GWAMA - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

GWAMA - Pagsusuri ng Meta ng Genome-Wide Association

SINOPSIS

GWAMA [pagpipilian]

DESCRIPTION

Gumaganap ang software ng GWAMA (Genome-Wide Association Meta Analysis) ng meta-analysis ng
resulta ng mga pag-aaral ng GWA ng binary o quantitative phenotypes. Fixed- at random na epekto
Ang mga meta-analysis ay ginagawa para sa parehong direktang genotyped at imputed na mga SNP gamit ang mga pagtatantya
ng allelic odds ratio at 95% confidence interval para sa mga binary traits, at mga pagtatantya ng
ang laki ng allelic effect at karaniwang error para sa quantitative phenotypes. Maaaring gamitin ang GWAMA
para sa pagsusuri ng mga resulta ng lahat ng iba't ibang genetic na modelo (multiplicative, additive,
nangingibabaw, resessive). Ang software ay nagsasama ng mga pasilidad sa pag-trap ng error upang matukoy
strand alignment error at allele flipping, at nagsasagawa ng mga pagsubok ng heterogeneity ng
epekto sa pagitan ng mga pag-aaral.

Opsyon

-i, --filelist=filename
Tukuyin ang mga file ng resulta ng pag-aaral. Default = gwama.in

-o, --output=fileroot
Tukuyin ang root ng file para sa output ng pagsusuri. Default = gwama (gwama.out, gwama.gc.out)

-r, --random
Gumamit ng random na pagwawasto ng epekto. Default = hindi pinagana

-gc, --genomic_control
Gumamit ng genomic control para sa pagsasaayos ng mga file ng resulta ng pag-aaral. Default = hindi pinagana

-gco, --genomic_control_output
Gumamit ng genomic control sa buod ng meta-analysis (ibig sabihin, ang mga resulta ng meta-analysis ay
naitama para sa gc). Default = hindi pinagana

-qt, --quantitative
Pumili ng bersyon ng quantitative trait (BETA at SE column). Default = binary na katangian

-m, --mapa=filename
Piliin ang pangalan ng file para sa marker map.

-t, --threshold=0-1
Ang p-value threshold para sa pagpapakita ng direksyon sa buod na mga direksyon ng epekto. Default =
1

--walang_alleles
Walang ibinigay na allele information. Inaasahan ang palaging parehong EA.

--indel_alleles
Ang mga allele labes ay maaaring maglaman ng higit sa isang titik. Walang strand checks.

--sex Magpatakbo ng pagsusuri sa pagkakaiba-iba ng kasarian at heterogeneity ng kasarian (paraang inilarawan sa
papel Magi, Lindgren & Morris 2010). Dapat ibigay ang impormasyon ng kasarian sa filelist file.
(Ang pangalawang hanay pagkatapos ng mga pangalan ng file ay alinman sa M o F).

--name_marker
Alternatibong header sa marker name col.

--name_strand
Alternatibong header sa strand column.

--pangalan_n
Alternatibong header sa laki ng sample col.

--pangalan_ea
Alternatibong header para i-epekto ang column ng allele.

--pangalan_nea
Alternatibong header sa non-effect allele column.

--name_eaf
Alternatibong header para i-epekto ang column ng dalas ng allele.

--name_beta
Alternatibong header sa beta column.

--name_se
Alternatibong header sa std. magkamali. col.

--pangalan_o
Alternatibong header sa OR column.

--pangalan_o_95l
Alternatibong header sa OR 95L column.

--name_or_95u
Alternatibong header sa OR 95U column.

-h, - Tumulong
I-print ang tulong na ito.

-v, --bersyon
I-print ang numero ng bersyon ng GWAMA. Ang manu-manong pahinang ito ay dapat na hindi sapat. Mangyaring gamitin ang
opsyon sa tulong para sa mabilis na paalala ng mga opsyon ng gwama o pumunta sa home page nito
gamit ang online na dokumentasyon o ang mada-download na manwal.

Gamitin ang GWAMA online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net