hmm2search - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

hmm2search - maghanap ng sequence database na may profile na HMM

SINOPSIS

hmm2search [mga pagpipilian] hmmfile seqfile

DESCRIPTION

hmm2search nagbabasa ng isang HMM mula sa hmmfile at mga paghahanap seqfile para sa makabuluhang katulad
magkakasunod na tugma.

seqfile hahanapin muna sa kasalukuyang gumaganang direktoryo, pagkatapos ay sa isang direktoryo
pinangalanan ng variable ng kapaligiran BLASTDB. Nagbibigay-daan ito sa mga user na gumamit ng mga kasalukuyang BLAST database,
kung ang BLAST ay na-configure para sa site.

hmm2search maaaring tumagal ng ilang minuto o kahit na oras upang tumakbo, depende sa laki ng pagkakasunud-sunod
database. Magandang ideya na i-redirect ang output sa isang file.

Ang output ay binubuo ng apat na mga seksyon: isang ranggo na listahan ng pinakamahusay na mga sequence ng pagmamarka, a
niraranggo ang listahan ng mga pinakamahusay na domain ng pagmamarka, mga pagkakahanay para sa lahat ng pinakamahusay na mga domain ng pagmamarka, at
isang histogram ng mga marka. Maaaring mas mataas ang isang sequence score kaysa sa isang domain score para sa
parehong sequence kung mayroong higit sa isang domain sa sequence; ang sequence score ay tumatagal
isinasaalang-alang ang lahat ng mga domain. Ang lahat ng mga sequence na nagmamarka sa itaas ng -E at -T ang mga cutoff ay ipinapakita
sa unang listahan, kung gayon bawat ang domain na matatagpuan sa listahang ito ay ipinapakita sa pangalawang listahan ng
mga hit ng domain. Kung ninanais, ang E-value at bit score threshold ay maaari ding ilapat sa
listahan ng domain gamit ang --domE at --domT mga pagpipilian.

Opsyon

-h Mag-print ng maikling tulong; kasama ang numero ng bersyon at buod ng lahat ng mga opsyon, kabilang ang
mga opsyon ng eksperto.

-A Nililimitahan ang output ng alignment sa pinakamahusay na pagmamarka ng mga domain. -A0 isara ang
alignment na output at maaaring gamitin upang bawasan ang laki ng mga output file.

-E Itakda ang E-value cutoff para sa per-sequence na niraranggo ang hit list sa , saan ay isang
positibong tunay na numero. Ang default ay 10.0. Mga hit na may E-values ​​na mas mahusay kaysa sa (mas mababa
kaysa) ipapakita ang threshold na ito.

-T Itakda ang bit score cutoff para sa per-sequence-rank hit list sa , saan is
isang tunay na numero. Ang default ay negatibong infinity; bilang default, ang threshold ay
kinokontrol ng E-value at hindi ng bit score. Mga hit na may kaunting mga marka na mas mahusay kaysa
(mas malaki kaysa) ang threshold na ito ay ipapakita.

-Z Kalkulahin ang mga marka ng E-value na parang nakakita kami ng sequence database ng
mga pagkakasunod-sunod. Ang default ay ang bilang ng mga sequence na nakikita sa iyong database file
.

EXPERT Opsyon

--compat
Gamitin ang output format ng HMMER 2.1.1, ang 1998-2001 public release; ibinigay kaya
2.1.1 Ang mga parser ay hindi kailangang muling isulat.

--cpu
Itinatakda ang maximum na bilang ng mga CPU kung saan tatakbo ang program. Ang default ay ang gamitin
lahat ng mga CPU sa makina. Ino-override ang HMMER_NCPU environment variable. Tanging
nakakaapekto sa mga sinulid na bersyon ng HMMER (ang default sa karamihan ng mga system).

--cut_ga
Gamitin ang mga cutoff ng marka ng Pfam GA (gathering threshold). Katumbas ng --globT
--domT , ngunit ang mga cutoff ng GA2 at GA1 ay binabasa mula sa HMM file. hmm2build
inilalagay ang mga cutoff na ito doon kung ang alignment file ay na-annotate sa isang Pfam-friendly
alignment na format (extended ELEX o Stockholm format) at ang opsyonal na GA
naroon ang annotation line. Kung hindi nakatakda ang mga cutoff na ito sa HMM file, --cut_ga
hindi gumagana.

--cut_tc
Gamitin ang mga cutoff ng marka ng Pfam TC (pinagkakatiwalaang cutoff). Katumbas ng --globT --domT
, ngunit ang TC2 at TC1 cutoff ay binabasa mula sa HMM file. Inilalagay ito ng hmm2build
cutoffs doon kung ang alignment file ay na-annotate sa isang Pfam-friendly alignment
format (pinalawak na SELEX o Stockholm na format) at ang opsyonal na linya ng annotation ng TC ay
kasalukuyan. Kung hindi nakatakda ang mga cutoff na ito sa HMM file, --cut_tc hindi gumagana.

--cut_nc
Gamitin ang mga cutoff ng marka ng Pfam NC (noise cutoff). Katumbas ng --globT --domT ,
ngunit ang NC1 at NC2 cutoff ay binabasa mula sa HMM file. Inilalagay ito ng hmm2build
cutoffs doon kung ang alignment file ay na-annotate sa isang Pfam-friendly alignment
format (extended na SELEX o Stockholm format) at ang opsyonal na linya ng annotation ng NC ay
kasalukuyan. Kung hindi nakatakda ang mga cutoff na ito sa HMM file, --cut_nc hindi gumagana.

--domE
Itakda ang cutoff ng E-value para sa listahan ng hit na niraranggo sa bawat domain , saan ay isang
positibong tunay na numero. Ang default ay infinity; bilang default, lahat ng domain sa
iuulat sa pangalawang listahan ang mga sequence na lumampas sa unang threshold, kaya
na ang bilang ng mga domain na iniulat sa bawat-sequence na listahan ay pare-pareho sa
numero na lumalabas sa listahan ng bawat domain.

--domT
Itakda ang bit score cutoff para sa per-domain na ranggo na listahan ng hit sa , saan ay isang
totoong numero. Ang default ay negatibong infinity; bilang default, lahat ng domain sa
iuulat sa pangalawang listahan ang mga sequence na lumampas sa unang threshold, kaya
na ang bilang ng mga domain na iniulat sa bawat-sequence na listahan ay pare-pareho sa
numero na lumalabas sa listahan ng bawat domain. mahalaga tala: isang domain lamang sa a
ang sequence ay ganap na kinokontrol ng parameter na ito, o ng --domT. Ang pangalawa at
ang mga kasunod na domain sa isang sequence ay may de facto bit score threshold na 0 dahil
ng mga detalye kung paano gumagana ang HMMER. Ang HMMER ay nangangailangan ng kahit isang pass sa
pangunahing modelo sa bawat pagkakasunud-sunod; na gumawa ng higit sa isang pass (higit sa isang domain) ang
ang multidomain alignment ay dapat magkaroon ng mas mahusay na marka kaysa sa solong domain alignment,
at samakatuwid ang mga karagdagang domain ay dapat mag-ambag ng positibong marka. Tingnan ang Gabay sa Gumagamit
para sa karagdagang detalye.

--pasulong
Gamitin ang Forward algorithm sa halip na ang Viterbi algorithm upang matukoy ang per-
mga marka ng pagkakasunod-sunod. Ang mga marka ng bawat domain ay tinutukoy pa rin ng Viterbi algorithm.
Ang ilan ay nagtalo na ang Forward ay isang mas sensitibong algorithm para sa pag-detect ng remote
pagkakasunud-sunod ng mga homologue; ang aking mga eksperimento sa HMMER ay hindi nakumpirma ito, gayunpaman.

--impormasyon
Igiit na ang input seqfile ay nasa format ; huwag patakbuhin ang format na Babelfish
autodection. Medyo pinapataas nito ang pagiging maaasahan ng programa, dahil ang
Ang Babelfish ay maaaring magkamali; partikular na inirerekomenda para sa hindi nag-aalaga, mataas na
throughput run ng HMMER. Kasama sa mga valid na string ng format ang FASTA, GENBANK, EMBL, GCG,
PIR, STOCKHOLM, SELEX, MSF, CLUSTAL, at PHYLIP. Tingnan ang Gabay ng Gumagamit para sa a
kumpletong listahan.

--null2
I-off ang post hoc second null model. Bilang default, ang bawat pagkakahanay ay nire-reskor ng
isang hakbang sa postprocessing na isinasaalang-alang ang posibleng bias na komposisyon sa alinman
ang HMM o ang target na sequence. Ito ay halos mahalaga sa mga paghahanap sa database,
lalo na sa mga lokal na modelo ng pagkakahanay. Napakaliit ng pagkakataon na ganito
Ang postprocessing ay maaaring mag-alis ng mga tunay na tugma, at sa mga kasong ito --null2 maaaring mapabuti
pagiging sensitibo sa gastos ng pagbabawas ng pagtitiyak sa pamamagitan ng pagpapaalam sa may pinapanigan na komposisyon
tumama sa pamamagitan ng.

--pvm Tumakbo sa isang Parallel Virtual Machine (PVM). Dapat ay tumatakbo na ang PVM. Ang
programa ng kliyente hmm2search-pvm dapat na naka-install sa lahat ng mga PVM node. Opsyonal na PVM
Ang suporta ay dapat na pinagsama-sama sa HMMER.

--xnu I-on ang XNU na pag-filter ng mga target na sequence ng protina. Walang epekto sa nucleic acid
mga pagkakasunod-sunod. Sa mga pagsubok na eksperimento, --xnu mukhang hindi gaanong mahusay ang pagganap kaysa sa
default na post hoc null2 na modelo.

Gamitin ang hmm2search online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net