Ito ang command na hmm2emit na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
hmm2emit - bumuo ng mga sequence mula sa isang profile HMM
SINOPSIS
hmm2emit [mga pagpipilian] hmmfile
DESCRIPTION
hmm2emit nagbabasa ng HMM file mula sa hmmfile naglalaman ng isa o higit pang HMM, at bumubuo ng a
bilang ng mga sequence mula sa bawat HMM; o, kung ang -c ang pagpipilian ay pinili, bumuo ng isang solong
pinagkasunduan ng karamihan sa panuntunan. Ito ay maaaring maging kapaki-pakinabang para sa iba't ibang mga aplikasyon kung saan kailangan ng isang tao
simulation ng mga sequence na pare-pareho sa isang sequence na pinagkasunduan ng pamilya.
Sa pamamagitan ng default, hmm2emit bumubuo ng 10 sequence at inilalabas ang mga ito sa FASTA (hindi nakahanay) na format.
Opsyon
-a Isulat ang mga nabuong sequence sa isang nakahanay na format (SELEX) sa halip na FASTA.
-c Hulaan ang isang pagkakasunud-sunod ng pinagkasunduan ng karamihan sa panuntunan sa halip na mga pagkakasunud-sunod ng sampling
mula sa probability distribution ng HMM. Mga nalalabi na lubos na natipid (p >= 0.9 para sa
DNA, p >= 0.5 para sa protina) ay ipinapakita sa upper case; ang iba ay ipinapakita sa maliit na titik.
Ang ilang insert state ay maaaring maging bahagi ng pinagkasunduan ng karamihan sa panuntunan, dahil sila ay
ginamit sa >= 50% ng mga nabuong sequence; kapag nangyari ito, insert-generated residues
ay ipinapakita lamang bilang "x".
-h Mag-print ng maikling tulong; kasama ang numero ng bersyon at buod ng lahat ng mga opsyon, kabilang ang
mga opsyon ng eksperto.
-n lumikha mga pagkakasunod-sunod. Ang default ay 10.
-o I-save ang mga synthetic na pagkakasunud-sunod upang mai-file sa halip na isulat ang mga ito sa stdout.
-q Tahimik; sugpuin ang lahat ng output maliban sa mga sequence mismo. Kapaki-pakinabang para sa piping
o pagdidirekta sa output.
EXPERT Opsyon
--binhi
Itakda ang random na binhi sa , saan ay isang positibong integer. Ang default ay ang gamitin
oras() upang makabuo ng ibang seed para sa bawat run, na nangangahulugang magkaiba ang dalawang
tumatakbo ng hmm2emit sa parehong HMM ay magbibigay ng bahagyang magkakaibang mga resulta. Pwede mong gamitin
ang pagpipiliang ito upang makabuo ng mga reproducible na resulta.
Gamitin ang hmm2emit online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
