Ito ang command na gt-chseqids na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
gt-chseqids - Baguhin ang mga sequence id sa pamamagitan ng pagmamapa na ibinigay sa isang mapping file.
SINOPSIS
gt chseqids [opsyon ...] mapping_file [GFF3_file]
DESCRIPTION
-uri-uriin [oo|hindi]
ayusin ang mga tampok ng GFF3 pagkatapos baguhin ang mga sequence id (ang pagkonsumo ng memorya ay
proporsyonal sa laki ng input file) (default: hindi)
-v [oo|hindi]
maging verbose (default: hindi)
-o [filename]
i-redirect ang output sa tinukoy na file (default: hindi natukoy)
-gzip [oo|hindi]
isulat ang gzip compressed output file (default: hindi)
-bzip2 [oo|hindi]
isulat ang bzip2 compressed output file (default: hindi)
-puwersa [oo|hindi]
pilitin ang pagsulat sa output file (default: hindi)
-tulong
ipakita ang tulong at paglabas
-version
ipakita ang impormasyon ng bersyon at lumabas
Format ng file para sa mapping_file:
Ang ibinigay na mapping file ay tumutukoy sa isang mapping table na pinangalanang "chseqids". Itinama nito ang
sequence-region entries na ibinigay sa GFF3_file sa ibang mga pangalan. Maaari itong tukuyin bilang
sumusunod:
chseqids = {
chr1 = "seq1",
chr2 = "seq2"
}
Kapag ginamit ang halimbawang ito, lahat ng sequence id na "chr1" ay gagawing "seq1" at lahat
sequence id "chr2" sa "seq2".
Pag-uulat TUMBOK
Mag-ulat ng mga bug sa[protektado ng email]>.
Gumamit ng gt-chseqids online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
