0)
I-drop ang lahat ng mga frame sa ibaba ng halagang ito

-dumaan (0)
I-drop ang lahat ng mga frame sa itaas ng halagang ito

-[walang] kumonekta (hindi)
Magdagdag ng mga conect record kapag nagsusulat .pdb mga file. Kapaki-pakinabang para sa visualization ng
mga di-karaniwang molekula, hal. mga magaspang na butil

Gumamit ng gmx-trjconv online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net