go2fmtp - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

go2fmt, go2obo_xml, go2owl, go2rdf_xml, go2obo_text - tool sa conversion at mga wrapper nito

SINOPSIS

go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml ontology/*.ontology
go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml ontology/gene_ontology.obo

DESCRIPTION

nagpi-parse ng anumang GO/OBO style ontology file at nagsusulat bilang ibang format

MGA PANGANGATWIRANG
-e ERRFILE

nagsusulat ng mga error sa pag-parse sa XML - mga default sa STDERR (dapat walang mga error sa pag-parse nang maayos
nabuong mga file)

-p FORMAT

tinutukoy kung aling parser ang gagamitin; kung hindi tinukoy, gagawa ng hula batay sa file
panlapi. Tingnan sa ibaba para sa mga format

-w|manunulat FORMAT

format para sa output - tingnan sa ibaba para sa listahan

-|xslt XSLT

Ang pangalan o filename ng isang XSLT transform

Maaari itong maging ganap na landas patungo sa isang file saanman sa filesystem, o maaari lang
maging ang pangalan ng xslt; hal

go2fmt.pl -xslt oboxml_to_owl go.obo

Kung tinukoy ang pangalan, una sa lahat ang $GO_ROOT/xml/xsl/*.xsl ay hahanapin; kung
Hindi nakatakda ang GO_ROOT, pagkatapos ay hahanapin ang perl modules dir kung saan naka-install ang GO (ang
Ang xslts ay awtomatikong mai-install dito kung susundin mo ang normal na proseso ng pag-install)

-use_cache
Kung tinukoy ang switch na ito, naka-on ang caching mode.

Sa caching mode, sa unang pagkakataong mag-parse ka ng file, magkakaroon ng karagdagang file
na-export sa isang espesyal na format na mabilis i-parse. Ang file na ito ay magkakaroon ng parehong filename
bilang orihinal na file, maliban kung magkakaroon ito ng ".cache" na suffix.

Sa susunod na i-parse mo ang file, awtomatikong susuriin ng program na ito ang pagkakaroon
ng ".cache" na file. Kung mayroon ito, at mas bago kaysa sa file na iyong tinukoy, ito
ay na-parse sa halip. Kung hindi ito umiiral, ito ay itinayong muli.

Ito ay magdadala ng pagpapabuti ng bilis para sa b ng mga format ng output sa ibaba (tulad ng
pathlist). Karamihan sa mga format ng output ay gumagana sa pag-parse na nakabatay sa kaganapan, kaya ang pag-cache ng bagay ay nagdudulot
walang pakinabang at sa katunayan ay magiging mas mabagal kaysa sa pag-bypass sa cache

FORMATS
ang mga format na maaaring isulat ay

go_ont
Mga file na may suffix na ".ontology"

Ang mga ito ay nag-iimbak ng ontology DAGs

go_def
Mga file na may suffix na ".defs"

go_xref
Mga sanggunian sa panlabas na database para sa mga tuntunin ng GO

Mga file na may suffix na "2go" (hal. ec2go, metacyc2go)

go_assoc
Mga anotasyon ng mga gene o produkto ng gene gamit ang GO

Mga file na may prefix na "gene-association."

obo_text
Mga file na may suffix na ".obo"

Isa itong bagong kapalit na format ng file para sa mga kasalukuyang format ng GO flat file. Ito
pinangangasiwaan ang mga ontologie, kahulugan at xrefs (ngunit hindi mga asosasyon)

obo_xml
Mga file na may suffix na ".obo.xml" o ".obo-xml"

Ito ang XML na bersyon ng OBO flat file format sa itaas

prolog
prolog facts - kakailanganin mo ng prolog compiler/interpreter para magamit ang mga ito. Kaya mo
dahilan sa mga katotohanang ito gamit ang Obol o ang paparating na proyekto ng Bio-LP

tbl simple (lossy) tabular na representasyon

buod
maaaring gamitin sa parehong mga ontology file at association file

pathlist
ipinapakita ang lahat ng mga landas patungo sa ugat

Owl OWL na format (default: OWL-DL)

Ang OWL ay isang karaniwang format ng W3C para sa mga ontologie

Kakailanganin mo ang mga XSL file mula sa buong pamamahagi ng go-dev upang patakbuhin ito; tingnan ang XML
seksyon sahttp://www.godatabase.org/dev>

obj_yaml
isang YAML na representasyon ng isang GO::Model::Graph object

obj_storable
Isang dump ng perl GO::Model::Graph object. Kailangan mo ng Storable mula sa CPAN para dito
trabaho. Ito ay inilaan upang i-cache ang mga bagay sa filesystem, para sa mabilis na pag-access. Ang
Maaaring hindi portable ang obj_storable na representasyon

text_html
Isang html-ified OBO output format

godb_prestore
XML na direktang nagmamapa sa GODB relational schema (maaaring i-load gamit ang
stag-storenode.pl)

chadodb_prestore
XML na direktang nagmamapa sa Chado relational schema (maaaring i-load gamit ang
stag-storenode.pl)

Dokumentasyon
<http://www.godatabase.org/dev>

Gamitin ang go2fmtp online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net