Ito ang command na hmmalign na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
hmmalign - ihanay ang mga sequence sa isang profile HMM
SINOPSIS
hmmmalign [mga pagpipilian]
DESCRIPTION
Magsagawa ng multiple sequence alignment ng lahat ng sequence in sa pamamagitan ng paghahanay sa kanila
isa-isa sa profile na HMM sa . Ang bagong alignment ay output sa stdout in
Format ng Stockholm.
Ang dapat maglaman lamang ng isang profile. Kung naglalaman ito ng higit pa, ang una lamang
profile sa file ang gagamitin.
Alinman or (ngunit hindi pareho) ay maaaring '-' (gitling), na nangangahulugang pagbabasa nito
input mula sa si stdin sa halip na isang file.
Ang mga sequence sa ay nakahanay sa unihit local alignment mode. Samakatuwid sila
dapat na alam na naglalaman lamang ng isang domain (o isang fragment ng isa). Ang
ang pinakamainam na pagkakahanay ay maaaring magtalaga ng ilang mga nalalabi bilang nonhomologous (N at C states), kung saan
kaso ang mga residue na ito ay kasama pa rin sa nagresultang pagkakahanay, ngunit itinulak sa panlabas
mga gilid. Upang putulin ang mga hindi nakahanay na di-homologous na nalalabi mula sa resulta, tingnan ang --trim
pagpipilian.
Opsyon
-h Tulong; mag-print ng maikling paalala ng paggamit ng command line at lahat ng available na opsyon.
-o Idirekta ang pagkakahanay ng output sa file , sa halip na stdout.
--mamali
Pagsamahin ang umiiral na pagkakahanay sa file sa resulta, kung saan ay eksakto ang
parehong pagkakahanay na ginamit upang buuin ang modelo . Ginagawa ito gamit ang a
mapa ng alignment column sa consensus profile positions na nakaimbak sa
. Ang maramihang pagkakahanay sa ay eksaktong kopyahin sa nito
consensus column (tulad ng tinukoy ng profile), ngunit ang ipinapakitang alignment sa
maaaring mabago ang mga insert column, dahil ang mga insertion na nauugnay sa isang profile ay
itinuturing ng kumbensyon bilang hindi nakahanay na data.
--trim I-trim ang mga nonhomologous residues (itinalaga sa N at C states sa pinakamainam na pagkakahanay)
mula sa nagresultang maramihang alignment na output.
--amino
Tukuyin na ang lahat ng mga sequence ay nasa ay mga protina. Bilang default, ang uri ng alpabeto ay
autodetected mula sa pagtingin sa natitirang komposisyon.
--dna Tukuyin na ang lahat ng mga sequence ay nasa ay mga DNA.
--rna Tukuyin na ang lahat ng mga sequence ay nasa ay mga RNA.
--impormasyon
Ipahayag na ang input ay nasa format . Mga tinatanggap na sequence file format
isama ang FASTA, EMBL, GenBank, DDBJ, UniProt, Stockholm, at SELEX. Default ay sa
autodetect ang format ng file.
--outformat
Tukuyin na ang output na maramihang alignment ay nasa format . Sa kasalukuyan ang
ang tinatanggap na maramihang alignment sequence na mga format ng file ay kinabibilangan lamang ng Stockholm at SELEX.
Gumamit ng hmmalign online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
